More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3017 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3017  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 217 aa  437  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1737  hydrogenase accessory protein HypB  84.26 
 
 		 216 aa  380  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3363  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  42.79 
 
 		 326 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.98 
 
 		 303 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  43.12 
 
 		 254 aa  192  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  41.1 
 
 		 352 aa  192  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  42.99 
 
 		 322 aa  192  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  44.65 
 
 		 220 aa  191  5e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3219  hydrogenase accessory protein HypB  42.99 
 
 		 261 aa  191  9e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  43.06 
 
 		 293 aa  189  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  43.19 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  44.29 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  44.29 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  40.74 
 
 		 239 aa  188  5e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  42.52 
 
 		 283 aa  188  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  42.52 
 
 		 218 aa  188  5e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  44.02 
 
 		 218 aa  188  5.999999999999999e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  42.86 
 
 		 267 aa  188  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2829  hydrogenase accessory protein HypB  40.65 
 
 		 216 aa  187  7e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  41.59 
 
 		 301 aa  187  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  42.86 
 
 		 266 aa  187  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  44.29 
 
 		 263 aa  187  8e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  41.31 
 
 		 292 aa  187  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11720  hydrogenase accessory protein HypB  42.06 
 
 		 217 aa  187  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.708429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  44.02 
 
 		 217 aa  186  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  44.02 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  43.54 
 
 		 217 aa  186  2e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  42.66 
 
 		 289 aa  184  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  42.66 
 
 		 289 aa  184  7e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  40.93 
 
 		 294 aa  184  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  41.01 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  42.99 
 
 		 218 aa  182  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  41.9 
 
 		 312 aa  182  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  41.2 
 
 		 307 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  40.38 
 
 		 306 aa  181  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  39.15 
 
 		 242 aa  181  6e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2010  hydrogenase accessory protein HypB  42.33 
 
 		 226 aa  181  6e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  40.85 
 
 		 276 aa  181  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.28 
 
 		 263 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  42.25 
 
 		 267 aa  180  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  41.15 
 
 		 224 aa  179  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  41.31 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  40.64 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1673  hydrogenase accessory protein HypB  40.65 
 
 		 258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  41.67 
 
 		 268 aa  179  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  43.46 
 
 		 270 aa  178  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  37.21 
 
 		 273 aa  178  5.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  41.94 
 
 		 244 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2180  hydrogenase accessory protein HypB  45.41 
 
 		 217 aa  178  5.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03880  hydrogenase accessory protein HypB  42.18 
 
 		 215 aa  177  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  41.2 
 
 		 321 aa  177  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.64 
 
 		 290 aa  177  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  43.66 
 
 		 319 aa  177  9e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.18 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.18 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.18 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.59 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.18 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  42.18 
 
 		 283 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.18 
 
 		 290 aa  176  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  39.42 
 
 		 305 aa  176  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  37.23 
 
 		 345 aa  176  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  39.42 
 
 		 257 aa  176  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1563  hydrogenase accessory protein HypB  41.74 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0444465  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  40.09 
 
 		 303 aa  176  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  37.83 
 
 		 328 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.64 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  38.79 
 
 		 297 aa  175  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  42.79 
 
 		 268 aa  175  5e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  43.87 
 
 		 269 aa  175  5e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  42.01 
 
 		 313 aa  175  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  41.98 
 
 		 264 aa  175  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  41.59 
 
 		 282 aa  174  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  41.51 
 
 		 275 aa  173  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.73 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  41.51 
 
 		 273 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  41.98 
 
 		 250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  40.65 
 
 		 219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  43.33 
 
 		 281 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  39.73 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  40.18 
 
 		 287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  40.64 
 
 		 313 aa  171  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1089  hydrogenase accessory protein HypB  41.46 
 
 		 220 aa  171  9e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  38.71 
 
 		 277 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  40 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  41.71 
 
 		 237 aa  170  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  44.13 
 
 		 318 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  38.25 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  41.63 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  40.74 
 
 		 407 aa  169  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1883  hydrogenase accessory protein HypB  38.71 
 
 		 281 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17110  hydrogenase accessory protein HypB  40 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  41.51 
 
 		 269 aa  169  3e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>