45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3253 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3253  hypothetical protein  100 
 
 		 240 aa  497  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317788  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1876  oligogalacturonate-specific porin  51.28 
 
 		 241 aa  255  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.176231 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1226  oligogalacturonate-specific porin  33.61 
 
 		 230 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.715792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1196  oligogalacturonate-specific porin  34.02 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1241  oligogalacturonate-specific porin  33.61 
 
 		 230 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51948  normal  0.418672 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1206  oligogalacturonate-specific porin  33.2 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420997  normal  0.259632 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3298  oligogalacturonate-specific porin  34.85 
 
 		 228 aa  131  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.401974  normal  0.45062 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4268  oligogalacturonate-specific porin  34.44 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4297  oligogalacturonate-specific porin  34.44 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4449  oligogalacturonate-specific porin  34.44 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4337  oligogalacturonate-specific porin  34.44 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0180015 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4381  oligogalacturonate-specific porin  34.44 
 
 		 223 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1965  Oligogalacturonate-specific porin  30.45 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0095  oligogalacturonate-specific porin  32.24 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4063  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  32.24 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.884359  normal  0.87941 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4068  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  32.24 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2509  Oligogalacturonate-specific porin  28.79 
 
 		 352 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2196  Oligogalacturonate-specific porin  31.43 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.170296  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2038  Oligogalacturonate-specific porin  29.63 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2300  Oligogalacturonate-specific porin  32.88 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2168  Oligogalacturonate-specific porin  28.41 
 
 		 272 aa  99.4  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0483  oligogalacturonate-specific porin  31.02 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.412512 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1938  Oligogalacturonate-specific porin  28.29 
 
 		 242 aa  95.1  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1903  Oligogalacturonate-specific porin  29.55 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.67559  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1797  oligogalacturonate-specific porin  25.69 
 
 		 236 aa  91.3  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.28748  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2649  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  25.69 
 
 		 236 aa  91.3  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.175281  normal  0.0875621 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1687  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  25.69 
 
 		 236 aa  91.3  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.219149  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2179  Oligogalacturonate-specific porin  28.11 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2001  Oligogalacturonate-specific porin  29.15 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2169  Oligogalacturonate-specific porin  26.36 
 
 		 250 aa  85.1  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2510  Oligogalacturonate-specific porin  26.36 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0628975  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0189  oligogalacturonate-specific porin  29.33 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000915  hypothetical protein  26.61 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4910  oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM)  23.04 
 
 		 238 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04140  hypothetical protein  23.04 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4836  N-acetylneuraminic acid porin NanC  23.04 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4536  oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM)  23.04 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3687  Oligogalacturonate-specific porin  23.04 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04178  N-acetylnuraminic acid outer membrane channel protein  23.04 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4292  outer membrane porin L  21.85 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0957036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4260  outer membrane porin L  21.67 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4404  outer membrane porin L  21.85 
 
 		 230 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.543506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4247  outer membrane porin L  21.85 
 
 		 230 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4226  outer membrane porin L  22.5 
 
 		 230 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4338  outer membrane porin L  21.85 
 
 		 230 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>