More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0133 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0544  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  84.77 
 
 
394 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0180  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  91.37 
 
 
394 aa  763    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.921077 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0190  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  90.1 
 
 
394 aa  754    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0949182  normal  0.567401 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0133  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  100 
 
 
394 aa  817    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.765641  normal  0.668156 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0098  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  74.74 
 
 
396 aa  637    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0305  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  73.26 
 
 
398 aa  618  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.226958  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0318  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  73.26 
 
 
401 aa  618  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0398  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  73.08 
 
 
397 aa  619  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1038  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.93 
 
 
408 aa  546  1e-154  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0768  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.91 
 
 
402 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00770297  hitchhiker  0.00215966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0471  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  66.23 
 
 
406 aa  537  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.706891  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0139  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.42 
 
 
397 aa  536  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0903  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  65.22 
 
 
408 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1016  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  64.96 
 
 
406 aa  534  1e-150  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284664 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.68 
 
 
422 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5251  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  63.17 
 
 
403 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.903252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0791  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.66 
 
 
408 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0409  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  61.24 
 
 
396 aa  517  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.384656  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4904  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  62.37 
 
 
401 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.247924  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3103  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.59 
 
 
394 aa  497  1e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1938  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  59.14 
 
 
395 aa  484  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1236  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.69 
 
 
400 aa  471  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.43898  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4298  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  57.84 
 
 
398 aa  470  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0500  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.41 
 
 
393 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.960396  normal  0.966435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1198  cystathionine gamma-synthase  54.34 
 
 
414 aa  464  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2410  trans-sulfuration enzyme family protein  57.66 
 
 
392 aa  463  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1854  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  58.25 
 
 
397 aa  463  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.58476  decreased coverage  0.00243487 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1661  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.81 
 
 
394 aa  462  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.224768 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1851  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  56.15 
 
 
404 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225194  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2665  cystathionine gamma-synthase  50.77 
 
 
402 aa  437  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.6869  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0638  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  55.5 
 
 
393 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121257  normal  0.711879 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0688  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.01 
 
 
411 aa  427  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.175139 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0219  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  54.83 
 
 
407 aa  426  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.897628  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3645  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.27 
 
 
402 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0538  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.66 
 
 
412 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0985823  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0516  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.93 
 
 
412 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1086  cystathionine gamma-synthase  49.62 
 
 
401 aa  419  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0526  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.66 
 
 
412 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4034  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  53.35 
 
 
404 aa  418  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3214  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.55 
 
 
413 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3860  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.89 
 
 
402 aa  414  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10395  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.07 
 
 
406 aa  409  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00173886  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35030  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.63 
 
 
417 aa  409  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2393  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.13 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.168744  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2947  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  52.04 
 
 
419 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0513  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  50.38 
 
 
410 aa  383  1e-105  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.047245  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3476  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  51.15 
 
 
399 aa  380  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0877  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.53 
 
 
393 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0710283 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0536  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.51 
 
 
400 aa  374  1e-102  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3120  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.62 
 
 
428 aa  375  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1691  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.06 
 
 
392 aa  372  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.557417 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1907  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.15 
 
 
389 aa  371  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4382  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.85 
 
 
394 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.258823  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1243  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.21 
 
 
406 aa  363  4e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1797  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.67 
 
 
397 aa  361  1e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697099  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2710  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.61 
 
 
403 aa  360  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531318  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2063  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.99 
 
 
404 aa  359  4e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.154855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1721  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.99 
 
 
404 aa  359  4e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.274842 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3055  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47 
 
 
394 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1905  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.62 
 
 
395 aa  355  1e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1151  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  48.17 
 
 
399 aa  353  4e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2049  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.3 
 
 
391 aa  351  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0930  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  47.24 
 
 
393 aa  350  2e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1511  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.37 
 
 
396 aa  349  6e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00343011  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0761  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.63 
 
 
405 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.203208  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2437  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.63 
 
 
423 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.391584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2299  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.63 
 
 
423 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21935  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6834  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.85 
 
 
396 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373794  normal  0.455704 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0687  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.37 
 
 
405 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0160219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1669  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.79 
 
 
403 aa  346  3e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.813893  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3732  Cystathionine gamma-lyase  45.6 
 
 
393 aa  347  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1866  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.37 
 
 
423 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0537  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.37 
 
 
423 aa  346  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1942  cystathionine gamma-synthase  44.42 
 
 
396 aa  346  4e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00385575  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1657  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.37 
 
 
396 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1713  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.37 
 
 
396 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.292156  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2117  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.34 
 
 
396 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2873  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.6 
 
 
396 aa  343  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2459  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  46.88 
 
 
402 aa  344  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00148709  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4401  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.08 
 
 
396 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.08 
 
 
396 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3966  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.08 
 
 
396 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0704678  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1042  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.26 
 
 
402 aa  342  5e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.37384 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4614  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.82 
 
 
396 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162026  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1562  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.57 
 
 
403 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.272758 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3861  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.96 
 
 
410 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34140  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.31 
 
 
403 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1425  Methionine gamma-lyase  42.74 
 
 
388 aa  340  2e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1093  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  42.86 
 
 
404 aa  339  5e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.560821 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1496  cystathionine gamma-lyase  41.99 
 
 
390 aa  338  9.999999999999999e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0779  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.39 
 
 
402 aa  338  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000704939  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2001  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  45.05 
 
 
403 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2639  cystathionine beta-lyase/cystathionine gamma-synthase  42.55 
 
 
391 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0809  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.31 
 
 
397 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3356  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.7 
 
 
410 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3760  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.79 
 
 
403 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.192892  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1535  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.79 
 
 
403 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.47488 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2026  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  44.53 
 
 
403 aa  335  7e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0235918  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1929  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  43.81 
 
 
396 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2682  O-succinylhomoserine sulfhydrylase  41.84 
 
 
407 aa  333  4e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>