More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5989 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5989  transcriptional regulator CRP family  100 
 
 		 257 aa  528  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  64.78 
 
 		 250 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.523077  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  64.34 
 
 		 250 aa  334  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2400  CRP/FNR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0375093 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.11 
 
 		 263 aa  228  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  44.17 
 
 		 262 aa  208  8e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3844  cyclic nucleotide-binding protein  44.12 
 
 		 242 aa  205  5e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0532  cyclic nucleotide-binding protein  42.86 
 
 		 276 aa  201  8e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.053126  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3568  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  44.17 
 
 		 242 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2705  cyclic nucleotide-binding protein  45 
 
 		 249 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1275  Crp/Fnr family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2934  cyclic nucleotide-binding protein  44.17 
 
 		 249 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0997  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.65 
 
 		 230 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1734  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.79675  hitchhiker  0.000773544 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4040  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0490  CRP/FNR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 256 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3758  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.04 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6209  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0102902  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 384 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.88 
 
 		 384 aa  122  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1953  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  121  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4497  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.88 
 
 		 255 aa  121  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140276  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0604  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 246 aa  121  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2886  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.59 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3486  putative signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 		 243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173486 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.76 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582037  normal  0.123136 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.94 
 
 		 307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3616  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4036  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 		 250 aa  118  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4564  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 257 aa  118  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00106309 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1854  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 250 aa  118  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.191124  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0073  cyclic nucleotide-binding  35.6 
 
 		 255 aa  115  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1986  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.6 
 
 		 259 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4270  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0893417 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2990  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.6 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2763  cyclic nucleotide-binding  35.6 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.746131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7477  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.57 
 
 		 246 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 252 aa  112  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0266  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6403  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7493  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.68 
 
 		 246 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0189  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338052  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  34.03 
 
 		 376 aa  108  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2024  cyclic nucleotide-binding  32.54 
 
 		 259 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.996332 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.54 
 
 		 259 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_004310  BR0196  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 253 aa  108  8.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0367027  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0772  cyclic nucleotide-binding  32.32 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3389  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.39 
 
 		 248 aa  105  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3480  cyclic nucleotide-binding  34.88 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3788  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.88 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.371562 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1991  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 249 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 		 298 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5361  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.74 
 
 		 299 aa  101  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1441  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1485  cyclic nucleotide-binding protein  33.78 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0133  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.14 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564261  normal  0.0379159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4876  cyclic nucleotide-binding  31.74 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3367  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 252 aa  99.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184948  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2686  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 239 aa  99.4  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.038663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2609  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 293 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2367  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.07 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0615204  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6249  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.999867 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.47 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0738845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2950  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 250 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1439  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 243 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118444 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2433  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 247 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168738  normal  0.817452 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  30.99 
 
 		 250 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.17 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1359  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 236 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342582  normal  0.0135439 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 310 aa  92.4  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0414  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 252 aa  92.4  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.766284  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0357  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 252 aa  92.4  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  91.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0953  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  30.83 
 
 		 251 aa  90.5  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 237 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.16 
 
 		 239 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0983  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2447  cyclic nucleotide-binding protein  33.54 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4786  cyclic nucleotide-binding protein  28.65 
 
 		 243 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3832  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.3 
 
 		 245 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1835  cyclic nucleotide-binding protein  29.46 
 
 		 281 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 245 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.7 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1230  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 263 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.39 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 239 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 262 aa  86.3  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 248 aa  85.9  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2207  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.1 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.363509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2575  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  27.44 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>