More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2682 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1093  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  76.98 
 
 
404 aa  652    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.560821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2682  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  100 
 
 
407 aa  841    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1608  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  73.72 
 
 
411 aa  640    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3758  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  73.15 
 
 
406 aa  619  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00999725  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1864  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  71.18 
 
 
411 aa  597  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2735  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  68.73 
 
 
404 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484206  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2225  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  68.49 
 
 
404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.833274  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  67.49 
 
 
452 aa  567  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0722667 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1689  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  69.11 
 
 
413 aa  554  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.79324 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2150  cystathionine gamma-synthase  70.25 
 
 
414 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3055  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  60.05 
 
 
394 aa  480  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0877  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.76 
 
 
393 aa  468  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4382  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.99 
 
 
394 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258823  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6834  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.78 
 
 
396 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373794  normal  0.455704 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.73 
 
 
389 aa  459  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2873  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.78 
 
 
396 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.82 
 
 
403 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.29 
 
 
396 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0779  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.07 
 
 
402 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000704939  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1905  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.69 
 
 
395 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1691  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.44 
 
 
392 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.557417 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3966  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.29 
 
 
396 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0704678  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4401  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.03 
 
 
396 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.72 
 
 
402 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4614  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.12 
 
 
396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.11 
 
 
401 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3861  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.14 
 
 
410 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2117  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.87 
 
 
396 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.91 
 
 
404 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.91 
 
 
404 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0761  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.53 
 
 
405 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2437  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.53 
 
 
423 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.391584  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.09 
 
 
397 aa  442  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.83 
 
 
393 aa  441  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0687  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.28 
 
 
405 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0160219  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.82 
 
 
403 aa  443  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2299  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.53 
 
 
423 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21935  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2026  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.06 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1713  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.01 
 
 
396 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.292156  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1657  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.01 
 
 
396 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1866  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.03 
 
 
423 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0537  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.03 
 
 
423 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3356  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.64 
 
 
410 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2459  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.61 
 
 
402 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00148709  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2488  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.55 
 
 
383 aa  432  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1243  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.98 
 
 
406 aa  428  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.52 
 
 
403 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272758 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2001  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.75 
 
 
403 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.71 
 
 
403 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1535  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.75 
 
 
403 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.47488 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.8 
 
 
403 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3760  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.75 
 
 
403 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.192892  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2071  dihydrolipoamide dehydrogenase  54.71 
 
 
397 aa  420  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.667467  normal  0.823205 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.59 
 
 
396 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1151  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.01 
 
 
399 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.2 
 
 
403 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1268  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.59 
 
 
402 aa  415  9.999999999999999e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.373712  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3810  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.2 
 
 
403 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1551  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.59 
 
 
407 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.75247  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2049  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.05 
 
 
391 aa  403  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1797  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.35 
 
 
397 aa  401  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697099  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1730  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.64 
 
 
434 aa  393  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000563319  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0792  cystathionine gamma-synthase  50.13 
 
 
424 aa  379  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145563  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2947  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.12 
 
 
419 aa  377  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0798  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.62 
 
 
422 aa  377  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.40297  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.53 
 
 
396 aa  372  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.7 
 
 
396 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.31 
 
 
408 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1854  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.83 
 
 
397 aa  359  5e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  decreased coverage  0.00243487 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0791  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.2 
 
 
408 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5251  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.04 
 
 
403 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.92 
 
 
398 aa  353  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0688  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.89 
 
 
411 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.175139 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0513  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.15 
 
 
410 aa  350  2e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.047245  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.42 
 
 
422 aa  350  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0139  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.64 
 
 
397 aa  349  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4904  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.13 
 
 
401 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.247924  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2410  trans-sulfuration enzyme family protein  45.66 
 
 
392 aa  348  7e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1938  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.56 
 
 
395 aa  348  7e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1198  cystathionine gamma-synthase  44.14 
 
 
414 aa  348  9e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35030  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.01 
 
 
417 aa  348  1e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0471  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.7 
 
 
406 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.706891  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3860  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.5 
 
 
402 aa  345  7e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.38 
 
 
402 aa  345  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00770297  hitchhiker  0.00215966 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1942  cystathionine gamma-synthase  43.91 
 
 
396 aa  345  1e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00385575  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3103  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.22 
 
 
394 aa  344  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1496  cystathionine gamma-lyase  41.49 
 
 
390 aa  344  2e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10395  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.11 
 
 
406 aa  343  2.9999999999999997e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00173886  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2665  cystathionine gamma-synthase  43.36 
 
 
402 aa  343  2.9999999999999997e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.6869  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1425  Methionine gamma-lyase  42.27 
 
 
388 aa  343  4e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3645  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.18 
 
 
402 aa  343  4e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1236  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.87 
 
 
400 aa  342  9e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1851  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.56 
 
 
404 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0500  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.56 
 
 
393 aa  342  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.960396  normal  0.966435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1661  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.73 
 
 
394 aa  340  2.9999999999999998e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.224768 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1016  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.48 
 
 
406 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284664 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3214  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.36 
 
 
413 aa  339  5e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.81 
 
 
407 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.897628  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1998  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.8 
 
 
409 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.469724 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2393  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.62 
 
 
404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.168744  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>