38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1903 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1903  Oligogalacturonate-specific porin  100 
 
 		 242 aa  500  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.67559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2196  Oligogalacturonate-specific porin  71.9 
 
 		 240 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.170296  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4068  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  70.66 
 
 		 234 aa  333  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4063  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  70.66 
 
 		 234 aa  333  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.884359  normal  0.87941 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0095  oligogalacturonate-specific porin  70.66 
 
 		 234 aa  333  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2038  Oligogalacturonate-specific porin  66.53 
 
 		 237 aa  323  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1965  Oligogalacturonate-specific porin  65.16 
 
 		 239 aa  320  9.000000000000001e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2300  Oligogalacturonate-specific porin  61.98 
 
 		 239 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1797  oligogalacturonate-specific porin  64.63 
 
 		 236 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.28748  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1687  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  64.63 
 
 		 236 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.219149  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2649  oligogalacturonate-specific porin protein KdgM  64.63 
 
 		 236 aa  313  1.9999999999999998e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.175281  normal  0.0875621 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0483  oligogalacturonate-specific porin  65.42 
 
 		 233 aa  306  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.412512 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2001  Oligogalacturonate-specific porin  63.22 
 
 		 242 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2179  Oligogalacturonate-specific porin  60.49 
 
 		 240 aa  303  1.0000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689905  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1938  Oligogalacturonate-specific porin  60.66 
 
 		 242 aa  300  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3298  oligogalacturonate-specific porin  38.84 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.401974  normal  0.45062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1226  oligogalacturonate-specific porin  35.66 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.715792 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1241  oligogalacturonate-specific porin  35.66 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51948  normal  0.418672 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1196  oligogalacturonate-specific porin  35.66 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1206  oligogalacturonate-specific porin  35.25 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420997  normal  0.259632 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4268  oligogalacturonate-specific porin  35.83 
 
 		 223 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.822939 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4337  oligogalacturonate-specific porin  35.42 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0180015 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4381  oligogalacturonate-specific porin  35.42 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4297  oligogalacturonate-specific porin  35.42 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4449  oligogalacturonate-specific porin  35.42 
 
 		 223 aa  122  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3253  hypothetical protein  29.26 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317788  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0189  oligogalacturonate-specific porin  31.15 
 
 		 247 aa  95.9  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1876  oligogalacturonate-specific porin  27.38 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.176231 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000915  hypothetical protein  30.33 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2169  Oligogalacturonate-specific porin  22.83 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2510  Oligogalacturonate-specific porin  22.05 
 
 		 254 aa  50.4  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0628975  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2168  Oligogalacturonate-specific porin  25 
 
 		 272 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04140  hypothetical protein  22.76 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4836  N-acetylneuraminic acid porin NanC  22.76 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4536  oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM)  22.76 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3687  Oligogalacturonate-specific porin  22.76 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04178  N-acetylnuraminic acid outer membrane channel protein  22.76 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2509  Oligogalacturonate-specific porin  23.79 
 
 		 352 aa  42.4  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>