More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3922 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3922  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  100 
 
 
204 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.325521  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  48.73 
 
 
203 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3565  amino acid transporter LysE  48.22 
 
 
203 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2209  lysine exporter protein LysE/YggA  47.72 
 
 
203 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2480  lysine exporter protein LysE/YggA  47.21 
 
 
203 aa  174  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0815  lysine exporter protein LysE/YggA  47.21 
 
 
204 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4165  amino acid transporter LysE  42.64 
 
 
203 aa  157  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4576  lysine exporter protein LysE/YggA  47.72 
 
 
203 aa  154  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  39.16 
 
 
213 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  35.75 
 
 
212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  35.44 
 
 
211 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  34.95 
 
 
211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  35.44 
 
 
211 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  33.48 
 
 
218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  32.59 
 
 
222 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  32.59 
 
 
222 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  38.41 
 
 
211 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  38.41 
 
 
211 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  32.75 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  34.93 
 
 
211 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.95 
 
 
211 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  31.66 
 
 
207 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  32.2 
 
 
212 aa  104  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  33.18 
 
 
218 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1739  lysine exporter protein LysE/YggA  36.65 
 
 
208 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0365796  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0048  lysine exporter protein LysE/YggA  34 
 
 
208 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075881  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.83 
 
 
209 aa  101  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31 
 
 
208 aa  99.8  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0976  lysine exporter protein LysE/YggA  34.33 
 
 
209 aa  97.8  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1618  lysine exporter protein LysE/YggA  35.98 
 
 
209 aa  97.4  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.360682  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  31.84 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  33.5 
 
 
205 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  31.71 
 
 
208 aa  95.1  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.5 
 
 
208 aa  94.7  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3381  lysine exporter protein LysE/YggA  36.97 
 
 
209 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.599576  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4986  lysine exporter protein LysE/YggA  36.97 
 
 
209 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0538724  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.5 
 
 
206 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.513568 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  31.82 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1166  lysine exporter protein LysE/YggA  32.24 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5301  lysine exporter protein LysE/YggA  36.97 
 
 
209 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3206  lysine exporter protein LysE/YggA  34.07 
 
 
208 aa  90.9  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.84476  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0277  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.34 
 
 
208 aa  90.9  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0692  lysine exporter protein LysE/YggA  35.76 
 
 
209 aa  89.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4318  lysine exporter protein LysE/YggA  32.16 
 
 
203 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0592644  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3909  lysine exporter protein LysE/YggA  35.8 
 
 
210 aa  89.4  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806528  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.18 
 
 
207 aa  89.4  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  32.21 
 
 
212 aa  89.7  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  32 
 
 
205 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  32 
 
 
206 aa  89  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33 
 
 
205 aa  89  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  33.12 
 
 
207 aa  89.4  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.3 
 
 
208 aa  89  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.65 
 
 
204 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0679  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.65 
 
 
207 aa  88.2  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000948495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7453  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.46 
 
 
207 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.353642  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2789  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.18 
 
 
213 aa  86.7  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.376522  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4701  lysine exporter protein LysE/YggA  32.02 
 
 
207 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0229835 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1714  lysine exporter protein LysE/YggA  33.74 
 
 
238 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6543  lysine exporter protein LysE/YggA  30.6 
 
 
207 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  32.06 
 
 
217 aa  85.9  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000642  transporter LysE family  35.62 
 
 
204 aa  85.9  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.33 
 
 
213 aa  85.5  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  30.29 
 
 
207 aa  85.1  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  36.08 
 
 
208 aa  85.1  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0303  lysine exporter protein LysE/YggA  30.1 
 
 
205 aa  84.7  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.85144e-16  normal  0.0852573 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7111  RhtB family transporter  31.76 
 
 
215 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0122  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.81 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0287  lysine exporter protein LysE/YggA  31.75 
 
 
214 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167258  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  29.81 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5636  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.6 
 
 
211 aa  83.2  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0625165 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.7 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1401  lysine exporter protein LysE/YggA  32.21 
 
 
204 aa  83.2  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582865  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.32 
 
 
211 aa  82.4  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1710  lysine exporter protein LysE/YggA  32.29 
 
 
209 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.38 
 
 
213 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  28.85 
 
 
207 aa  82  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1876  lysine exporter protein LysE/YggA  28.71 
 
 
224 aa  82  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4067  lysine exporter protein LysE/YggA  32.47 
 
 
218 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4299  lysine exporter protein LysE/YggA  32.47 
 
 
218 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2246  amino acid efflux pump, RhtB family protein  31.03 
 
 
222 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.747875  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  81.3  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  35.44 
 
 
210 aa  81.3  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.96 
 
 
205 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.73 
 
 
206 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2255  lysine exporter protein LysE/YggA  33.52 
 
 
210 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674089 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3218  lysine exporter protein LysE/YggA  33.12 
 
 
217 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4236  lysine exporter protein LysE/YggA  29.33 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.36 
 
 
211 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0593  lysine exporter protein LysE/YggA  27.64 
 
 
210 aa  80.5  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  32.02 
 
 
206 aa  80.1  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4194  lysine exporter protein LysE/YggA  33.77 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.288447  normal  0.382747 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2465  lysine exporter protein LysE/YggA  32.16 
 
 
214 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.19798  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  27.88 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>