More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0437 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0437  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  100 
 
 
398 aa  808    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277701 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24250  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.25 
 
 
360 aa  330  3e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.9 
 
 
331 aa  318  1e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
332 aa  276  5e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.764925  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
336 aa  275  8e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00484259  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3510  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.5 
 
 
329 aa  274  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
337 aa  272  6e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.113735  normal  0.0248138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
324 aa  266  4e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 
352 aa  263  4e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000389159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5912  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.27 
 
 
339 aa  263  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.185264  normal  0.0388419 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
329 aa  257  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00720  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.41 
 
 
350 aa  253  3e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1849  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  40.94 
 
 
338 aa  247  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
331 aa  246  4e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.308853 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1820  putative peptide transport system permease protein  38.12 
 
 
337 aa  243  5e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.756462  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
337 aa  239  4e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0277436 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12480  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.42 
 
 
331 aa  230  3e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0713314  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
338 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.508813  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
320 aa  219  6e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.236765 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
332 aa  218  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  36.86 
 
 
314 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
308 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
316 aa  215  9e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.84 
 
 
306 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
306 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.53 
 
 
306 aa  208  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
308 aa  207  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.54 
 
 
313 aa  205  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.74 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
315 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.43 
 
 
322 aa  198  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
315 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
313 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
306 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
318 aa  194  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  36.56 
 
 
311 aa  194  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  35.44 
 
 
306 aa  192  6e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  35.44 
 
 
306 aa  192  6e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  35.62 
 
 
306 aa  192  7e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.62 
 
 
306 aa  192  7e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  35.74 
 
 
313 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.44 
 
 
306 aa  192  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
320 aa  191  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
319 aa  191  2e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5632  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.02 
 
 
323 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.18926  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6675  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  0.593084 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 
317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
317 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
334 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
321 aa  190  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
314 aa  189  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  35.88 
 
 
339 aa  189  9e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  33.8 
 
 
339 aa  189  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  189  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
308 aa  188  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
311 aa  187  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
321 aa  186  5e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000414077  hitchhiker  0.00173265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
313 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
306 aa  186  5e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
326 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  34.17 
 
 
339 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  34.17 
 
 
339 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  34.17 
 
 
339 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  34.17 
 
 
339 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  34.17 
 
 
339 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
313 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
313 aa  186  9e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  34.08 
 
 
339 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  33.89 
 
 
339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  33.15 
 
 
351 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
381 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  33.61 
 
 
339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
313 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
339 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
320 aa  182  6e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
311 aa  183  6e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  37.05 
 
 
306 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
313 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
313 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
311 aa  181  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>