More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1452 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1452  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 99 aa  192  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.14886  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1203  histone-like DNA-binding protein  96.97 
 
 		 99 aa  187  5e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3750  histone-like DNA-binding protein  83.84 
 
 		 99 aa  168  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0653422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4034  DNA-binding protein HU  76.77 
 
 		 100 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.235716 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1603  DNA-binding protein  53.06 
 
 		 129 aa  100  7e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.53335  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0581  DNA-binding protein BpH2  53.06 
 
 		 129 aa  100  7e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1943  DNA-binding protein BpH2  54.74 
 
 		 149 aa  97.1  7e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773845  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0251  DNA-binding protein  54.74 
 
 		 149 aa  96.7  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000057612  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2924  histone family protein DNA-binding protein  52.63 
 
 		 118 aa  94  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0908189  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0911  DNA-binding protein HU, putative  44.68 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000732094  decreased coverage  0.000000096145 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5068  histone family protein DNA-binding protein  48.96 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1500  histone family protein DNA-binding protein  48.96 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0444762  normal  0.010023 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5164  histone family protein DNA-binding protein  48.96 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  43.43 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5558  histone-like DNA-binding protein  46.88 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1029  histone-like protein  42.71 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.221489  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0905  histone family protein DNA-binding protein  42.71 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6090  histone-like bacterial DNA-binding protein (Bph2)  46.88 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000417993  normal  0.832292 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2126  histone family protein DNA-binding protein  47.92 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.598787  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1589  histone family protein DNA-binding protein  47.92 
 
 		 179 aa  70.9  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1007  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402804 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5992  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 202 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0054  histone family protein DNA-binding protein  43.88 
 
 		 106 aa  70.1  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01988  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.864367  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6191  histone-like DNA-binding protein  44.79 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442446  hitchhiker  0.00020029 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4742  histone-like DNA-binding protein  46.88 
 
 		 230 aa  67  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.039459  normal  0.060583 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4051  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4510  histone family protein DNA-binding protein  41 
 
 		 155 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43063  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0701  DNA-binding protein BpH2  43.3 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4509  histone family protein DNA-binding protein  42.71 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0180118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4442  histone family protein DNA-binding protein  42.71 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0762  Bph2  42.71 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0912566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  42.42 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4602  histone family protein DNA-binding protein  43.3 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3872  histone family protein DNA-binding protein  43.3 
 
 		 149 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3550  histone family protein DNA-binding protein  43.3 
 
 		 149 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2106  histone-like DNA-binding protein  43.3 
 
 		 149 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  41.05 
 
 		 90 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4388  histone-like DNA-binding protein  43.3 
 
 		 149 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294948  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  42.71 
 
 		 91 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  41.05 
 
 		 90 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0551  histone H1  42.27 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1671  DNA-binding protein BpH2  42.27 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412961  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1700  DNA-binding protein BpH2  42.27 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.791918  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2419  putative histone H1  42.27 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0746  DNA-binding protein BpH2  42.27 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.73636  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1880  DNA-binding protein BpH2  42.27 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2281  putative histone H1  42.27 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  42.11 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  41.3 
 
 		 91 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2538  histone family protein DNA-binding protein  39.08 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  38.95 
 
 		 92 aa  55.5  0.0000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  41.05 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3445  hypothetical protein  40.28 
 
 		 106 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0106732  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  38.38 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  38.38 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  38.38 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1560  histone family protein DNA-binding protein  39.76 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  39.47 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 92 aa  53.5  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 91 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 91 aa  53.5  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 91 aa  53.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  40 
 
 		 90 aa  53.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2873  transcriptional regulator HU subunit beta  40 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1717  histone family protein DNA-binding protein  39.58 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000293556  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  52  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0180  histone family protein DNA-binding protein  31.58 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75268  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  37.89 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3051  transcriptional regulator HU subunit beta  38.95 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10570  histone family protein DNA-binding protein  38.83 
 
 		 137 aa  51.2  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3231  transcriptional regulator HU subunit beta  38.95 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3089  transcriptional regulator HU subunit beta  38.95 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.42002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3224  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  36.26 
 
 		 92 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  36.26 
 
 		 92 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0087  histone family protein DNA-binding protein  38.54 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  34.74 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  38.95 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2572  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 206 aa  50.8  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  38.95 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  38.95 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>