237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3750 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3750  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 99 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0653422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1452  histone-like DNA-binding protein  83.84 
 
 		 99 aa  168  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.14886  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1203  histone-like DNA-binding protein  83.84 
 
 		 99 aa  167  5e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4034  DNA-binding protein HU  80.81 
 
 		 100 aa  167  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.235716 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0581  DNA-binding protein BpH2  52.04 
 
 		 129 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1603  DNA-binding protein  52.04 
 
 		 129 aa  103  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.53335  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2924  histone family protein DNA-binding protein  50.53 
 
 		 118 aa  92.8  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0908189  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0251  DNA-binding protein  49.47 
 
 		 149 aa  91.3  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000057612  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1943  DNA-binding protein BpH2  49.47 
 
 		 149 aa  90.9  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773845  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0911  DNA-binding protein HU, putative  45.74 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000732094  decreased coverage  0.000000096145 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  44.44 
 
 		 98 aa  81.6  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0054  histone family protein DNA-binding protein  45.92 
 
 		 106 aa  78.2  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5164  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1500  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0444762  normal  0.010023 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01988  DNA-binding protein  38.54 
 
 		 141 aa  71.2  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.864367  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1029  histone-like protein  40.21 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.221489  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0905  histone family protein DNA-binding protein  40.21 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5068  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2126  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 134 aa  67  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.598787  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1589  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 179 aa  67  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5558  histone-like DNA-binding protein  40.62 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6191  histone-like DNA-binding protein  41.67 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442446  hitchhiker  0.00020029 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5992  histone-like DNA-binding protein  39.58 
 
 		 202 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6090  histone-like bacterial DNA-binding protein (Bph2)  40.62 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000417993  normal  0.832292 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1007  histone family protein DNA-binding protein  38.54 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402804 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4742  histone-like DNA-binding protein  38.54 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.039459  normal  0.060583 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  41.05 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4051  histone-like DNA-binding protein  38.54 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0762  Bph2  39.58 
 
 		 150 aa  57  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0912566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4442  histone family protein DNA-binding protein  39.58 
 
 		 150 aa  57  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0701  DNA-binding protein BpH2  38.14 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4602  histone family protein DNA-binding protein  38.14 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4510  histone family protein DNA-binding protein  35.64 
 
 		 155 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43063  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0313  DNA-binding protein, HU  36.56 
 
 		 92 aa  54.7  0.0000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.657113  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3872  histone family protein DNA-binding protein  38.14 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2106  histone-like DNA-binding protein  38.14 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3550  histone family protein DNA-binding protein  38.14 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4388  histone-like DNA-binding protein  38.14 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294948  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  40.4 
 
 		 90 aa  53.5  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  36.84 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1700  DNA-binding protein BpH2  37.11 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.791918  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0746  DNA-binding protein BpH2  37.11 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.73636  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0551  histone H1  37.11 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  35.79 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2281  putative histone H1  37.11 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2419  putative histone H1  37.11 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1671  DNA-binding protein BpH2  37.11 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1880  DNA-binding protein BpH2  37.11 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4509  histone family protein DNA-binding protein  37.5 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0180118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2538  histone family protein DNA-binding protein  34.48 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  37.89 
 
 		 90 aa  52  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  38.71 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  34.74 
 
 		 91 aa  51.6  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 92 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2621  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.348082  normal  0.0833374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1187  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  34.74 
 
 		 93 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  36.46 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1560  histone family protein DNA-binding protein  34.94 
 
 		 97 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 91 aa  50.4  0.000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2572  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 206 aa  50.4  0.000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  34.74 
 
 		 93 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  35.42 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4203  histone-like DNA-binding protein  34.41 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4335  histone family protein DNA-binding protein  34.41 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4358  histone family protein DNA-binding protein  34.41 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.847271  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 91 aa  49.3  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2967  histone family protein DNA-binding protein  33.73 
 
 		 97 aa  48.9  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.160744  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  31.58 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0517  histone-like DNA-binding protein  34.94 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492625  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  31.58 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0181  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 95 aa  47.8  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  30.53 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 90 aa  47.4  0.00006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 90 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  36.84 
 
 		 90 aa  47.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2801  histone-like DNA-binding protein  32.32 
 
 		 97 aa  47.4  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  34.34 
 
 		 95 aa  47.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 90 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  34.34 
 
 		 95 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3065  nucleoid protein Hbs  35.79 
 
 		 90 aa  47.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.135138  normal  0.394857 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  34.34 
 
 		 95 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  36.46 
 
 		 91 aa  47  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2697  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.651283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3445  hypothetical protein  34.72 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0106732  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  35.71 
 
 		 91 aa  46.2  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  35.79 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1686  DNA-binding protein HU-beta, NS1(HU-1)  34.74 
 
 		 90 aa  45.4  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.460310000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>