More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4298 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  100 
 
 
398 aa  818    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2410  trans-sulfuration enzyme family protein  70.83 
 
 
392 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1851  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  69.79 
 
 
404 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0500  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  69.79 
 
 
393 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.960396  normal  0.966435 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1854  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  70.76 
 
 
397 aa  565  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  decreased coverage  0.00243487 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1938  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  69.23 
 
 
395 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0638  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  68.41 
 
 
393 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121257  normal  0.711879 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0133  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.84 
 
 
394 aa  470  1.0000000000000001e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.765641  normal  0.668156 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0180  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.18 
 
 
394 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.921077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.19 
 
 
396 aa  458  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0190  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.04 
 
 
394 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0949182  normal  0.567401 
 
 
-
 
NC_004310  BR0305  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.96 
 
 
398 aa  455  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226958  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0318  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.8 
 
 
401 aa  456  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0544  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.55 
 
 
394 aa  457  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0139  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.62 
 
 
397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0398  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.69 
 
 
397 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0098  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.6 
 
 
396 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0471  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.16 
 
 
406 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.706891  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0791  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.18 
 
 
408 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.92 
 
 
408 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.54 
 
 
422 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5251  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.61 
 
 
403 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.69 
 
 
402 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00770297  hitchhiker  0.00215966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4904  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.5 
 
 
401 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.247924  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1038  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.18 
 
 
408 aa  425  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1016  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.73 
 
 
406 aa  419  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1661  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.01 
 
 
394 aa  417  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.224768 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1236  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.52 
 
 
400 aa  413  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3645  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.45 
 
 
402 aa  413  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3860  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.59 
 
 
402 aa  408  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2947  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.81 
 
 
419 aa  403  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3103  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.99 
 
 
394 aa  402  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35030  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.75 
 
 
417 aa  382  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4034  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.4 
 
 
404 aa  383  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0688  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.87 
 
 
411 aa  383  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.175139 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3214  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50 
 
 
413 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1198  cystathionine gamma-synthase  49.22 
 
 
414 aa  383  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  49.26 
 
 
407 aa  381  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.897628  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2393  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.87 
 
 
404 aa  380  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.168744  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10395  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.13 
 
 
406 aa  376  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00173886  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3120  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.15 
 
 
428 aa  377  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0877  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.93 
 
 
393 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0538  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.39 
 
 
412 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0985823  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0516  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.39 
 
 
412 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2665  cystathionine gamma-synthase  47.4 
 
 
402 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.6869  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1086  cystathionine gamma-synthase  46.55 
 
 
401 aa  372  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0526  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.39 
 
 
412 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0536  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.57 
 
 
400 aa  367  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.3 
 
 
403 aa  364  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3476  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.53 
 
 
399 aa  362  9e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0513  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50 
 
 
410 aa  359  4e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.047245  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1093  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.43 
 
 
404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.560821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2049  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.34 
 
 
391 aa  354  2e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1905  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.74 
 
 
395 aa  353  2e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2735  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.5 
 
 
404 aa  353  4e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.484206  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.99 
 
 
404 aa  353  4e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2682  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.92 
 
 
407 aa  353  4e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.99 
 
 
404 aa  353  4e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2225  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.25 
 
 
404 aa  352  7e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.833274  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1691  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.6 
 
 
392 aa  352  7e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.557417 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.95 
 
 
389 aa  352  8.999999999999999e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4382  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.67 
 
 
394 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258823  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3758  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.92 
 
 
406 aa  350  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00999725  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3055  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.1 
 
 
394 aa  348  1e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2299  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.52 
 
 
423 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21935  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2437  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.52 
 
 
423 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.391584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0761  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.52 
 
 
405 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1866  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.52 
 
 
423 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0537  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.52 
 
 
423 aa  345  7e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1713  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.57 
 
 
396 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.292156  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1657  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.57 
 
 
396 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1608  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.22 
 
 
411 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47 
 
 
403 aa  343  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1864  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.06 
 
 
411 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0687  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.78 
 
 
405 aa  341  1e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0160219  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3861  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.81 
 
 
410 aa  341  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6834  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.39 
 
 
396 aa  340  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373794  normal  0.455704 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3356  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.81 
 
 
410 aa  338  8e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2117  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.91 
 
 
396 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.83 
 
 
393 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2873  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.8 
 
 
396 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4614  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.99 
 
 
396 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1797  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.81 
 
 
397 aa  337  2.9999999999999997e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697099  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.16 
 
 
396 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3966  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.16 
 
 
396 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0704678  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.17 
 
 
452 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0722667 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4401  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.16 
 
 
396 aa  336  5e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1243  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.95 
 
 
406 aa  334  1e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.74 
 
 
403 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0779  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.05 
 
 
402 aa  331  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000704939  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2488  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.09 
 
 
383 aa  330  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1689  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.47 
 
 
413 aa  330  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.79324 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.09 
 
 
396 aa  330  3e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.85 
 
 
402 aa  329  4e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.23 
 
 
396 aa  328  7e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.17 
 
 
403 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.95 
 
 
403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.3 
 
 
397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2071  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.93 
 
 
397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.667467  normal  0.823205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2026  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47 
 
 
403 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>