More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5632 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5632  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
323 aa  642    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.18926  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  73.68 
 
 
324 aa  454  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
326 aa  419  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704944  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2126  permease of oligopeptide ABC transporter  62.93 
 
 
322 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689905  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.03 
 
 
320 aa  277  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.236765 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.71 
 
 
317 aa  266  4e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3510  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  42.39 
 
 
329 aa  251  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.59 
 
 
352 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000389159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5912  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.94 
 
 
339 aa  228  8e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.185264  normal  0.0388419 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00484259  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.87 
 
 
337 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.113735  normal  0.0248138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
324 aa  222  9e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1820  putative peptide transport system permease protein  38.3 
 
 
337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.756462  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
332 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.764925  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.19 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1849  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  38.78 
 
 
338 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
337 aa  212  9e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0277436 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
331 aa  210  3e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.308853 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 
333 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
306 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
329 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
340 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
313 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  37.62 
 
 
298 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6675  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
306 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  0.593084 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
334 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
308 aa  188  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.24 
 
 
338 aa  187  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.508813  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  34.78 
 
 
313 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
333 aa  186  4e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
313 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
304 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.15 
 
 
340 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.38 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  36.02 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
316 aa  182  9.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0880861  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
334 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.98 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  33.72 
 
 
339 aa  179  5.999999999999999e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
313 aa  179  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
340 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.65 
 
 
313 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
311 aa  178  1e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
307 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
322 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
306 aa  176  4e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  34.52 
 
 
336 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
332 aa  175  8e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.82 
 
 
324 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
338 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.284622  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.61 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  34.95 
 
 
323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
313 aa  172  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1272  ABC transporter, permease component  35.5 
 
 
317 aa  172  5e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
347 aa  172  5e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  33.14 
 
 
336 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.24 
 
 
336 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
318 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
338 aa  172  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  33.33 
 
 
336 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0437  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  32.84 
 
 
398 aa  171  1e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277701 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
317 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  33.04 
 
 
336 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24250  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.97 
 
 
360 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  35.2 
 
 
306 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  35.2 
 
 
306 aa  170  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.89 
 
 
314 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  33.33 
 
 
336 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  33.24 
 
 
336 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  33.04 
 
 
336 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
334 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
306 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  37.77 
 
 
317 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.2 
 
 
306 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
315 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  34.71 
 
 
306 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.04 
 
 
336 aa  169  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
324 aa  170  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
306 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
320 aa  170  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>