More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2139 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2139  cation ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 299 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1949  hypothetical protein  98.66 
 
 		 299 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3929  hypothetical protein  92.64 
 
 		 299 aa  504  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.632836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2850  ABC transporter permease  86.53 
 
 		 301 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.878186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33540  putative permease of ABC transporter  86.87 
 
 		 301 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00783017  normal  0.0257803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1966  ABC-3 protein  85.86 
 
 		 299 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0747184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3803  hypothetical protein  85.86 
 
 		 299 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.208083  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2088  ABC-3 protein  84.51 
 
 		 299 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.446379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2113  ABC-3 protein  85.86 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3593  ABC-3 protein  69.93 
 
 		 295 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.234025 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2388  ABC-3 transporter component  69.44 
 
 		 296 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0307  ABC-3 protein  52.1 
 
 		 297 aa  285  7e-76  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06743  hypothetical protein  52.55 
 
 		 291 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0125  ABC-3 transporter protein, membrane component  50.88 
 
 		 291 aa  251  8.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.291057  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000834  putative permease of ABC transporter  52.92 
 
 		 291 aa  249  6e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.121337  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3413  ABC-3 protein  35.14 
 
 		 278 aa  132  9e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1010  ABC-3 protein  34.4 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1913  ABC-3 protein  37.87 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  34.16 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0335  ABC-3 protein  32.58 
 
 		 283 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0205271  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4571  ABC-3 protein  38.28 
 
 		 289 aa  125  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.222583  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3489  ABC-3 protein  32.58 
 
 		 280 aa  123  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201508  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  29.15 
 
 		 288 aa  122  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  29.92 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0952  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease component  30.77 
 
 		 280 aa  118  9e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.139683  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0670  ABC-3 protein  30.19 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0026627  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  29.57 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  29.57 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  30.19 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1590  ABC-3 protein  39.47 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  33.46 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1038  high-affinity zinc uptake system, membrane protein  29.06 
 
 		 261 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  30.38 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1653  ATP-binding domain-containing protein  28.68 
 
 		 272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1017  ABC transporter, inner membrane subunit  32.09 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2735  ABC-3 protein  36.33 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  30.45 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3940  ABC-3 protein  32.34 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0593953 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1043  ABC-3 protein  33.59 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151088 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3890  ABC-3 protein  31.97 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1599  hypothetical protein  31.32 
 
 		 281 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000345254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  30.22 
 
 		 288 aa  109  6e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1727  cation ABC transporter, permease protein  33.59 
 
 		 275 aa  108  8.000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0402  ABC-3 protein  37.26 
 
 		 273 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0996  zinc ABC transporter, permease protein  32.73 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.349684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1889  ABC 3 transport family protein  32.34 
 
 		 266 aa  108  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1781  ABC-3 protein  30.74 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666084  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1111  ABC-3 protein  29.77 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2052  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00746645  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1952  high-affinity zinc transporter membrane component  30.74 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0398109  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1355  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  hitchhiker  0.00410518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2107  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0995017  normal  0.378427 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2047  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0518  ABC-3 protein  31.25 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4182  ABC-3 protein  31.73 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000173146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1231  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0480731  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2428  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000440867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1013  ABC-3 protein  35.02 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1547  ABC-3 protein  32.03 
 
 		 279 aa  106  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1143  hypothetical protein  36.4 
 
 		 287 aa  106  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01830  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0395688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1773  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2089  high-affinity zinc transporter membrane component  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000234028  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01818  hypothetical protein  30.35 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0233663  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2595  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  104  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1197  ABC-3 protein  32.12 
 
 		 273 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.620873  normal  0.0904555 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0955  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0177046  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0502  ABC-3 protein  29.52 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.24311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1327  high-affinity zinc transporter membrane component  29.96 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0274583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  31.07 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2550  ABC-3 protein  32.08 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4436  hypothetical protein  36.57 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.44647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0575  hypothetical protein  30.68 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1710  ABC-3 protein  32.58 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.793327  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1213  ABC-3 protein  31.66 
 
 		 268 aa  103  4e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0027  ABC-3 protein  35.38 
 
 		 275 aa  102  6e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0280  ABC-3 protein  32.97 
 
 		 278 aa  102  7e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0347715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0278  hypothetical protein  34.36 
 
 		 262 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0518  cation ABC transporter, permease protein  30.88 
 
 		 264 aa  102  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1789  oligoendopeptidase F  30.42 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0129  ABC-3 protein  31.44 
 
 		 269 aa  100  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.765691  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11810  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  32.31 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00721282  normal  0.650554 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3008  ABC-3 protein  29.01 
 
 		 277 aa  100  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.576652  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0291  ABC transporter, permease protein  26.79 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0098  cation ABC transporter, permease protein  32.69 
 
 		 268 aa  99.4  7e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00199714  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0987  ABC-3 protein  29.45 
 
 		 272 aa  99  8e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2421  ABC Mn2+/Zn2+ transporter,inner membrane subunit  33.21 
 
 		 276 aa  99  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2844  ABC-3 protein  31.11 
 
 		 281 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06291  ABC transporter  30.57 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0606  ABC-3 protein  34.46 
 
 		 281 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1104  ABC-3 protein  33.33 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.310242  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06591  ABC transporter  30.19 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.591644  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1701  putative high-affinity zinc uptake system membrane protein  34.73 
 
 		 266 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000503505  normal  0.0364016 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2568  ABC-3 protein  28.99 
 
 		 361 aa  97.8  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.343936  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0048  ABC-3 protein  30.77 
 
 		 272 aa  97.8  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3405  hypothetical protein  33.71 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.555758 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2142  high-affinity zinc transporter membrane component  30.77 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4744  ABC-3 protein  28.89 
 
 		 285 aa  98.2  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0918  ABC-3 protein  32.21 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0960733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0892  ABC-3 protein  32.21 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>