57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3170 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3170  phage portal protein, PBSX family  100 
 
 		 339 aa  705    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3502  PBSX family phage portal protein  76.7 
 
 		 338 aa  551  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.174069 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4363  phage portal protein pbsx family  73.39 
 
 		 345 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000346537 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3053  phage portal protein, pbsx family  73.1 
 
 		 344 aa  523  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.355995  hitchhiker  0.00000000672822 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4322  PBSX family phage portal protein  73.1 
 
 		 344 aa  522  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00346629 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2869  phage portal protein, pbsx family  66.67 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2325  PBSX family phage portal protein  65.38 
 
 		 343 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.916236  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1355  PBSX family phage portal protein  66.37 
 
 		 343 aa  480  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.694931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2778  PBSX family phage portal protein  64.9 
 
 		 341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00832  probable capsid portal protein  64.6 
 
 		 342 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3051  phage portal protein, pbsx family  63.64 
 
 		 343 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0247481 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1941  bacteriophage protein  64.71 
 
 		 361 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0923  PBSX family phage portal protein  64.01 
 
 		 341 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3288  PBSX family phage portal protein  58.79 
 
 		 348 aa  438  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0208  PBSX family phage portal protein  59.7 
 
 		 350 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  0.444243 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4834  PBSX family phage portal protein  60.18 
 
 		 350 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2691  PBSX family phage portal protein  57.27 
 
 		 351 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1812  PBSX family phage portal protein  57.27 
 
 		 351 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2741  PBSX family phage portal protein  57.27 
 
 		 351 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1353  PBSX family phage portal protein  56.69 
 
 		 351 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00953251  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0145  PBSX family phage portal protein  58.48 
 
 		 337 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2823  portal protein PBSX family  58.39 
 
 		 363 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2261  portal protein PBSX family  58.39 
 
 		 363 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0335  Phage portal protein  58.7 
 
 		 363 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.127245  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0135  PBSX family phage portal protein  58.18 
 
 		 337 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2315  PBSX family phage portal protein  58.39 
 
 		 363 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2336  PBSX family phage portal protein  58.39 
 
 		 363 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465256  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0128  portal protein PBSX family  57.58 
 
 		 337 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2917  PBSX family phage portal protein  55.29 
 
 		 348 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.722057 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2640  phage portal protein, PBSX family  56.36 
 
 		 355 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.705572  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37620  Phage portal protein  55.8 
 
 		 346 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1400  Phage portal protein, PBSX  57.59 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.691586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01364  phage portal protein, pbsx family  55.1 
 
 		 341 aa  379  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.364457  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3834  phage portal protein, PBSX family  47.84 
 
 		 350 aa  359  4e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0990  PBSX family phage portal protein  76.11 
 
 		 180 aa  291  9e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2768  PBSX family phage portal protein  40.94 
 
 		 347 aa  262  8e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.647228  normal  0.741108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1473  PBSX family phage portal protein  39.34 
 
 		 347 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0238  phage portal protein, PBSX family  39.76 
 
 		 344 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00721775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0694  PBSX family phage portal protein  38.79 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0588  PBSX family phage portal protein  36.42 
 
 		 338 aa  225  7e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432938  normal  0.412593 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0896  PBSX family phage portal protein  35.08 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.647751  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2801  phage portal protein, pbsx family  35.22 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2938  phage portal protein pbsx family  34.03 
 
 		 353 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  3.19492e-28 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3494  phage portal protein, pbsx family  34.03 
 
 		 353 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  4.19269e-27 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5051  PBSX family phage portal protein  40.26 
 
 		 235 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0705  PBSX family phage portal protein  40.26 
 
 		 235 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05024  hypothetical protein  33.87 
 
 		 335 aa  186  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1025  phage portal protein  33.89 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1281  PBSX family phage portal protein  34.8 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.828599  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1059  PBSX family phage portal protein  32.7 
 
 		 340 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0719  PBSX family phage portal protein  32.9 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0856  hypothetical protein  52.27 
 
 		 133 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.045604  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3263  bacteriophage capsid portal protein  51.52 
 
 		 99 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0311  portal protein PBSX family, truncation  52.87 
 
 		 95 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0650  phage portal protein  25.17 
 
 		 353 aa  89  1e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0091  PBSX family phage portal protein  32.56 
 
 		 97 aa  47.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00433444  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0944  putative portal vertex protein  31.96 
 
 		 121 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.592836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>