283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0955 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0955  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  454  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.869769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0953  CRP/FNR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 254 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1485  cyclic nucleotide-binding protein  39.52 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3758  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.73 
 
 		 247 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2108  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.819689  normal  0.0771917 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2433  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 247 aa  138  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.168738  normal  0.817452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0859  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 234 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2886  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.92 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.473656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6209  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 247 aa  135  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0102902  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2447  cyclic nucleotide-binding protein  36.82 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7477  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.51 
 
 		 246 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403111  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7493  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.07 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.32 
 
 		 249 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.582037  normal  0.123136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.61 
 
 		 384 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2024  cyclic nucleotide-binding  41.33 
 
 		 259 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.996332 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.17 
 
 		 384 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.33 
 
 		 259 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1986  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.89 
 
 		 259 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.13 
 
 		 246 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0738845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1439  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118444 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2686  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.69 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.038663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3389  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.56 
 
 		 248 aa  128  7.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4270  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 225 aa  128  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0893417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2950  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 250 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.908761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0073  cyclic nucleotide-binding  35.45 
 
 		 255 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1359  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 236 aa  124  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342582  normal  0.0135439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6403  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1991  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.25 
 
 		 249 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250977  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2990  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.29 
 
 		 244 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2763  cyclic nucleotide-binding  32.29 
 
 		 244 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.746131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0133  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.81 
 
 		 268 aa  121  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564261  normal  0.0379159 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8765  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.01 
 
 		 244 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.474033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0783  cyclic nucleotide-binding  33.78 
 
 		 376 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0359827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3480  cyclic nucleotide-binding  33.65 
 
 		 249 aa  118  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3788  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.65 
 
 		 249 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.371562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.9 
 
 		 298 aa  118  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.36754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6130  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.91 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3832  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5361  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0772  cyclic nucleotide-binding  32.57 
 
 		 254 aa  113  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2609  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4876  cyclic nucleotide-binding  30.28 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1441  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1427  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 		 267 aa  109  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4786  cyclic nucleotide-binding protein  30.28 
 
 		 243 aa  108  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4036  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 315 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1230  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.583862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.44 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.36 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4564  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 257 aa  106  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00106309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4068  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6249  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.999867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3805  cyclic nucleotide-binding  32.02 
 
 		 263 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2391  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 274 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1184  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.61 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4497  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.1 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140276  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3486  putative signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 243 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.173486 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3616  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 243 aa  98.2  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1953  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 246 aa  97.4  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1835  cyclic nucleotide-binding protein  32.43 
 
 		 281 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2367  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.66 
 
 		 255 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0615204  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0604  cyclic nucleotide-binding protein  32.24 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0983  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0189  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 235 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338052  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0196  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0367027  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6056  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1854  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 250 aa  81.6  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.191124  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3499  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.519814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3367  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184948  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0266  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 253 aa  78.2  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0447  transcriptional regulator  28.3 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00494896  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5597  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.1 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0675352  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0414  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.766284  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0357  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2575  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4822  cyclic nucleotide-binding protein  33.72 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2934  cyclic nucleotide-binding protein  28.09 
 
 		 249 aa  71.6  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1275  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 249 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2705  cyclic nucleotide-binding protein  28.16 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 230 aa  68.9  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0490  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 256 aa  67.8  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 250 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.523077  normal  0.289991 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2207  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.13 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.363509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3568  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.51 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  30.86 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5989  transcriptional regulator CRP family  27.32 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.77 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  33.57 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1787  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.42 
 
 		 263 aa  62  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 248 aa  62  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3844  cyclic nucleotide-binding protein  27.93 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  30.72 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4040  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>