134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0911 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0911  DNA-binding protein HU, putative  100 
 
 		 135 aa  264  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000732094  decreased coverage  0.000000096145 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1603  DNA-binding protein  60.38 
 
 		 129 aa  130  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.53335  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0581  DNA-binding protein BpH2  60.38 
 
 		 129 aa  130  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0251  DNA-binding protein  52.24 
 
 		 149 aa  128  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000057612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1943  DNA-binding protein BpH2  51.49 
 
 		 149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773845  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5992  histone-like DNA-binding protein  49.5 
 
 		 202 aa  107  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5164  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 130 aa  107  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1500  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 130 aa  107  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0444762  normal  0.010023 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6191  histone-like DNA-binding protein  49.5 
 
 		 140 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442446  hitchhiker  0.00020029 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5558  histone-like DNA-binding protein  49.5 
 
 		 140 aa  107  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6090  histone-like bacterial DNA-binding protein (Bph2)  50.5 
 
 		 147 aa  107  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000417993  normal  0.832292 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1029  histone-like protein  49.02 
 
 		 130 aa  104  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.221489  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0905  histone family protein DNA-binding protein  49.02 
 
 		 130 aa  104  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5068  histone family protein DNA-binding protein  48.08 
 
 		 135 aa  102  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2924  histone family protein DNA-binding protein  57.45 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0908189  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1007  histone family protein DNA-binding protein  48.51 
 
 		 132 aa  99  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1589  histone family protein DNA-binding protein  48.08 
 
 		 179 aa  96.7  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4051  histone-like DNA-binding protein  44.55 
 
 		 154 aa  96.3  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0701  DNA-binding protein BpH2  46.6 
 
 		 147 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2126  histone family protein DNA-binding protein  47.12 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.598787  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3872  histone family protein DNA-binding protein  47.52 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2106  histone-like DNA-binding protein  47.52 
 
 		 149 aa  94.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4388  histone-like DNA-binding protein  47.52 
 
 		 149 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294948  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3550  histone family protein DNA-binding protein  47.52 
 
 		 149 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108328  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1700  DNA-binding protein BpH2  45.63 
 
 		 147 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.791918  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0746  DNA-binding protein BpH2  45.63 
 
 		 147 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.73636  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1671  DNA-binding protein BpH2  45.63 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1880  DNA-binding protein BpH2  45.63 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2419  putative histone H1  45.63 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2281  putative histone H1  45.63 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0551  histone H1  45.63 
 
 		 140 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4034  DNA-binding protein HU  50 
 
 		 100 aa  93.6  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.235716 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4742  histone-like DNA-binding protein  44.55 
 
 		 230 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.039459  normal  0.060583 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4602  histone family protein DNA-binding protein  44.66 
 
 		 147 aa  93.2  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01988  DNA-binding protein  46.53 
 
 		 141 aa  93.2  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.864367  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0762  Bph2  44.55 
 
 		 150 aa  91.7  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0912566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4442  histone family protein DNA-binding protein  44.55 
 
 		 150 aa  92  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4509  histone family protein DNA-binding protein  43.56 
 
 		 150 aa  89.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0180118  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0054  histone family protein DNA-binding protein  50 
 
 		 106 aa  85.9  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4510  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43063  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3750  histone-like DNA-binding protein  44.79 
 
 		 99 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0653422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7384  histone family protein DNA-binding protein  43.69 
 
 		 147 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.283987 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1203  histone-like DNA-binding protein  43.75 
 
 		 99 aa  79.3  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1452  histone-like DNA-binding protein  43.75 
 
 		 99 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.14886  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3162  histone family protein DNA-binding protein  45.45 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3889  histone family protein DNA-binding protein  45.45 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.933734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2662  histone-like protein  39.6 
 
 		 157 aa  70.1  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.128126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  37.97 
 
 		 93 aa  52  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3302  histone family protein DNA-binding protein  38.26 
 
 		 103 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2223  histone-like DNA-binding protein  39.56 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167078  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  37.66 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 92 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19160  nucleoid DNA-binding protein  38.14 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.34702  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1892  histone-like DNA-binding protein  38.46 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.127774  normal  0.803766 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  37.23 
 
 		 98 aa  48.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  36.84 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  35.44 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  34.74 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4352  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 123 aa  47.8  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.614172 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0070  nucleoid protein Hbs  33.8 
 
 		 92 aa  47.4  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0240129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4472  histone family protein DNA-binding protein  36.17 
 
 		 93 aa  47  0.00008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00595179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  37.23 
 
 		 90 aa  47  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1976  nucleoid DNA-binding protein  33.68 
 
 		 93 aa  47  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  34.04 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2507  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.748528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2570  histone-like DNA-binding protein  41.86 
 
 		 103 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153963  normal  0.195487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2397  histone-like DNA-binding protein  41.86 
 
 		 104 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.806116  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2889  histone-like DNA-binding protein  41.86 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.181903 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3327  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 94 aa  46.2  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.372094  normal  0.0697763 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1274  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 90 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.630033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2126  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 90 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0705  histone family protein DNA-binding protein  43.06 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3371  histone family protein DNA-binding protein  34.69 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.557134  normal  0.106715 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01420  nucleoid DNA-binding protein  35.53 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4203  histone-like DNA-binding protein  32.63 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4335  histone family protein DNA-binding protein  32.63 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4358  histone family protein DNA-binding protein  32.63 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.847271  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2752  histone family protein DNA-binding protein  37.23 
 
 		 93 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2650  DNA-binding protein HU  37.66 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004041  DNA-binding protein HU-beta  35.53 
 
 		 90 aa  44.7  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  36.36 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  32.98 
 
 		 91 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0705  DNA-binding protein HU  32.63 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl670  histone-like DNA-binding protein  35.92 
 
 		 441 aa  42.7  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  31.65 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16074  predicted protein  36.17 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.73937  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  35.06 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10570  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 137 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3249  histone-like DNA-binding protein  37.63 
 
 		 90 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  34.72 
 
 		 90 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  32.98 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0313  DNA-binding protein, HU  31.63 
 
 		 92 aa  41.2  0.004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.657113  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1551  histone-like DNA-binding protein  38.03 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00525571  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  36.17 
 
 		 90 aa  41.2  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  35.06 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0894  nucleoid DNA-binding protein  31.91 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  8.08972e-16  hitchhiker  0.000000000000265027 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  31.58 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  35.79 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>