More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1451 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
209 aa  411  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.82 
 
 
207 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0113  lysine exporter protein LysE/YggA  34.48 
 
 
207 aa  123  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.894147 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.15 
 
 
208 aa  122  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  33.96 
 
 
211 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3407  lysine exporter protein LysE/YggA  31.92 
 
 
213 aa  121  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000235018  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  33.99 
 
 
207 aa  121  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.161757 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  32.56 
 
 
211 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.9 
 
 
206 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.513568 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  32.7 
 
 
212 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3121  amino acid transporter LysE  33.18 
 
 
218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0201026  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  33.5 
 
 
207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00934187 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32 
 
 
208 aa  119  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2798  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
211 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00531331  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0308  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
211 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000182648  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.56 
 
 
211 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0235  lysine exporter protein LysE/YggA  34.91 
 
 
211 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00162299  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0118  lysine exporter protein LysE/YggA  34.15 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0122  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.15 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0227  lysine exporter protein LysE/YggA  34.43 
 
 
211 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0118628  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0123  lysine exporter protein LysE/YggA  34.15 
 
 
207 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.17 
 
 
208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0122  amino acid transporter LysE  33 
 
 
207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0029  amino acid transporter LysE  33.03 
 
 
222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0393564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3800  LysE family translocator protein  32.27 
 
 
222 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00135005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3861  LysE family translocator protein  32.27 
 
 
222 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0165555  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1476  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.05 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.779186  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2876  lysine exporter protein LysE/YggA  32.26 
 
 
218 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.000000000054165  unclonable  0.00000000000000325534 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4236  lysine exporter protein LysE/YggA  33.66 
 
 
207 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.92 
 
 
206 aa  112  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  32.68 
 
 
204 aa  112  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.92 
 
 
206 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4701  lysine exporter protein LysE/YggA  34.87 
 
 
207 aa  111  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0229835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.92 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0119  lysine exporter protein LysE/YggA  31.82 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.376681  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0048  lysine exporter protein LysE/YggA  30.43 
 
 
208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.43 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.88 
 
 
206 aa  109  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  31.28 
 
 
205 aa  109  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  32.06 
 
 
212 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6784  LysE family amino acid efflux protein  28.57 
 
 
206 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0400664 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  29.56 
 
 
205 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3405  lysine exporter protein LysE/YggA  32.99 
 
 
212 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.43 
 
 
204 aa  107  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1323  lysine exporter protein LysE/YggA  30.3 
 
 
211 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.848324 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.41 
 
 
206 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3288  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  36.93 
 
 
211 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.41 
 
 
206 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3117  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
210 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5250  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
210 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5023  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 
210 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.904579 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.41 
 
 
206 aa  105  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1731  lysine exporter protein LysE/YggA  32.06 
 
 
209 aa  104  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.820642  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3565  amino acid transporter LysE  36.2 
 
 
203 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0403  lysine exporter protein LysE/YggA  32.54 
 
 
211 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2209  lysine exporter protein LysE/YggA  36.09 
 
 
203 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.41 
 
 
206 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2456  putative homoserine/threonine efflux protein  32.06 
 
 
210 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.506268  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2444  lysine exporter protein LysE/YggA  34.65 
 
 
205 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5476  lysine exporter protein LysE/YggA  28.02 
 
 
210 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  28.5 
 
 
207 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2246  amino acid efflux pump, RhtB family protein  34.36 
 
 
222 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.747875  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3276  lysine exporter protein LysE/YggA  32.14 
 
 
206 aa  102  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.667965  normal  0.54958 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5994  hypothetical protein  31.05 
 
 
209 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.44 
 
 
209 aa  102  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.06 
 
 
206 aa  102  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  31.05 
 
 
209 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2456  lysine exporter protein LysE/YggA  30.46 
 
 
205 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010294  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0291  lysine exporter protein LysE/YggA  28.95 
 
 
224 aa  101  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1394  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.33 
 
 
207 aa  101  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2131  homoserine/threonine efflux protein  31.1 
 
 
210 aa  101  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000187844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  34.97 
 
 
203 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2374  putative homoserine/threonine efflux protein  31.1 
 
 
210 aa  101  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2117  homoserine/threonine efflux protein  30.62 
 
 
210 aa  101  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.045272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.99 
 
 
207 aa  101  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2480  lysine exporter protein LysE/YggA  31.86 
 
 
203 aa  101  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2194  homoserine/threonine efflux protein  30.62 
 
 
210 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0534032  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0205  lysine exporter protein LysE/YggA  37.99 
 
 
228 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.933986  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2355  homoserine/threonine efflux protein  30.62 
 
 
210 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  27.09 
 
 
205 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3909  lysine exporter protein LysE/YggA  28.92 
 
 
210 aa  100  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806528  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0593  lysine exporter protein LysE/YggA  28.85 
 
 
210 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0038  lysine exporter protein LysE/YggA  30.35 
 
 
211 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  25.12 
 
 
205 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  30.92 
 
 
210 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.95 
 
 
204 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.49 
 
 
211 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0050  lysine exporter protein LysE/YggA  35.06 
 
 
210 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  27.88 
 
 
206 aa  99.8  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1597  lysine exporter protein LysE/YggA  32.68 
 
 
207 aa  99.4  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  28.14 
 
 
208 aa  99.8  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0741  lysine exporter protein LysE/YggA  30.3 
 
 
209 aa  99.8  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.664239  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  32.52 
 
 
203 aa  99.4  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2802  lysine exporter protein LysE/YggA  30.11 
 
 
212 aa  99.4  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>