49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6090 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6090  histone-like bacterial DNA-binding protein (Bph2)  100 
 
 		 147 aa  275  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000417993  normal  0.832292 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5558  histone-like DNA-binding protein  96.04 
 
 		 140 aa  197  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5992  histone-like DNA-binding protein  94.06 
 
 		 202 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6191  histone-like DNA-binding protein  91.09 
 
 		 140 aa  192  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442446  hitchhiker  0.00020029 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4051  histone-like DNA-binding protein  78.85 
 
 		 154 aa  169  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4742  histone-like DNA-binding protein  81.37 
 
 		 230 aa  168  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.039459  normal  0.060583 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5164  histone family protein DNA-binding protein  75.25 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1500  histone family protein DNA-binding protein  75.25 
 
 		 130 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0444762  normal  0.010023 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5068  histone family protein DNA-binding protein  68.27 
 
 		 135 aa  155  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4442  histone family protein DNA-binding protein  62.14 
 
 		 150 aa  134  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0762  Bph2  62.14 
 
 		 150 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0912566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0746  DNA-binding protein BpH2  63.11 
 
 		 147 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.73636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1700  DNA-binding protein BpH2  63.11 
 
 		 147 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.791918  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0701  DNA-binding protein BpH2  63.11 
 
 		 147 aa  133  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4602  histone family protein DNA-binding protein  63.11 
 
 		 147 aa  133  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0551  histone H1  63.11 
 
 		 140 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1880  DNA-binding protein BpH2  63.11 
 
 		 140 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2419  putative histone H1  63.11 
 
 		 140 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2281  putative histone H1  63.11 
 
 		 140 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1029  histone-like protein  62.14 
 
 		 130 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.221489  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0905  histone family protein DNA-binding protein  62.14 
 
 		 130 aa  132  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1671  DNA-binding protein BpH2  63.11 
 
 		 140 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412961  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4509  histone family protein DNA-binding protein  58.72 
 
 		 150 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0180118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4510  histone family protein DNA-binding protein  62 
 
 		 155 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43063  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3872  histone family protein DNA-binding protein  60.78 
 
 		 149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2106  histone-like DNA-binding protein  60.78 
 
 		 149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3550  histone family protein DNA-binding protein  60.78 
 
 		 149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4388  histone-like DNA-binding protein  60.78 
 
 		 149 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294948  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1007  histone family protein DNA-binding protein  58.42 
 
 		 132 aa  120  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1589  histone family protein DNA-binding protein  56.73 
 
 		 179 aa  120  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2126  histone family protein DNA-binding protein  55.77 
 
 		 134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.598787  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7384  histone family protein DNA-binding protein  59.22 
 
 		 147 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.283987 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3162  histone family protein DNA-binding protein  61 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3889  histone family protein DNA-binding protein  61 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.933734 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0911  DNA-binding protein HU, putative  50.5 
 
 		 135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000732094  decreased coverage  0.000000096145 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2662  histone-like protein  56.73 
 
 		 157 aa  104  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.128126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01988  DNA-binding protein  50.5 
 
 		 141 aa  99.8  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.864367  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0581  DNA-binding protein BpH2  49.49 
 
 		 129 aa  91.7  3e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1603  DNA-binding protein  49.49 
 
 		 129 aa  91.7  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.53335  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0251  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 149 aa  85.5  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000057612  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2924  histone family protein DNA-binding protein  48.39 
 
 		 118 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0908189  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1943  DNA-binding protein BpH2  43.31 
 
 		 149 aa  84.7  4e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773845  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1452  histone-like DNA-binding protein  46.88 
 
 		 99 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.14886  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1203  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 99 aa  67.4  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4034  DNA-binding protein HU  39.8 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.235716 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0054  histone family protein DNA-binding protein  41.41 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3750  histone-like DNA-binding protein  41.49 
 
 		 99 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0653422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  36.46 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  36.46 
 
 		 96 aa  40.4  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>