More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1203 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1203  histone-like DNA-binding protein  100 
 
 		 99 aa  192  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1452  histone-like DNA-binding protein  96.97 
 
 		 99 aa  187  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.14886  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3750  histone-like DNA-binding protein  83.84 
 
 		 99 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0653422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4034  DNA-binding protein HU  76.77 
 
 		 100 aa  155  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.235716 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1603  DNA-binding protein  53.06 
 
 		 129 aa  100  8e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.53335  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0581  DNA-binding protein BpH2  53.06 
 
 		 129 aa  100  8e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1943  DNA-binding protein BpH2  54.74 
 
 		 149 aa  95.9  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773845  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0251  DNA-binding protein  54.74 
 
 		 149 aa  96.7  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000057612  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2924  histone family protein DNA-binding protein  53.68 
 
 		 118 aa  95.5  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0908189  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0911  DNA-binding protein HU, putative  44.68 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000732094  decreased coverage  0.000000096145 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5068  histone family protein DNA-binding protein  47.92 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5164  histone family protein DNA-binding protein  48.96 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1500  histone family protein DNA-binding protein  48.96 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0444762  normal  0.010023 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  43.43 
 
 		 98 aa  73.9  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0905  histone family protein DNA-binding protein  42.71 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1029  histone-like protein  42.71 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.221489  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5558  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5992  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 202 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2126  histone family protein DNA-binding protein  47.92 
 
 		 134 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.598787  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1007  histone family protein DNA-binding protein  43.75 
 
 		 132 aa  69.7  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402804 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1589  histone family protein DNA-binding protein  47.92 
 
 		 179 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6191  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442446  hitchhiker  0.00020029 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0054  histone family protein DNA-binding protein  43.88 
 
 		 106 aa  70.1  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01988  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.864367  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6090  histone-like bacterial DNA-binding protein (Bph2)  45.83 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000417993  normal  0.832292 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4742  histone-like DNA-binding protein  45.83 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.039459  normal  0.060583 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4051  histone-like DNA-binding protein  44.79 
 
 		 154 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2356  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 94 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4510  histone family protein DNA-binding protein  40.62 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43063  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0701  DNA-binding protein BpH2  42.27 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4442  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 150 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4509  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 150 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0180118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1900  histone family protein DNA-binding protein  42.42 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0802524 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0762  Bph2  41.67 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0912566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4602  histone family protein DNA-binding protein  42.27 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.670627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3550  histone family protein DNA-binding protein  42.27 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3872  histone family protein DNA-binding protein  42.27 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2106  histone-like DNA-binding protein  42.27 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4388  histone-like DNA-binding protein  42.27 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.294948  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2058  histone-like DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.954956  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1700  DNA-binding protein BpH2  41.24 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.791918  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0746  DNA-binding protein BpH2  41.24 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.73636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2281  putative histone H1  41.24 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0551  histone H1  41.24 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1671  DNA-binding protein BpH2  41.24 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1880  DNA-binding protein BpH2  41.24 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2419  putative histone H1  41.24 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  38.38 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 91 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  38.38 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1666  histone family protein DNA-binding protein  41.05 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  38.38 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1090  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  40.62 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2538  histone family protein DNA-binding protein  39.08 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1956  nucleoid protein Hbs  41.05 
 
 		 90 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.582961  normal  0.45981 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0238  histone family protein DNA-binding protein  34.74 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  40.22 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1341  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 91 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1250  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 91 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1560  histone family protein DNA-binding protein  39.76 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2154  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  53.5  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000552537  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3445  hypothetical protein  37.5 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0106732  normal  0.0926246 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  38.3 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  37.89 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  38.95 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 92 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0550  DNA-binding protein HU-beta  36.84 
 
 		 92 aa  52.8  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 91 aa  52  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  35.79 
 
 		 93 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 92 aa  52.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0083  DNA-binding protein HU (DNA-binding protein II)  38.95 
 
 		 90 aa  51.6  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0500  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000759527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2879  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  32.63 
 
 		 113 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1870  histone family protein DNA-binding protein  38.16 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0130937 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  32.63 
 
 		 113 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  32.63 
 
 		 99 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2224  histone family protein DNA-binding protein  38.38 
 
 		 92 aa  51.2  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000923552 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1996  histone family protein DNA-binding protein  38.38 
 
 		 92 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  32.63 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1364  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1717  histone family protein DNA-binding protein  38.54 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000293556  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2302  histone family protein DNA-binding protein  33.68 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  39.58 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3162  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 139 aa  50.8  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3889  histone family protein DNA-binding protein  41.67 
 
 		 139 aa  50.8  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.933734 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0045  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000165888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1633  histone family protein DNA-binding protein  37.89 
 
 		 90 aa  50.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0517  histone-like DNA-binding protein  38.55 
 
 		 97 aa  50.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.492625  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  38 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2463  histone family protein DNA-binding protein  36.84 
 
 		 90 aa  50.4  0.000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0228112  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2572  histone family protein DNA-binding protein  33.33 
 
 		 206 aa  50.4  0.000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2622  histone family protein DNA-binding protein  35.79 
 
 		 92 aa  50.4  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.349381  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1789  histone family protein DNA-binding protein  38.95 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.970942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>