196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6056 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6056  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4068  Crp/FNR family transcriptional regulator  67.38 
 
 		 247 aa  329  3e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3805  cyclic nucleotide-binding  66.53 
 
 		 263 aa  328  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1184  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  63.18 
 
 		 243 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3389  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.17 
 
 		 248 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2433  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 247 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168738  normal  0.817452 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2447  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 		 255 aa  172  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3832  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.66 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1991  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.22 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.29 
 
 		 246 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0738845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2950  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0859  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 234 aa  155  8e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2686  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.78 
 
 		 239 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.038663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1485  cyclic nucleotide-binding protein  37.21 
 
 		 244 aa  151  8.999999999999999e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2990  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.19 
 
 		 244 aa  150  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2763  cyclic nucleotide-binding  34.19 
 
 		 244 aa  150  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.746131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6209  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 247 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0102902  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2886  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.19 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0073  cyclic nucleotide-binding  33.91 
 
 		 255 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3758  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.06 
 
 		 247 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.9 
 
 		 384 aa  144  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1439  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7477  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.63 
 
 		 246 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7493  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.77 
 
 		 246 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.06 
 
 		 249 aa  141  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582037  normal  0.123136 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  33.48 
 
 		 376 aa  139  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.17 
 
 		 384 aa  137  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4270  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0893417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0772  cyclic nucleotide-binding  35.04 
 
 		 254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1359  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 236 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342582  normal  0.0135439 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.91 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2024  cyclic nucleotide-binding  32.91 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.996332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1986  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.48 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0953  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1835  cyclic nucleotide-binding protein  31.91 
 
 		 281 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6403  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2367  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.6 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0615204  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3788  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.51 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.371562 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3480  cyclic nucleotide-binding  32.51 
 
 		 249 aa  123  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4497  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.74 
 
 		 255 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140276  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4876  cyclic nucleotide-binding  27.78 
 
 		 317 aa  116  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5361  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 299 aa  116  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4564  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 257 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00106309 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2609  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.71 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1427  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.31 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2108  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.819689  normal  0.0771917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1441  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010652 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0133  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.69 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564261  normal  0.0379159 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6249  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.999867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.96 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0604  cyclic nucleotide-binding protein  29.13 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1953  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2391  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 274 aa  101  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0414  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 252 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.766284  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0357  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 252 aa  100  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4786  cyclic nucleotide-binding protein  27.95 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4036  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 315 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1230  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 263 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8765  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.75 
 
 		 244 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.474033  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3616  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5658  cyclic nucleotide-binding protein  30.23 
 
 		 245 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4822  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6130  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 		 244 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3486  putative signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.86 
 
 		 242 aa  89.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3367  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 252 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184948  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0189  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 235 aa  85.5  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338052  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0266  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0955  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.869769  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0196  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0367027  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1734  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.79675  hitchhiker  0.000773544 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  26.15 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5597  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0675352  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3499  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.519814  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0997  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3844  cyclic nucleotide-binding protein  23.01 
 
 		 242 aa  71.6  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.48 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.523077  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0983  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25.48 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2575  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.48 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2400  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0375093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0532  cyclic nucleotide-binding protein  23.08 
 
 		 276 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.053126  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5989  transcriptional regulator CRP family  25 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3568  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  22.06 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4040  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0490  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1854  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.191124  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.69 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1275  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 249 aa  54.7  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.14 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 232 aa  53.9  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2934  cyclic nucleotide-binding protein  23.56 
 
 		 249 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4294  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 272 aa  52  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 274 aa  52  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2705  cyclic nucleotide-binding protein  23.04 
 
 		 249 aa  52  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0447  transcriptional regulator  24.39 
 
 		 262 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00494896  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>