More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0392 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
328 aa  663    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.589505  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1731  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.63 
 
 
325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2878  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.75 
 
 
329 aa  288  7e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0918  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.68 
 
 
328 aa  287  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.43 
 
 
329 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0983  ribose-phosphate pyrophosphokinase  43.53 
 
 
332 aa  276  5e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00638264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1465  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.62 
 
 
327 aa  275  7e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5925  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.73 
 
 
335 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.777528 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2059  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.32 
 
 
319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.343118  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7042  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.63 
 
 
321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0827944  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46210  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.64 
 
 
326 aa  250  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2744  ribose-phosphate pyrophosphokinase family protein  42.04 
 
 
319 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11994  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3009  ribose-phosphate pyrophosphokinase  42.05 
 
 
319 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3606  hypothetical protein  46.26 
 
 
347 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813853  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0985  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.21 
 
 
331 aa  169  8e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.107036  normal  0.0501032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4394  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.44 
 
 
312 aa  166  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0737  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.12 
 
 
312 aa  165  8e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1439  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.38 
 
 
325 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0587  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.58 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000361912  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.39 
 
 
316 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.05 
 
 
314 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0125  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.54 
 
 
321 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0779969  normal  0.177896 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1951  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  32.9 
 
 
326 aa  157  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000760299  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.7 
 
 
312 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.62 
 
 
317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2627  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.69 
 
 
308 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.98129  normal  0.818637 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1492  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.55 
 
 
317 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2126  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33 
 
 
313 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.059797  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.13 
 
 
317 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4540  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.76 
 
 
359 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000021567  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1163  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.45 
 
 
315 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.285484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.79 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.44 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.55 
 
 
312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000644395 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.16 
 
 
314 aa  153  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1341  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.06 
 
 
323 aa  153  4e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  32.6 
 
 
327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  30.31 
 
 
312 aa  152  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0139  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.76 
 
 
321 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0128  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.76 
 
 
321 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0183  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.29 
 
 
331 aa  152  8e-36  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1541  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.38 
 
 
327 aa  152  8e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1292  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.82 
 
 
315 aa  151  1e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.49 
 
 
317 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.12 
 
 
310 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.82 
 
 
325 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.23 
 
 
317 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0061  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.77 
 
 
322 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0325861  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.15 
 
 
316 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.77 
 
 
327 aa  150  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0126613  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.57 
 
 
313 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.39 
 
 
308 aa  150  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.79 
 
 
340 aa  150  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.73 
 
 
311 aa  150  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0121  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.19 
 
 
321 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.917582  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.15 
 
 
316 aa  150  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.86 
 
 
317 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1270  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.12 
 
 
309 aa  150  4e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0133436  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1642  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.87 
 
 
323 aa  150  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.71 
 
 
317 aa  149  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.29 
 
 
313 aa  149  5e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1208  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.48 
 
 
317 aa  149  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.511397 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1674  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.3 
 
 
327 aa  149  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.65 
 
 
331 aa  149  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0161  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.67 
 
 
316 aa  149  6e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0640  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.15 
 
 
318 aa  149  6e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00660234  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.41 
 
 
325 aa  149  8e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0048  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5261  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0059  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  149  9e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.822435  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.24 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.87 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.9 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.993888  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1467  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.75 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000329774  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.2 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209861 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32370  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.56 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.531624  normal  0.459993 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0307  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.71 
 
 
309 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.918252  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.61 
 
 
325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.532932  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0839  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.67 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00175463  normal  0.714962 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.46 
 
 
324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4145  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.88 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  31.01 
 
 
321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.1 
 
 
314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3989  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.86 
 
 
322 aa  146  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03490  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.23 
 
 
334 aa  146  5e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.489296  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.55 
 
 
323 aa  146  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.99 
 
 
314 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.39 
 
 
310 aa  146  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.78 
 
 
326 aa  146  6e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.96 
 
 
310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3875  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.77 
 
 
346 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.0190503 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0076  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.28 
 
 
322 aa  145  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.77 
 
 
314 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.18 
 
 
339 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>