More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0114 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0948  gluconate transporter  74.45 
 
 		 454 aa  634    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.611813  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0114  inner membrane permease YgbN  100 
 
 		 452 aa  876    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1488  inner membrane permease YgbN  79.07 
 
 		 456 aa  646    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0108  inner membrane permease YgbN  86.28 
 
 		 452 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02590  predicted transporter  74.23 
 
 		 454 aa  633  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0972  inner membrane permease YgbN  74.45 
 
 		 454 aa  634  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02555  hypothetical protein  74.23 
 
 		 454 aa  633  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3037  inner membrane permease YgbN  74.45 
 
 		 454 aa  632  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2878  inner membrane permease YgbN  74.23 
 
 		 454 aa  633  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3134  inner membrane permease YgbN  74.01 
 
 		 454 aa  627  1e-178  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0274  inner membrane permease YgbN  58.24 
 
 		 472 aa  457  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.463908  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0506  inner membrane permease YgbN  49.78 
 
 		 488 aa  443  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5063  gluconate transporter family protein  44.19 
 
 		 485 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0463  gluconate transporter  43.98 
 
 		 485 aa  353  5e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2508  gluconate transporter  42.51 
 
 		 502 aa  341  2e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47497  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5482  gluconate transporter  42.38 
 
 		 464 aa  315  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3642  gluconate transporter  39.78 
 
 		 458 aa  295  8e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.566289 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4271  gluconate transporter  40.75 
 
 		 459 aa  295  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0785  gluconate transporter  40.33 
 
 		 460 aa  291  1e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.870466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3004  gluconate transporter  39.64 
 
 		 464 aa  291  2e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4040  gluconate transporter  39.16 
 
 		 477 aa  288  1e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0556  gluconate transporter  41.4 
 
 		 446 aa  288  1e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24190  gluconate transporter  37.09 
 
 		 460 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.456069  normal  0.0307448 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0925  gluconate transporter  40.04 
 
 		 448 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5329  gluconate transporter  38.64 
 
 		 477 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5418  gluconate transporter  38.64 
 
 		 477 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5708  gluconate transporter  38.64 
 
 		 477 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.766983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0378  gluconate permease  39.35 
 
 		 444 aa  279  9e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00016138  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5300  gluconate transporter  37.18 
 
 		 461 aa  278  1e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1136  gluconate transporter  38.22 
 
 		 467 aa  276  6e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0120866 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001958  low-affinity gluconate/H+ symporter GntU  37.55 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07730  gluconate transporter  38.95 
 
 		 461 aa  272  1e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.619912  normal  0.0357152 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5912  gluconate transporter  38.01 
 
 		 474 aa  271  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0993393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26850  gluconate transporter  38.24 
 
 		 459 aa  268  1e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3529  gluconate transporter  38.44 
 
 		 467 aa  267  4e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0503  gluconate transporter  37.31 
 
 		 476 aa  265  1e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4088  low affinity gluconate transporter  36.26 
 
 		 447 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4175  low affinity gluconate transporter  36.26 
 
 		 447 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3979  low affinity gluconate transporter  36.26 
 
 		 447 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2267  gluconate transporter  37.87 
 
 		 461 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4057  low affinity gluconate transporter  35.67 
 
 		 447 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22470  Gluconate transporter  37.5 
 
 		 450 aa  260  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00514  permease  37.13 
 
 		 458 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2578  gluconate transporter  35.94 
 
 		 453 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840418  hitchhiker  0.000373663 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0665  gluconate permease  37.44 
 
 		 458 aa  256  6e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.843783  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4018  gluconate transporter  34.79 
 
 		 453 aa  255  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.566968  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2702  gluconate transporter  34.66 
 
 		 456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3417  gluconate transporter  34.93 
 
 		 450 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal  0.234684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2523  gluconate transporter  34.93 
 
 		 450 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.365618  normal  0.0854776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2345  gluconate transporter  34.93 
 
 		 450 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2664  putative gluconate permease  37.13 
 
 		 458 aa  251  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.909443  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3741  low affinity gluconate transporter  35.49 
 
 		 446 aa  249  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3111  gluconate transporter  34.27 
 
 		 447 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3850  low affinity gluconate transporter  35.87 
 
 		 446 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1484  gluconate transporter  34.26 
 
 		 449 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34630  gluconate permease  34.72 
 
 		 450 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.681344  normal  0.14403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3910  low affinity gluconate transporter  35.65 
 
 		 446 aa  247  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.706016 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2931  gluconate transporter  37.21 
 
 		 458 aa  248  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3894  gluconate transporter  36.36 
 
 		 487 aa  248  2e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320954  normal  0.0364426 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3914  low affinity gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3808  low affinity gluconate transporter  35.27 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03287  gluconate transporter, low affinity GNT 1 system  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.805381  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0279  gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3730  low affinity gluconate transporter  35.27 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.811939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03240  hypothetical protein  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4752  low affinity gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.920357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3719  low affinity gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3635  low affinity gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0277  low affinity gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3368  gluconate transporter  35.31 
 
 		 465 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.427288  hitchhiker  0.000000248851 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3889  low affinity gluconate transporter  35.43 
 
 		 446 aa  247  4e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28740  gluconate transporter  33.92 
 
 		 472 aa  246  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.152829  normal  0.105113 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2780  gluconate transporter  33.41 
 
 		 450 aa  246  6e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0591  Na+/gluconate symporter, GntP  34.73 
 
 		 465 aa  246  6e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3565  gluconate permease  35.63 
 
 		 450 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0134143  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3844  low affinity gluconate transporter  35.65 
 
 		 446 aa  245  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.567934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2938  gluconate permease  34.5 
 
 		 450 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3338  gluconate transporter  35.41 
 
 		 450 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.622488  hitchhiker  0.000717013 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4774  gluconate transporter  33.95 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0172668  normal  0.610861 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0217  gluconate transporter  33.71 
 
 		 438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3385  gluconate permease  35.68 
 
 		 441 aa  242  9e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.545064  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3027  gluconate transporter  35.89 
 
 		 450 aa  242  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4498  gluconate transporter  34.81 
 
 		 445 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3069  gluconate transporter  33.18 
 
 		 467 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.384324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0267  gluconate transporter  33.56 
 
 		 438 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.153996  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3410  gluconate permease  35.45 
 
 		 441 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3398  gluconate permease  35.68 
 
 		 441 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3408  gluconate permease  35.68 
 
 		 441 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.37763  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4746  Gnt-II system L-idonate transporter  33.33 
 
 		 439 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.618535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0923  H+/gluconate symporter related permease  32.79 
 
 		 444 aa  240  2.9999999999999997e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.59595  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3162  gluconate permease  35.45 
 
 		 441 aa  240  4e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3079  gluconate permease  35.45 
 
 		 441 aa  240  4e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3732  gluconate transporter  33.33 
 
 		 439 aa  240  5e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1664  gluconate transporter  34.43 
 
 		 449 aa  239  5e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4521  Gnt-II system L-idonate transporter  33.33 
 
 		 439 aa  240  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00247449  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04131  L-idonate and D-gluconate transporter  33.33 
 
 		 439 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04095  hypothetical protein  33.33 
 
 		 439 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4867  gluconate:H+ symporter family protein  34 
 
 		 463 aa  239  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.147551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4830  gluconate:H+ symporter (hypothetical protein) family transporter  34 
 
 		 463 aa  239  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.742324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2528  gluconate transporter  33.87 
 
 		 452 aa  238  1e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>