More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2496 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2496  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  100 
 
 
305 aa  602  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000223709 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2240  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  56.29 
 
 
301 aa  301  9e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3540  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  55.25 
 
 
299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1716  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  47.62 
 
 
289 aa  248  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3582  ribose-phosphate pyrophosphokinase  42.76 
 
 
298 aa  205  9e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4626  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  43.1 
 
 
303 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0190  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  40.96 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2358  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  35.17 
 
 
303 aa  193  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2472  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  42.52 
 
 
299 aa  192  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1193  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  42.62 
 
 
301 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1442  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  44.21 
 
 
304 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0541473  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2689  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  43.3 
 
 
299 aa  188  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.678836  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3877  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  41.67 
 
 
326 aa  182  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1506  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  39.86 
 
 
299 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0386  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.78 
 
 
275 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3458  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  41.75 
 
 
298 aa  177  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.021419  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1899  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  36.9 
 
 
306 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1710  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  41.14 
 
 
301 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0525002  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5324  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  41.14 
 
 
301 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.387146  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4512  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  40.52 
 
 
313 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0398112  normal  0.511989 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4380  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  40.52 
 
 
313 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0975377  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0202  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  37.55 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.547338 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2016  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.41 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0660085  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0500  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.72 
 
 
287 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1228  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.38 
 
 
287 aa  124  3e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1408  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.03 
 
 
287 aa  122  9e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0087  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.38 
 
 
284 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0204  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.66 
 
 
282 aa  116  5e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.37319  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1790  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.96 
 
 
290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1398  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.65 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.558699  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.95 
 
 
282 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.683749 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0363  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.1 
 
 
283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0317  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.97 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.300322  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0167  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.39 
 
 
293 aa  108  1e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00051892  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.14 
 
 
291 aa  108  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.63 
 
 
281 aa  108  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.633415 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0380  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.95 
 
 
285 aa  105  9e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.447265  normal  0.0607873 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0275  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.03 
 
 
285 aa  105  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000000178849  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.52 
 
 
314 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1877  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.9 
 
 
282 aa  104  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000092442  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.63 
 
 
317 aa  102  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1747  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.45 
 
 
285 aa  102  1e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.400823  normal  0.232967 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0775  hypothetical protein  29.29 
 
 
281 aa  102  1e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00000000110897  hitchhiker  0.00000000000484536 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1347  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.62 
 
 
284 aa  101  2e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0988459 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.56 
 
 
331 aa  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2695  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.13 
 
 
281 aa  100  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.905023  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2178  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.8 
 
 
284 aa  100  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.115162  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0975  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.33 
 
 
279 aa  97.1  3e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.221596  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0069  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.22 
 
 
318 aa  96.7  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.829297  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0764  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.65 
 
 
361 aa  95.1  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.107258 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0896  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.49 
 
 
309 aa  93.6  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00634031  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5925  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.65 
 
 
335 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.777528 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0925  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.49 
 
 
309 aa  93.2  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0148542  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0206  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.95 
 
 
315 aa  92.8  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981625  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0412  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.83 
 
 
282 aa  92.4  8e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.231017  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1774  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.87 
 
 
292 aa  92  1e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0996  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.49 
 
 
309 aa  92  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.14 
 
 
327 aa  91.7  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0126613  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4123  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.1 
 
 
310 aa  91.3  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0241029 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1127  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.1 
 
 
297 aa  91.7  2e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.513591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.74 
 
 
317 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1270  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.53 
 
 
309 aa  90.5  3e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0133436  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0895  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.72 
 
 
331 aa  90.9  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0441838  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1208  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.5 
 
 
317 aa  90.9  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.511397 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0983  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.69 
 
 
332 aa  89.4  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00638264  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.19 
 
 
310 aa  89.4  7e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.59 
 
 
309 aa  89  9e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.85 
 
 
316 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.41 
 
 
313 aa  89  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.4 
 
 
308 aa  89  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0833  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.13 
 
 
309 aa  88.6  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.512695 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1544  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.47 
 
 
279 aa  88.6  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0834  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.25 
 
 
280 aa  88.6  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0101  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  28.62 
 
 
330 aa  89  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630999  hitchhiker  0.000002029 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.23 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0307  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.21 
 
 
309 aa  87.8  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.918252  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1425  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.09 
 
 
323 aa  88.2  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000869959  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0421  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
314 aa  87.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  24.44 
 
 
329 aa  87.8  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000342806  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1446  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.84 
 
 
309 aa  87.4  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0807513  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.86 
 
 
316 aa  87.4  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25 
 
 
321 aa  87.4  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000509786  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0160  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  28.27 
 
 
336 aa  87  3e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1097  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.63 
 
 
324 aa  86.3  6e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.584149  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
327 aa  86.3  6e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.214071  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.98 
 
 
286 aa  86.3  6e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0430198 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0183  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.3 
 
 
331 aa  86.3  7e-16  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.11 
 
 
317 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.53 
 
 
314 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1541  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.27 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0969  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.89 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.96 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
340 aa  84  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0702588  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.5 
 
 
328 aa  84  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.589505  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3177  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.13 
 
 
310 aa  83.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.52 
 
 
326 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4122  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.6 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0525218 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32370  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.57 
 
 
326 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.531624  normal  0.459993 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1951  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  25.89 
 
 
326 aa  83.6  0.000000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000760299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>