More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3458 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3458  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  100 
 
 
298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.021419  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3877  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  67.84 
 
 
326 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2472  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  58.39 
 
 
299 aa  324  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0190  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  50.52 
 
 
305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1506  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  49.31 
 
 
299 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2358  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  42.86 
 
 
303 aa  267  1e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1710  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  49.5 
 
 
301 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0525002  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5324  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  49.5 
 
 
301 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.387146  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2689  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  47.59 
 
 
299 aa  260  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.678836  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1193  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  48.43 
 
 
301 aa  257  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4512  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  46.55 
 
 
313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0398112  normal  0.511989 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4380  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  46.55 
 
 
313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0975377  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0202  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  45.86 
 
 
320 aa  244  9e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.547338 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2240  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  44.84 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1716  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  43.84 
 
 
289 aa  196  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0386  ribose-phosphate pyrophosphokinase  42.05 
 
 
275 aa  192  6e-48  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3540  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  43.06 
 
 
299 aa  189  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4626  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  41.16 
 
 
303 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3582  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.5 
 
 
298 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1899  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  35.59 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2496  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  41.75 
 
 
305 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000223709 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1442  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  39.51 
 
 
304 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0541473  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1398  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.16 
 
 
287 aa  162  7e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.558699  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0500  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.51 
 
 
287 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1228  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.16 
 
 
287 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1408  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.16 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0167  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.93 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00051892  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0204  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.29 
 
 
282 aa  138  8.999999999999999e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.37319  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0363  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.75 
 
 
283 aa  129  6e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0775  hypothetical protein  31.65 
 
 
281 aa  123  3e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00000000110897  hitchhiker  0.00000000000484536 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4122  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.55 
 
 
311 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0525218 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.83 
 
 
282 aa  122  5e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.683749 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2695  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.73 
 
 
281 aa  122  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.905023  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1877  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.41 
 
 
282 aa  119  6e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000092442  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1544  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.21 
 
 
279 aa  117  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2016  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.51 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0660085  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1774  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.77 
 
 
292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0764  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.99 
 
 
361 aa  114  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.107258 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0412  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.07 
 
 
282 aa  114  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.231017  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.07 
 
 
281 aa  112  6e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.633415 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.25 
 
 
286 aa  112  8.000000000000001e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0430198 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4733  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.47 
 
 
330 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0584703 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0670  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.09 
 
 
331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  decreased coverage  0.00572245  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15031  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.09 
 
 
331 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.87 
 
 
313 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0975  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.44 
 
 
279 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.221596  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31 
 
 
331 aa  109  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.88 
 
 
331 aa  109  6e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0272078 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1790  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.36 
 
 
290 aa  108  8.000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0044  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.69 
 
 
315 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2416  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.81 
 
 
316 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0715915  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1467  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.2 
 
 
312 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000329774  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0275  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.98 
 
 
285 aa  107  3e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000000178849  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.3 
 
 
312 aa  106  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2677  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.15 
 
 
318 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3427  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.15 
 
 
318 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.8 
 
 
326 aa  105  9e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.51 
 
 
317 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1994  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.21 
 
 
338 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0317  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.46 
 
 
276 aa  105  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.300322  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.27 
 
 
337 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.1 
 
 
331 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0087  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.5 
 
 
284 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.15 
 
 
310 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05480  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.25 
 
 
326 aa  104  2e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1371  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.78 
 
 
331 aa  103  3e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.499997  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0046  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.01 
 
 
315 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.1 
 
 
317 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.27 
 
 
331 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147095  normal  0.740679 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.34 
 
 
291 aa  102  6e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  25.81 
 
 
327 aa  102  6e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0061  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.21 
 
 
322 aa  102  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0325861  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.84 
 
 
329 aa  102  8e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000342806  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1288  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.13 
 
 
326 aa  102  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000959513 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.43 
 
 
317 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.72 
 
 
314 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.17 
 
 
317 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.993888  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0160  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  27.18 
 
 
336 aa  101  2e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  29.21 
 
 
312 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11701  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.81 
 
 
331 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.96 
 
 
317 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2178  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.1 
 
 
284 aa  99.4  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.115162  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4394  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.64 
 
 
312 aa  99.4  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1951  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  25.41 
 
 
326 aa  99.4  6e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000760299  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.43 
 
 
310 aa  99.4  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0816  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.99 
 
 
305 aa  99  9e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.47 
 
 
340 aa  99  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0702588  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1175  ribose-phosphate diphosphokinase  30.56 
 
 
337 aa  98.6  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.475519 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.09 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0101  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  28.15 
 
 
330 aa  98.6  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000630999  hitchhiker  0.000002029 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.8 
 
 
327 aa  98.6  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.214071  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.17 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0016  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.39 
 
 
316 aa  97.4  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0415  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.81 
 
 
322 aa  97.4  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00469729  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4123  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.64 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0241029 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4372  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.1 
 
 
338 aa  97.8  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.886643  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1747  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.28 
 
 
285 aa  97.4  2e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.400823  normal  0.232967 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1471  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.04 
 
 
309 aa  97.8  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.623247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.62 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0380  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.32 
 
 
285 aa  97.8  2e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.447265  normal  0.0607873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>