More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3875 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_3875  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
346 aa  691    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.0190503 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
314 aa  624  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.849276  normal  0.673311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  99.36 
 
 
314 aa  620  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  94.25 
 
 
314 aa  585  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  91.37 
 
 
314 aa  567  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  89.81 
 
 
316 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  82.08 
 
 
310 aa  515  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  80.26 
 
 
317 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3177  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.96 
 
 
310 aa  496  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.43 
 
 
317 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2165  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.99 
 
 
310 aa  490  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0174  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.99 
 
 
310 aa  490  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.74 
 
 
310 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1533  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.35 
 
 
310 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2258  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.1 
 
 
311 aa  487  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.284821  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1482  ribose-phosphate pyrophosphokinase  77.02 
 
 
328 aa  484  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00949997  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3026  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.05 
 
 
310 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.695746  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2763  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.05 
 
 
310 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549676  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1634  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.7 
 
 
310 aa  481  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.692153  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.8 
 
 
317 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.81 
 
 
317 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.48 
 
 
317 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  76.38 
 
 
310 aa  477  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.89 
 
 
317 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  71.83 
 
 
331 aa  464  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.55 
 
 
311 aa  461  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.55 
 
 
317 aa  462  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.14 
 
 
310 aa  459  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0838998  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.35 
 
 
310 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2438  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.23 
 
 
311 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167005  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.58 
 
 
311 aa  433  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.31 
 
 
310 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1089  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64 
 
 
326 aa  408  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0671  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.85 
 
 
312 aa  406  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  66.99 
 
 
310 aa  407  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.72 
 
 
339 aa  395  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.39 
 
 
340 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2301  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  61.3 
 
 
339 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0976  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.3 
 
 
339 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.508643  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2199  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.99 
 
 
339 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.26 
 
 
340 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.81 
 
 
342 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  57.88 
 
 
312 aa  360  2e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0514  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.73 
 
 
336 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0989  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.68 
 
 
318 aa  356  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697734  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2385  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.06 
 
 
315 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.90823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.06 
 
 
315 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244437  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.37 
 
 
321 aa  355  5e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.61 
 
 
317 aa  353  2e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0283  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.58 
 
 
318 aa  353  2.9999999999999997e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1625  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.05 
 
 
321 aa  352  4e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.765759  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0289  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.48 
 
 
317 aa  345  7e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
320 aa  345  7e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.95 
 
 
316 aa  345  8e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.9 
 
 
311 aa  344  1e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.1 
 
 
316 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.1 
 
 
316 aa  344  1e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1270  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.82 
 
 
309 aa  344  1e-93  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0133436  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.59 
 
 
320 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.91 
 
 
320 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.59 
 
 
320 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.91 
 
 
320 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0088  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.014212  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3120  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.205277  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1502  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00100657  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.882389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.91 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.92 
 
 
316 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0569  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00937686  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.92 
 
 
316 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.28 
 
 
311 aa  342  5e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.276335 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0527  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.28 
 
 
312 aa  342  5e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4540  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.02 
 
 
359 aa  342  8e-93  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000021567  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0342  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.78 
 
 
317 aa  340  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.59 
 
 
320 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2848  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.35 
 
 
314 aa  340  2e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000330674  hitchhiker  0.0000000000848542 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1524  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.49 
 
 
313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.152066  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.27 
 
 
319 aa  339  4e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0172  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.66 
 
 
315 aa  339  4e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0093989 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.84 
 
 
324 aa  339  4e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1163  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.56 
 
 
315 aa  339  4e-92  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.285484  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.66 
 
 
315 aa  339  5e-92  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015709  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.84 
 
 
310 aa  339  5e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.35 
 
 
314 aa  338  5.9999999999999996e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  54.49 
 
 
313 aa  338  5.9999999999999996e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.13 
 
 
318 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2365  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.64 
 
 
316 aa  338  9e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.870749  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.13 
 
 
313 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1104  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.45 
 
 
313 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.31 
 
 
325 aa  337  9.999999999999999e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.532932  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0678  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.55 
 
 
311 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.585206  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3557  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.45 
 
 
314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00334731  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.78 
 
 
318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.613331  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0944  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.45 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494544  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.97 
 
 
325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3604  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.95 
 
 
315 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00259725  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>