63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0552 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0552  sugar isomerase  100 
 
 		 188 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3056  sugar isomerase (SIS)  59.75 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1367  hexulose-6-phosphate isomerase  57.62 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0608  sugar isomerase (SIS)  33.9 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0594  sugar isomerase (SIS)  33.9 
 
 		 182 aa  102  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0217  SIS domain-containing protein  32.77 
 
 		 182 aa  99  3e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0479  sugar isomerase (SIS)  31.93 
 
 		 202 aa  95.5  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2813  sugar isomerase (SIS)  33.33 
 
 		 183 aa  95.5  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2737  sugar isomerase (SIS)  33.33 
 
 		 183 aa  95.5  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3213  6-phospho 3-hexuloisomerase  31.58 
 
 		 187 aa  95.1  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1163  sugar isomerase (SIS)  30.67 
 
 		 194 aa  94.4  8e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.105663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1507  sugar isomerase (SIS)  30.81 
 
 		 211 aa  89.7  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0132  hexulose-6-phosphate isomerase  28.18 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0910  sugar isomerase (SIS)  28.28 
 
 		 190 aa  88.2  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.510158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1850  6-phospho 3-hexuloisomerase  30.43 
 
 		 186 aa  88.2  7e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2930  6-phospho 3-hexuloisomerase  32.93 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000566835 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3132  hexulose-6-phosphate isomerase  28.4 
 
 		 204 aa  85.9  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.212429  normal  0.445732 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3050  SIS domain-containing protein  31.07 
 
 		 177 aa  85.5  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3044  SIS domain-containing protein  31.07 
 
 		 177 aa  85.5  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.128664  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1199  sugar isomerase (SIS)  30.3 
 
 		 191 aa  85.1  6e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.645191  normal  0.0117075 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2411  6-phospho 3-hexuloisomerase  32.93 
 
 		 199 aa  83.6  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0308  sugar isomerase (SIS)  26.84 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2738  hexulose-6-phosphate synthase/SIS domain-containing protein  31.87 
 
 		 389 aa  82.8  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0993  hexulose-6-phosphate isomerase  27.91 
 
 		 200 aa  82.8  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.830093  normal  0.529844 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3252  3-hexulose-6-phosphate isomerase  26.97 
 
 		 186 aa  82.4  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal  0.405094 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5672  6-phospho 3-hexuloisomerase  32.77 
 
 		 194 aa  82.4  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.343688 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1650  sugar isomerase (SIS)  28.22 
 
 		 186 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000127624 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4594  3-hexulose-6-phosphate isomerase  27.13 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1889  hexulose-6-phosphate isomerase  25.32 
 
 		 202 aa  76.6  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3709  hexulose-6-phosphate isomerase  36.11 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0616  sugar isomerase (SIS)  30.46 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.271955  normal  0.764233 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3836  sugar isomerase (SIS)  33.85 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.347937  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1653  hexulose-6-phosphate isomerase  33.77 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000157973  normal  0.272827 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0808  hexulose-6-phosphate isomerase  31.61 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1130  6-phospho 3-hexuloisomerase  28.66 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0236  hexulose-6-phosphate isomerase  26.34 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.249011 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0706  sugar isomerase (SIS)  25.88 
 
 		 205 aa  71.2  0.000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0564626  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0610  6-phospho 3-hexuloisomerase  30.43 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1579  sugar isomerase (SIS)  31.22 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.208067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0638  sugar isomerase (SIS)  27.89 
 
 		 178 aa  69.3  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3031  sugar isomerase (SIS)  27.13 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  33.07 
 
 		 279 aa  51.6  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 299 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.71 
 
 		 282 aa  48.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  28.25 
 
 		 315 aa  47.4  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 282 aa  46.2  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 280 aa  45.4  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 281 aa  43.9  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  27.91 
 
 		 288 aa  42.7  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 281 aa  42.4  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 282 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 338 aa  42.4  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 282 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 282 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0185  sugar phosphate isomerase  27.82 
 
 		 397 aa  42  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 282 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 		 282 aa  42  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 642 aa  41.6  0.006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 642 aa  41.6  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 281 aa  41.6  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 642 aa  41.6  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 281 aa  41.6  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.66 
 
 		 282 aa  40.8  0.01  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>