More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1998 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1998  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  100 
 
 
409 aa  825    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.469724 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.36 
 
 
403 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.14 
 
 
403 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.66 
 
 
403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3810  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.36 
 
 
403 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.62 
 
 
403 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272758 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2001  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.84 
 
 
403 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1535  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.1 
 
 
403 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.47488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3760  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.84 
 
 
403 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.192892  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.5 
 
 
403 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.17 
 
 
393 aa  437  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2488  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.17 
 
 
383 aa  434  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.35 
 
 
404 aa  432  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.35 
 
 
404 aa  432  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2026  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.02 
 
 
403 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1243  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.99 
 
 
406 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.54 
 
 
403 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1797  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.39 
 
 
397 aa  420  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697099  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2071  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.56 
 
 
397 aa  419  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.667467  normal  0.823205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0877  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.49 
 
 
393 aa  415  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.74 
 
 
389 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1905  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.6 
 
 
395 aa  414  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1151  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.17 
 
 
399 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.56 
 
 
397 aa  408  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1691  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.13 
 
 
392 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.557417 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.48 
 
 
396 aa  405  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1551  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.56 
 
 
407 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.75247  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.18 
 
 
396 aa  393  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2049  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.77 
 
 
391 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1268  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.95 
 
 
402 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.373712  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3758  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.36 
 
 
406 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00999725  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3055  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.61 
 
 
394 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1093  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.1 
 
 
404 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.560821 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1608  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.58 
 
 
411 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4382  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.14 
 
 
394 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258823  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.2 
 
 
402 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0779  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.2 
 
 
402 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000704939  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1730  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.83 
 
 
434 aa  365  1e-99  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000563319  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.58 
 
 
396 aa  363  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0792  cystathionine gamma-synthase  48.08 
 
 
424 aa  363  3e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145563  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2682  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.8 
 
 
407 aa  361  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0798  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.57 
 
 
422 aa  361  1e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.40297  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2117  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.92 
 
 
396 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2735  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.8 
 
 
404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484206  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.44 
 
 
396 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3966  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.44 
 
 
396 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0704678  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1689  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.95 
 
 
413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.79324 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1864  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.2 
 
 
411 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4401  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.44 
 
 
396 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2225  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.55 
 
 
404 aa  355  5.999999999999999e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.833274  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4614  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.14 
 
 
396 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3861  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.53 
 
 
410 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6834  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.99 
 
 
396 aa  351  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373794  normal  0.455704 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3356  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.53 
 
 
410 aa  351  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1038  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.35 
 
 
408 aa  350  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1016  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.15 
 
 
406 aa  350  3e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284664 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1496  cystathionine gamma-lyase  43.34 
 
 
390 aa  347  2e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1942  cystathionine gamma-synthase  45.88 
 
 
396 aa  347  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00385575  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0305  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.11 
 
 
398 aa  345  8e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226958  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2873  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.74 
 
 
396 aa  345  8e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2459  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.2 
 
 
402 aa  345  8e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00148709  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0318  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.11 
 
 
401 aa  345  8.999999999999999e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0687  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
405 aa  342  8e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0160219  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2299  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
423 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21935  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0761  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
405 aa  341  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2437  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
423 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.391584  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1866  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
423 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0398  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.08 
 
 
397 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0537  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
423 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1657  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
396 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1713  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.77 
 
 
396 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.292156  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.84 
 
 
401 aa  339  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1661  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.17 
 
 
394 aa  338  9.999999999999999e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.224768 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0471  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.52 
 
 
406 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.706891  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.04 
 
 
452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0722667 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0180  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.34 
 
 
394 aa  334  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.921077 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0098  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.55 
 
 
396 aa  333  3e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1425  Methionine gamma-lyase  41.51 
 
 
388 aa  333  3e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2639  cystathionine beta-lyase/cystathionine gamma-synthase  40.05 
 
 
391 aa  333  4e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.41 
 
 
408 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0791  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.14 
 
 
408 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5251  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.14 
 
 
403 aa  328  9e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0139  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.51 
 
 
397 aa  328  9e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0190  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.93 
 
 
394 aa  328  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0949182  normal  0.567401 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0133  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.72 
 
 
394 aa  325  6e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.765641  normal  0.668156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.51 
 
 
402 aa  325  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00770297  hitchhiker  0.00215966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.36 
 
 
422 aa  323  3e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2150  cystathionine gamma-synthase  48.79 
 
 
414 aa  322  8e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2410  trans-sulfuration enzyme family protein  43.59 
 
 
392 aa  320  3e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3103  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.01 
 
 
394 aa  320  3e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0544  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.23 
 
 
394 aa  318  7.999999999999999e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19570  O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase  42.82 
 
 
397 aa  318  9e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1236  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.52 
 
 
400 aa  318  9e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1854  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.5 
 
 
397 aa  316  6e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  decreased coverage  0.00243487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3732  Cystathionine gamma-lyase  41.15 
 
 
393 aa  315  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4904  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.96 
 
 
401 aa  315  9e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.247924  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1938  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.39 
 
 
395 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1851  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.08 
 
 
404 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225194  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2737  methionine gamma-lyase  41.84 
 
 
400 aa  309  6.999999999999999e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428956  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0500  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.82 
 
 
393 aa  308  9e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.960396  normal  0.966435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>