51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3293 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3293  hypothetical protein  100 
 
 		 141 aa  285  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2458  Ion transport 2 domain-containing protein  95.04 
 
 		 141 aa  273  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128962  normal  0.806826 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3025  Ion transport 2 domain-containing protein  90.07 
 
 		 141 aa  251  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.463861  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1665  hypothetical protein  75.36 
 
 		 149 aa  218  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0983304  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1493  Ion transport 2  63.41 
 
 		 129 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0306  Ion transport 2 domain-containing protein  58.87 
 
 		 148 aa  157  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.408069  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1124  Ion transport 2 domain-containing protein  39.57 
 
 		 161 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0759829  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1961  Ion transport 2  36.69 
 
 		 160 aa  107  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101403  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3241  hypothetical protein  36.17 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0435  Ion transport 2 domain-containing protein  38.85 
 
 		 172 aa  104  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.948908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1691  K+ channel, pore region  40.77 
 
 		 143 aa  104  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.758167  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0468  Ion transport 2 domain-containing protein  39.44 
 
 		 148 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.370968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2625  Ion transport 2 domain-containing protein  38.13 
 
 		 361 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.803406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5595  Kef-type K+ transport system-like protein  36.69 
 
 		 154 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.734625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0075  membrane protein, Kef-type K+ transport system NAD-binding component  36.19 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0395  membrane protein related to Kef-type K+ transport system NAD-binding component  35.11 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.855451  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1933  hypothetical protein  35.63 
 
 		 102 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.162847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3905  Ion transport 2 domain-containing protein  34.69 
 
 		 132 aa  57  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1749  Ion transport 2 domain-containing protein  32.18 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0607848 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3367  Ion transport 2 domain-containing protein  28.12 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5664  Ion transport 2 domain-containing protein  32.99 
 
 		 159 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2273  Ion transport 2 domain protein  28.7 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3664  Ion transport 2 domain protein  44.64 
 
 		 271 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.819416 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2797  Ion transport 2 domain-containing protein  28.79 
 
 		 145 aa  49.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216092  normal  0.663377 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2446  Ion transport 2 domain protein  42.86 
 
 		 269 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0564  Ion transport 2 domain protein  39.34 
 
 		 276 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2957  Ion transport 2 domain protein  36.05 
 
 		 190 aa  48.9  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00024289  hitchhiker  0.0035902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2650  Ion transport 2 domain-containing protein  31.17 
 
 		 202 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2030  Ion transport protein  45.61 
 
 		 263 aa  48.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1264  ion transport 2 domain protein  33 
 
 		 148 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.345942  normal  0.652381 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3770  ion transport 2 domain-containing protein  29.08 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.541985 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4046  ion transport 2 domain-containing protein  29.08 
 
 		 145 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.205691  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3013  K+ channel, inward rectifier  33.98 
 
 		 311 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00097996 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0372  Ion transport 2 domain protein  41.67 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.606309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0810  ion transport 2 domain-containing protein  43.24 
 
 		 326 aa  44.7  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0938  Ion transport 2 domain-containing protein  45.95 
 
 		 327 aa  44.3  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.167939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1372  Ion transport 2 domain-containing protein  52.38 
 
 		 268 aa  44.7  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0755  Ion transport 2 domain-containing protein  45.95 
 
 		 330 aa  44.3  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0839  ion transport 2 domain-containing protein  39.58 
 
 		 327 aa  43.5  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4403  TrkA domain-containing protein  43.64 
 
 		 341 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.602366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2879  uncharacterized low-complexity protein  43.24 
 
 		 327 aa  43.5  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3632  Ion transport 2 domain protein  45.65 
 
 		 222 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.070187  normal  0.750073 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06820  K+ transport system, NAD-binding component  38.18 
 
 		 370 aa  41.2  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.074637  normal  0.0591627 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2020  Ion transport protein  35.59 
 
 		 282 aa  41.2  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0760  Ion transport 2 domain protein  41.67 
 
 		 224 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.400355  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2914  Ion transport 2 domain-containing protein  31.51 
 
 		 136 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1320  Ion transport 2 domain protein  45.24 
 
 		 290 aa  41.2  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.615592  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0527  TrkA domain-containing protein  30.12 
 
 		 564 aa  41.2  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.630061  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4033  hypothetical protein  27.5 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3124  ion transport 2 domain-containing protein  31.87 
 
 		 150 aa  40.8  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0050  Ion transport 2 domain protein  26.81 
 
 		 372 aa  40.4  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>