More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2172 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2172  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  100 
 
 
201 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  42.08 
 
 
203 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  32.46 
 
 
205 aa  111  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  32.67 
 
 
211 aa  108  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4452  lysine exporter protein LysE/YggA  34.38 
 
 
205 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000383536 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  32.99 
 
 
204 aa  104  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  31 
 
 
212 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2291  lysine exporter protein LysE/YggA  33.16 
 
 
213 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.888062 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2220  lysine exporter protein LysE/YggA  33.67 
 
 
213 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181241  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  35.15 
 
 
211 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.85 
 
 
206 aa  98.6  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.35 
 
 
206 aa  97.4  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.35 
 
 
206 aa  97.4  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.56 
 
 
207 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.28 
 
 
209 aa  96.7  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  96.3  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  95.1  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.35 
 
 
206 aa  94.7  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.5 
 
 
206 aa  94.7  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0976  lysine exporter protein LysE/YggA  30.77 
 
 
209 aa  94.4  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.11 
 
 
205 aa  94.7  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.44 
 
 
213 aa  94  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.35 
 
 
206 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.43 
 
 
206 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  28.22 
 
 
206 aa  92.8  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  27 
 
 
205 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.43 
 
 
206 aa  92.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.98 
 
 
206 aa  91.7  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476612  normal  0.152884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2136  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.54 
 
 
212 aa  91.7  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  91.7  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2108  lysine exporter protein LysE/YggA  33.67 
 
 
213 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.451447 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.89 
 
 
213 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.43 
 
 
206 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3962  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.43 
 
 
206 aa  90.5  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.149154  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  31 
 
 
207 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.957378  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4152  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.73 
 
 
206 aa  90.9  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.37 
 
 
205 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.89 
 
 
206 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3625  amino acid transporter LysE  32.65 
 
 
213 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.277347  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  25.5 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.22 
 
 
206 aa  89  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  24.38 
 
 
209 aa  88.6  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1442  lysine exporter protein LysE/YggA  29.91 
 
 
217 aa  87.8  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.754857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.5 
 
 
204 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4795  lysine exporter protein LysE/YggA  32.16 
 
 
206 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3385  lysine exporter protein LysE/YggA  29.5 
 
 
214 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201071 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  28.36 
 
 
206 aa  85.5  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0236  lysine exporter protein LysE/YggA  30.34 
 
 
214 aa  85.1  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1323  lysine exporter protein LysE/YggA  27.94 
 
 
211 aa  84.7  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.848324 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  30.3 
 
 
211 aa  84.7  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  31.51 
 
 
208 aa  84.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0593  lysine exporter protein LysE/YggA  30.69 
 
 
210 aa  82.8  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0303  lysine exporter protein LysE/YggA  28.71 
 
 
205 aa  82.8  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.85144e-16  normal  0.0852573 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.78 
 
 
211 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  27.89 
 
 
209 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5994  hypothetical protein  27.37 
 
 
209 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  27.64 
 
 
212 aa  81.6  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  30.69 
 
 
207 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4576  lysine exporter protein LysE/YggA  26.15 
 
 
203 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1710  lysine exporter protein LysE/YggA  30.89 
 
 
209 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0582  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.1 
 
 
211 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0426675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.34 
 
 
208 aa  81.3  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2025  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 
208 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.464731  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1701  amino acid transporter LysE  30.6 
 
 
208 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0912104  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5514  lysine exporter protein LysE/YggA  26.87 
 
 
209 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.54 
 
 
208 aa  80.5  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  29.65 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  29.65 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2660  lysine exporter protein LysE/YggA  28.29 
 
 
217 aa  79  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0329872  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  27.8 
 
 
209 aa  79  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  29.63 
 
 
207 aa  79  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3633  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.64 
 
 
207 aa  79  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  29.19 
 
 
218 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0172  lysine exporter protein LysE/YggA  29.56 
 
 
203 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253668  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2802  lysine exporter protein LysE/YggA  29.03 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2300  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.735083  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  29.26 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2313  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.79 
 
 
208 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00564099  hitchhiker  0.00590082 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01768  neutral amino-acid efflux system  29.63 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01756  hypothetical protein  29.63 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2524  leucine export protein LeuE  29.1 
 
 
212 aa  78.2  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3206  lysine exporter protein LysE/YggA  29.22 
 
 
208 aa  78.2  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.84476  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1925  putative homoserine/threonine efflux protein  30.21 
 
 
208 aa  78.2  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82308e-38 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1845  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.1 
 
 
212 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1886  leucine export protein LeuE  29.1 
 
 
212 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1835  leucine export protein LeuE  29.1 
 
 
212 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.966652  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  29.19 
 
 
217 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0122  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.07 
 
 
207 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1390  leucine export protein LeuE  29.1 
 
 
212 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547214  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3290  lysine exporter protein LysE/YggA  26.4 
 
 
206 aa  77.8  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76234  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3276  lysine exporter protein LysE/YggA  27.42 
 
 
206 aa  77.8  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.667965  normal  0.54958 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0964  lysine exporter protein LysE/YggA  27.87 
 
 
205 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0177449 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  31.88 
 
 
208 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  29.1 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>