245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3018 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_3018  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 85 aa  168  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  40.28 
 
 		 83 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  42.47 
 
 		 80 aa  67.8  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  47.62 
 
 		 74 aa  67.8  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  38.03 
 
 		 84 aa  67  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 74 aa  67  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  40.28 
 
 		 85 aa  66.6  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  44.78 
 
 		 80 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  48.44 
 
 		 86 aa  65.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  44.44 
 
 		 75 aa  65.5  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  41.79 
 
 		 82 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  36.36 
 
 		 76 aa  63.5  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  39.39 
 
 		 83 aa  63.5  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1251  RNA chaperone Hfq  39.06 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  35.62 
 
 		 86 aa  62.4  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  39.39 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  44.44 
 
 		 80 aa  62  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  42.62 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  42.62 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1599  RNA chaperone Hfq  44.62 
 
 		 85 aa  60.8  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000150457  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  39.13 
 
 		 92 aa  60.8  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  38.46 
 
 		 86 aa  60.5  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  41.67 
 
 		 84 aa  60.1  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  39.39 
 
 		 88 aa  59.7  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  42.86 
 
 		 89 aa  59.3  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  37.31 
 
 		 83 aa  58.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  38.46 
 
 		 89 aa  58.2  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  40.32 
 
 		 80 aa  58.2  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  40.32 
 
 		 80 aa  58.2  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  39.06 
 
 		 83 aa  57.8  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  35.82 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  40.32 
 
 		 90 aa  57.4  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  35.53 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  37.5 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1308  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 62 aa  56.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.628596  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  39.06 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  41.94 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 99 aa  57  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  38.03 
 
 		 80 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  41.94 
 
 		 92 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  37.31 
 
 		 89 aa  57  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 85 aa  56.2  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 101 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 94 aa  56.6  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  40.32 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  40.32 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  40.32 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  38.24 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  38.71 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  37.5 
 
 		 82 aa  55.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  38.24 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  41.94 
 
 		 91 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 99 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 82 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 103 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  36.62 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 82 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  38.24 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  38.71 
 
 		 91 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  36.62 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  40.32 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  38.71 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>