More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_84074 on replicon NC_009045
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009045  PICST_84074  ATP-dependent RNA helicase DBP9 (DEAD-box protein 9)  100 
 
 
581 aa  1190    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.114651  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06374  ATP-dependent RNA helicase dbp9 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5AZA6]  48.28 
 
 
610 aa  557  1e-157  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006682  CNM02050  conserved hypothetical protein  42.29 
 
 
627 aa  423  1e-117  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25549  predicted protein  42.13 
 
 
512 aa  382  1e-105  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29124  predicted protein  32.96 
 
 
583 aa  299  1e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.62 
 
 
493 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  27.79 
 
 
537 aa  191  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41606  predicted protein  29.66 
 
 
755 aa  187  4e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.323573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.38 
 
 
493 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_19237  predicted protein  29.66 
 
 
710 aa  187  5e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.554541  normal  0.150728 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3028  DEAD/DEAH box helicase-like  29.1 
 
 
506 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.287974  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.21 
 
 
467 aa  183  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  27.43 
 
 
556 aa  183  7e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.67 
 
 
466 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00471201  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  29.79 
 
 
485 aa  179  1e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  28 
 
 
495 aa  178  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.69 
 
 
567 aa  179  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.581814 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_1703  nucleolar DEAD-box protein required for synthesis of 60S ribosomal subunits  30.15 
 
 
672 aa  177  4e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  29.48 
 
 
482 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  29.48 
 
 
482 aa  177  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  29.48 
 
 
571 aa  177  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  29.48 
 
 
482 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  29.48 
 
 
482 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.47 
 
 
479 aa  177  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  29.48 
 
 
482 aa  177  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  29.48 
 
 
559 aa  177  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  29.48 
 
 
481 aa  177  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.37 
 
 
482 aa  177  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2355  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.73 
 
 
497 aa  177  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651471  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3164  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.22 
 
 
580 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.536296  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2235  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.73 
 
 
511 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3362  ATP-dependent RNA helicase  30.07 
 
 
484 aa  176  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_14032  predicted protein  29.68 
 
 
467 aa  176  9.999999999999999e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  27.68 
 
 
492 aa  176  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3878  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.14 
 
 
486 aa  176  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.74 
 
 
511 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04233  ATP-dependent rRNA helicase rrp3 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B5E7]  30.87 
 
 
465 aa  175  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.078552  normal  0.363381 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.88 
 
 
489 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.68 
 
 
487 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.48 
 
 
509 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  29.24 
 
 
527 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.21 
 
 
538 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.12 
 
 
522 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0777  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  27.38 
 
 
528 aa  173  1e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.15 
 
 
441 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  27.97 
 
 
529 aa  172  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  29.24 
 
 
491 aa  173  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0902  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.03 
 
 
474 aa  172  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.282889  normal  0.164162 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1916  hypothetical protein  31.03 
 
 
575 aa  172  2e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.24 
 
 
520 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.96 
 
 
423 aa  172  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  29.24 
 
 
520 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.24 
 
 
520 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  27.97 
 
 
528 aa  171  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  27.97 
 
 
528 aa  171  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.4 
 
 
441 aa  171  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  27.97 
 
 
528 aa  171  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  27.97 
 
 
528 aa  171  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  27.97 
 
 
533 aa  171  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  27.97 
 
 
525 aa  171  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  27.97 
 
 
528 aa  171  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  27.97 
 
 
525 aa  171  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1472  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.81 
 
 
541 aa  171  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000440496  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.65 
 
 
504 aa  170  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0396  superfamily II DNA/RNA helicase  28.01 
 
 
551 aa  170  6e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1688  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  27.93 
 
 
509 aa  170  7e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.279594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.41 
 
 
489 aa  170  7e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  27.63 
 
 
527 aa  170  7e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.08 
 
 
498 aa  170  8e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0681922  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  28.36 
 
 
494 aa  170  8e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  28.12 
 
 
506 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  29.97 
 
 
407 aa  169  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3104  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.31 
 
 
539 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000955018  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0454  superfamily II DNA/RNA helicase  27.83 
 
 
528 aa  169  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.86 
 
 
416 aa  168  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.64 
 
 
441 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.64 
 
 
441 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.64 
 
 
441 aa  167  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.71 
 
 
628 aa  167  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  27.45 
 
 
441 aa  167  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  27.99 
 
 
543 aa  167  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  28.57 
 
 
450 aa  167  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.79 
 
 
626 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  28.43 
 
 
530 aa  166  8e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1643  superfamily II DNA/RNA helicase  27.16 
 
 
521 aa  166  9e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000605464  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1745  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.95 
 
 
432 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.215551 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2006  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.82 
 
 
483 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10125  ATP-dependent RNA helicase (Drs1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14990)  28.01 
 
 
814 aa  165  2.0000000000000002e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00305342  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.64 
 
 
432 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0424079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.91 
 
 
486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0203924  hitchhiker  0.000949009 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  27.21 
 
 
454 aa  165  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.63 
 
 
471 aa  164  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2118  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.82 
 
 
506 aa  164  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000739492  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2156  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.82 
 
 
506 aa  164  5.0000000000000005e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000532471  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.99 
 
 
515 aa  164  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  29.22 
 
 
407 aa  163  6e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.3 
 
 
484 aa  163  7e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  26.98 
 
 
454 aa  163  7e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.98 
 
 
454 aa  163  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81007  predicted protein  29.35 
 
 
558 aa  163  8.000000000000001e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.661709  normal  0.655952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>