126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3499 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3499  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  566  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.519814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8765  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.42 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.474033  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6130  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0133  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.69 
 
 		 268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564261  normal  0.0379159 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.22 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2024  cyclic nucleotide-binding  38.22 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.996332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1986  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.85 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1441  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 259 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.55 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.55 
 
 		 384 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6209  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0102902  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  35.34 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3758  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.06 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4270  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 225 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0893417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2886  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.69 
 
 		 244 aa  123  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2990  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.1 
 
 		 244 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2763  cyclic nucleotide-binding  32.1 
 
 		 244 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.746131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0073  cyclic nucleotide-binding  34.54 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7493  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.85 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7477  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.2 
 
 		 246 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6403  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 246 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1991  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.27 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4786  cyclic nucleotide-binding protein  34.43 
 
 		 243 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4036  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 249 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582037  normal  0.123136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3389  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.08 
 
 		 248 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.42 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3832  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.27 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2433  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 247 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168738  normal  0.817452 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2447  cyclic nucleotide-binding protein  31.44 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.89 
 
 		 242 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1230  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6249  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.999867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4497  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.71 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140276  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0859  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 234 aa  102  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0738845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2950  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 250 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4564  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 257 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00106309 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1359  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 236 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342582  normal  0.0135439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5597  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.42 
 
 		 246 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0675352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0772  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 		 254 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1835  cyclic nucleotide-binding protein  32.64 
 
 		 281 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2686  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.94 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.038663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.04 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2367  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.1 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0615204  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1439  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 243 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118444 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5361  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3788  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.8 
 
 		 249 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.371562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3480  cyclic nucleotide-binding  31.8 
 
 		 249 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1485  cyclic nucleotide-binding protein  27.83 
 
 		 244 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4876  cyclic nucleotide-binding  31.5 
 
 		 317 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0953  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1427  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.69 
 
 		 267 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0955  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.869769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1184  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.6 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3805  cyclic nucleotide-binding  26.23 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4068  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6056  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0604  cyclic nucleotide-binding protein  28.05 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2609  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1734  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.79675  hitchhiker  0.000773544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1953  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3616  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3486  putative signal transduction histidine kinase  27.02 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173486 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.97 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2108  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 243 aa  65.9  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.819689  normal  0.0771917 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4040  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5989  transcriptional regulator CRP family  28.37 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0532  cyclic nucleotide-binding protein  27.14 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.053126  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.71 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.523077  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2391  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2400  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0375093 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.22 
 
 		 250 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3367  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184948  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2575  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0997  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 		 230 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0414  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.766284  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0357  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  25.42 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2705  cyclic nucleotide-binding protein  24.27 
 
 		 249 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1275  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 249 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.74 
 
 		 263 aa  50.8  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2934  cyclic nucleotide-binding protein  22.65 
 
 		 249 aa  50.4  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4822  cyclic nucleotide-binding protein  26.01 
 
 		 243 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 231 aa  49.7  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3568  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  21.65 
 
 		 242 aa  49.7  0.00006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 230 aa  49.7  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1854  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.191124  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3844  cyclic nucleotide-binding protein  24.49 
 
 		 242 aa  48.5  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.89 
 
 		 246 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 242 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0983  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 237 aa  47.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0189  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 235 aa  48.1  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338052  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  24.86 
 
 		 249 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.95 
 
 		 254 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 211 aa  47  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 242 aa  47.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>