42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1206 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A1206  oligogalacturonate-specific porin  100 
 
 		 230 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420997  normal  0.259632 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1241  oligogalacturonate-specific porin  99.57 
 
 		 230 aa  470  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51948  normal  0.418672 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1226  oligogalacturonate-specific porin  99.57 
 
 		 230 aa  470  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.715792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1196  oligogalacturonate-specific porin  97.83 
 
 		 230 aa  463  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3298  oligogalacturonate-specific porin  44.1 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.401974  normal  0.45062 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4449  oligogalacturonate-specific porin  37.91 
 
 		 223 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4297  oligogalacturonate-specific porin  37.91 
 
 		 223 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4381  oligogalacturonate-specific porin  37.91 
 
 		 223 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4337  oligogalacturonate-specific porin  37.91 
 
 		 223 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0180015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4268  oligogalacturonate-specific porin  37.91 
 
 		 223 aa  148  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3253  hypothetical protein  34.08 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317788  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1965  Oligogalacturonate-specific porin  34.85 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1797  oligogalacturonate-specific porin  36.77 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.28748  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2649  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  36.77 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.175281  normal  0.0875621 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1687  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  36.77 
 
 		 236 aa  135  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.219149  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1903  Oligogalacturonate-specific porin  35.25 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.67559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2300  Oligogalacturonate-specific porin  35.27 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2038  Oligogalacturonate-specific porin  34.58 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2179  Oligogalacturonate-specific porin  34.71 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689905  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0095  oligogalacturonate-specific porin  32.22 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4068  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  32.22 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2196  Oligogalacturonate-specific porin  33.06 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.170296  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4063  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  32.22 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.884359  normal  0.87941 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1938  Oligogalacturonate-specific porin  33.2 
 
 		 242 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1876  oligogalacturonate-specific porin  32.02 
 
 		 241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.176231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2001  Oligogalacturonate-specific porin  32.38 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0483  oligogalacturonate-specific porin  29.96 
 
 		 233 aa  117  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.412512 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2168  Oligogalacturonate-specific porin  26.42 
 
 		 272 aa  87  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2509  Oligogalacturonate-specific porin  24.43 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000915  hypothetical protein  29.55 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0189  oligogalacturonate-specific porin  27.02 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04140  hypothetical protein  25.73 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4836  N-acetylneuraminic acid porin NanC  25.73 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4536  oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM)  25.73 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3687  Oligogalacturonate-specific porin  25.73 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04178  N-acetylnuraminic acid outer membrane channel protein  25.73 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4910  oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM)  25.31 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2510  Oligogalacturonate-specific porin  23.9 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0628975  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2169  Oligogalacturonate-specific porin  23.51 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847115  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5815  oligogalacturonate-specific porin protein  22.22 
 
 		 182 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004190  hypothetical protein  32.29 
 
 		 230 aa  42.7  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01266  hypothetical protein  30.21 
 
 		 230 aa  42  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>