More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2458 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
331 aa  646    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24250  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  63.72 
 
 
360 aa  381  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0437  putative dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  50.9 
 
 
398 aa  324  1e-87  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000277701 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3510  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  50.61 
 
 
329 aa  323  3e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.56 
 
 
337 aa  298  1e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.113735  normal  0.0248138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
336 aa  297  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00484259  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5912  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.87 
 
 
339 aa  296  2e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.185264  normal  0.0388419 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00720  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  51.16 
 
 
350 aa  291  9e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1820  putative peptide transport system permease protein  45.02 
 
 
337 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.756462  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
332 aa  288  8e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.764925  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
352 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000389159  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1849  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.78 
 
 
338 aa  277  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 
331 aa  276  4e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.308853 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
324 aa  269  5.9999999999999995e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
329 aa  266  5e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2577  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.94 
 
 
337 aa  265  7e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0277436 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
320 aa  243  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.236765 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.11 
 
 
316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
338 aa  231  9e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.508813  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
332 aa  230  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12480  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.63 
 
 
331 aa  229  5e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0713314  normal  0.120346 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
322 aa  228  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
313 aa  223  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6675  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
306 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  0.593084 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
312 aa  222  7e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.7 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.31 
 
 
306 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.69 
 
 
313 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
317 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  41.67 
 
 
317 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
306 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
313 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  38.94 
 
 
313 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
306 aa  216  5e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2175  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
317 aa  215  7e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
315 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
309 aa  212  7e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
308 aa  209  4e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
311 aa  209  5e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2126  permease of oligopeptide ABC transporter  40.79 
 
 
322 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689905  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  37.73 
 
 
314 aa  207  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.19 
 
 
313 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
321 aa  205  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
319 aa  205  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
321 aa  205  8e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  36.63 
 
 
339 aa  204  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.72 
 
 
321 aa  204  2e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
313 aa  204  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
314 aa  203  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  37.35 
 
 
313 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  34.1 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.35 
 
 
315 aa  199  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
313 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  33.52 
 
 
339 aa  199  7.999999999999999e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5632  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  37.99 
 
 
323 aa  198  9e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.18926  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  35.78 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  35.78 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.76239  normal  0.869294 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  33.62 
 
 
339 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
313 aa  197  3e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  34.2 
 
 
339 aa  197  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.78 
 
 
306 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  33.62 
 
 
339 aa  196  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  33.91 
 
 
339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  34.2 
 
 
339 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  34.2 
 
 
339 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
336 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
316 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  34.2 
 
 
339 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
336 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  34.2 
 
 
339 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
316 aa  196  6e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  35.78 
 
 
306 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.78 
 
 
306 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
313 aa  196  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
334 aa  195  7e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  34.2 
 
 
339 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.45 
 
 
336 aa  195  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  33.23 
 
 
316 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
316 aa  195  9e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  195  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  33.91 
 
 
339 aa  195  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  33.91 
 
 
339 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  33.91 
 
 
339 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.94 
 
 
336 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  33.91 
 
 
339 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  36.06 
 
 
318 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  34.77 
 
 
337 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.73 
 
 
336 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  33.91 
 
 
339 aa  195  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>