More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2868 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 129 aa  264  2.9999999999999995e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000311414  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1955  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  53.12 
 
 		 129 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2173  regulatory protein, MerR  52.38 
 
 		 147 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2170  transcriptional regulator, MerR family  50.79 
 
 		 133 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000807108 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  46.03 
 
 		 132 aa  110  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1851  MerR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 162 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.138506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2831  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 175 aa  107  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.116752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0478  MerR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1103  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1117  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2902  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1604  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2912  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0392  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0882  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.656142 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 135 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3299  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 149 aa  97.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3563  transcriptional regulator, MerR family  41.09 
 
 		 143 aa  97.4  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0470  putative transcriptional regulator, MerR family  41.94 
 
 		 133 aa  97.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  38.76 
 
 		 142 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0194  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 135 aa  97.1  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0220  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 135 aa  97.1  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2421  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  43.75 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.732276  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4002  MerR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 135 aa  95.5  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 152 aa  95.1  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0894  MerR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 135 aa  95.5  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2051  transcriptional regulator, MerR family  43.75 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0831  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 145 aa  95.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3444  transcriptional regulator, MerR family  39.53 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0545873  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  36.72 
 
 		 170 aa  93.6  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 138 aa  93.6  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3192  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 126 aa  92.8  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.375407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 142 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1402  MerR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87391  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 146 aa  92.8  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 149 aa  92.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  38.89 
 
 		 149 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1407  MerR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 134 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 143 aa  92  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4838  regulatory protein, MerR  37.3 
 
 		 148 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  36.43 
 
 		 137 aa  91.3  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 171 aa  91.3  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1657  putative transcriptional regulator  40.16 
 
 		 159 aa  90.9  5e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00996367  normal  0.370586 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  37.19 
 
 		 129 aa  90.5  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2809  putative transcriptional regulator, MerR family  37.01 
 
 		 186 aa  90.5  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 145 aa  90.5  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.48 
 
 		 135 aa  90.1  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 141 aa  90.1  9e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1241  MerR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 144 aa  89.4  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4808  transcriptional regulator, MerR family  35.16 
 
 		 160 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.820733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1449  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 156 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  40.16 
 
 		 140 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  37.3 
 
 		 151 aa  90.1  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3731  transcriptional regulator, MerR family  35.16 
 
 		 160 aa  89.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 147 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5280  transcriptional regulator CadR  37.3 
 
 		 148 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  35.88 
 
 		 156 aa  88.6  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2302  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 132 aa  89.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000169784  hitchhiker  0.000117286 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3389  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 132 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.462896  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16670  putative transcriptional regulator CadR  40.16 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 154 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 132 aa  88.6  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 154 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 154 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.1 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 128 aa  88.2  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 149 aa  88.6  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  36.64 
 
 		 159 aa  88.6  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 154 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 154 aa  88.2  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2149  transcriptional regulator, MerR family  35.43 
 
 		 132 aa  88.2  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.705718  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.51 
 
 		 149 aa  88.2  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  36.51 
 
 		 159 aa  87.8  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 126 aa  87.8  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  38.76 
 
 		 132 aa  87.8  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3456  MerR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 149 aa  87.8  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4834  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 144 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  35.11 
 
 		 153 aa  87.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2333  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 162 aa  87.4  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00701798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 149 aa  87.4  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2900  MerR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 140 aa  87.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  38.1 
 
 		 132 aa  87  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 155 aa  87  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 143 aa  87  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  87  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3184  transcriptional regulator, MerR family  35.71 
 
 		 142 aa  86.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 136 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  35.11 
 
 		 157 aa  86.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5140  MerR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 147 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  38.1 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 142 aa  86.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 159 aa  86.3  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 129 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 141 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>