More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1824 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2108  transcriptional regulator, LacI family  97.18 
 
 		 320 aa  636    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167911  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1824  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 319 aa  650    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.381953  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0039  LacI family transcription regulator  83.33 
 
 		 316 aa  543  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.797045  normal  0.577352 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  31.15 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 336 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  27.73 
 
 		 337 aa  106  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  31.07 
 
 		 338 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  29.76 
 
 		 340 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 336 aa  99.4  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  30.61 
 
 		 340 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  30.61 
 
 		 339 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  30.61 
 
 		 339 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  30.61 
 
 		 339 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  26.28 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  26.58 
 
 		 335 aa  97.8  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  31.65 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  26.88 
 
 		 337 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  29.54 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1812  LacI family transcription regulator  28.34 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000564911  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0679  catabolite control protein  28.8 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.641859  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  29.54 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  29.54 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.86 
 
 		 348 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  27.35 
 
 		 336 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  28.04 
 
 		 332 aa  94.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  28.04 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.18 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  28.08 
 
 		 344 aa  93.2  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.77 
 
 		 333 aa  93.2  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  27.91 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  28.04 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  27.18 
 
 		 359 aa  92.4  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  25.46 
 
 		 332 aa  92.4  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  30.11 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  27.16 
 
 		 332 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  27.21 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  25.75 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0550  LacI family transcription regulator  28.66 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  27.16 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  31.62 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.8 
 
 		 325 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  27.73 
 
 		 332 aa  89.4  7e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  27.73 
 
 		 332 aa  89.4  7e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.85 
 
 		 332 aa  89.7  7e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2742  LacI family transcription regulator  27.35 
 
 		 333 aa  89.4  7e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  28.04 
 
 		 332 aa  89  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  27.73 
 
 		 332 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  28.04 
 
 		 332 aa  89  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 		 339 aa  89  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 337 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  28.25 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  28.47 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.09 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.78 
 
 		 342 aa  87  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  25.55 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  28.11 
 
 		 337 aa  86.7  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  25.53 
 
 		 333 aa  86.3  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.75 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  28.22 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.45 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  26.96 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13210  transcriptional regulator, LacI family  26.32 
 
 		 345 aa  84.7  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.82 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  27.54 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  28.52 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  28.32 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  26.97 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  26.97 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  30.04 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  27.24 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  27.24 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  25.24 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  27.24 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  28.57 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5463  LacI family transcription regulator  27.78 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  29.3 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  27.24 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  27.24 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  27.15 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  25.88 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.81 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  27.36 
 
 		 326 aa  82  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  26.95 
 
 		 350 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0707  RegM family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000462743  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  29.8 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  27.34 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.37 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.37 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  27.34 
 
 		 357 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  27.34 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  28.26 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  29.37 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>