134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2225 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2225  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
136 aa  280  3.0000000000000004e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2593  lactoylglutathione lyase  35.94 
 
 
131 aa  91.7  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116065 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3399  amino acid adenylation domain protein  32.56 
 
 
7122 aa  75.9  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.163726 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  36.43 
 
 
129 aa  74.3  0.0000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0281  hypothetical protein  30.53 
 
 
141 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.189275  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  30.77 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0871  methylmalonyl-CoA epimerase  28.35 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  33.33 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.4 
 
 
134 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.81 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4142  methylmalonyl-CoA epimerase  30.83 
 
 
134 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65243  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  30 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0107  hypothetical protein  29.66 
 
 
143 aa  63.2  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  33.61 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  32.58 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.81 
 
 
135 aa  61.6  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4406  methylmalonyl-CoA epimerase  29.17 
 
 
134 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.865386  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  27.82 
 
 
131 aa  61.2  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  34.96 
 
 
133 aa  60.8  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  30.58 
 
 
134 aa  60.5  0.000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  31.15 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  33.66 
 
 
134 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.11 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  28.15 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  33.98 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3193  hypothetical protein  25.95 
 
 
138 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  27.01 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1790  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.92 
 
 
158 aa  58.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  28.79 
 
 
137 aa  58.5  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  30.83 
 
 
135 aa  57.8  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2043  methylmalonyl-CoA epimerase  27.5 
 
 
134 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370344  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  29.77 
 
 
137 aa  57.4  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  37.74 
 
 
134 aa  57  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.71 
 
 
133 aa  57  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  24.81 
 
 
140 aa  57  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.61 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1635  lactoylglutathione lyase  32.33 
 
 
127 aa  56.6  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0641536  normal  0.0230856 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1733  lactoylglutathione lyase  28.12 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  30.53 
 
 
134 aa  55.5  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0877  methylmalonyl-CoA epimerase  27.82 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.157449  normal  0.0450617 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  31.25 
 
 
135 aa  55.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3210  methylmalonyl-CoA epimerase  27.5 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0791094  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0637  methylmalonyl-CoA epimerase  26.92 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2814  methylmalonyl-CoA epimerase  26.47 
 
 
138 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744827  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0092  hypothetical protein  26.39 
 
 
143 aa  54.7  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  25.98 
 
 
137 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  28.15 
 
 
140 aa  53.9  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  28.47 
 
 
140 aa  54.3  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1282  methylmalonyl-CoA epimerase  27.61 
 
 
142 aa  53.9  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.922944  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1126  hypothetical protein  28.36 
 
 
135 aa  53.5  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  26.47 
 
 
159 aa  53.5  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  31.11 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0422  hypothetical protein  30.08 
 
 
138 aa  53.5  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  27.01 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  26.28 
 
 
157 aa  52.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0368  methylmalonyl-CoA epimerase  26.67 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.528801  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  28.57 
 
 
137 aa  52.4  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  32.09 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0981  methylmalonyl-CoA epimerase  28.15 
 
 
139 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0245792  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  28.47 
 
 
140 aa  52  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  25.19 
 
 
134 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2507  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  27.21 
 
 
141 aa  51.6  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106102  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.1 
 
 
135 aa  51.6  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  25.19 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  26.72 
 
 
145 aa  50.8  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  30.69 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  32.63 
 
 
135 aa  50.4  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  30.37 
 
 
134 aa  50.4  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2630  putative glyoxalase  27.27 
 
 
134 aa  50.4  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0581567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  31.73 
 
 
134 aa  50.4  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1038  methylmalonyl-CoA epimerase  26.67 
 
 
134 aa  50.4  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00716429  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  25 
 
 
145 aa  50.4  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2178  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  27.91 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.794327  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1796  methylmalonyl-CoA epimerase  25.93 
 
 
170 aa  49.7  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  27.97 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  25.83 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1167  methylmalonyl-CoA epimerase  29.59 
 
 
135 aa  49.7  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217696  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  27.14 
 
 
161 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  26.67 
 
 
134 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1774  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.7 
 
 
139 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000533955  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  28.23 
 
 
135 aa  49.3  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  29.75 
 
 
134 aa  48.5  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  25.83 
 
 
134 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1003  methylmalonyl-CoA epimerase  24.17 
 
 
134 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  29.55 
 
 
134 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2198  methylmalonyl-CoA epimerase  26.09 
 
 
136 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1623  methylmalonyl-CoA epimerase  30.11 
 
 
136 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1752  glyoxalase family protein  29.7 
 
 
139 aa  47.8  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000441097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1730  glyoxalase family protein  29.7 
 
 
139 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00522629  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0277  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.33 
 
 
149 aa  47.8  0.00005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.0000264017  hitchhiker  0.0000643241 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1069  methylmalonyl-CoA epimerase  23.33 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.17549  normal  0.247158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1198  methylmalonyl-CoA epimerase  23.33 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1946  glyoxalase family protein  29.7 
 
 
139 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5587800000000002e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1773  glyoxalase family protein  29.7 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00831345  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1910  glyoxalase family protein  29.7 
 
 
139 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000915588  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1572  methylmalonyl-CoA epimerase  25.83 
 
 
134 aa  47.4  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2892  methylmalonyl-CoA epimerase  25.74 
 
 
141 aa  47.8  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.20735 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  25.18 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2155  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.63 
 
 
139 aa  47.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0614905  normal  0.240575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  27.59 
 
 
134 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>