More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0558 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
137 aa  276  5e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  95.62 
 
 
137 aa  265  2e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  75.57 
 
 
134 aa  216  7.999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  75 
 
 
134 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  77.1 
 
 
134 aa  212  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  71.97 
 
 
134 aa  205  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  70.23 
 
 
134 aa  200  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  70.99 
 
 
134 aa  199  7e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  59.4 
 
 
140 aa  165  2e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  58.78 
 
 
141 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  55.73 
 
 
134 aa  162  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  59.38 
 
 
135 aa  160  7e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  56.92 
 
 
135 aa  159  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  57.81 
 
 
133 aa  157  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  54.62 
 
 
134 aa  155  2e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  53.91 
 
 
134 aa  147  7e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  53.54 
 
 
133 aa  144  3e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  51.91 
 
 
136 aa  141  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  51.47 
 
 
141 aa  137  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0200  methylmalonyl-CoA epimerase  46.56 
 
 
140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000715247  normal  0.843381 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  47.33 
 
 
145 aa  131  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  51.15 
 
 
137 aa  130  5e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  47.33 
 
 
135 aa  129  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  50 
 
 
140 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  48.09 
 
 
140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  45.77 
 
 
192 aa  128  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  47.66 
 
 
134 aa  126  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2507  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  52.94 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106102  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  43.8 
 
 
147 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  44.19 
 
 
135 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  46.27 
 
 
157 aa  124  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  47.69 
 
 
133 aa  124  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  46.27 
 
 
134 aa  123  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  47.37 
 
 
135 aa  123  8.000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  44.2 
 
 
145 aa  122  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  43.51 
 
 
134 aa  122  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  49.61 
 
 
131 aa  123  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  43.41 
 
 
135 aa  122  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  47.76 
 
 
159 aa  121  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0871  methylmalonyl-CoA epimerase  45.93 
 
 
135 aa  121  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  48.09 
 
 
129 aa  121  4e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6000  methylmalonyl-CoA epimerase  47.73 
 
 
143 aa  120  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0251153 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  43.57 
 
 
140 aa  120  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  41.98 
 
 
135 aa  119  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  45.38 
 
 
133 aa  118  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  49.23 
 
 
135 aa  118  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.48 
 
 
134 aa  117  6e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0981  methylmalonyl-CoA epimerase  42.42 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0245792  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.48 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  41.91 
 
 
142 aa  115  3e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1038  methylmalonyl-CoA epimerase  47.01 
 
 
134 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00716429  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
134 aa  114  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  45.38 
 
 
131 aa  113  7.999999999999999e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1796  methylmalonyl-CoA epimerase  42.86 
 
 
170 aa  113  8.999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4142  methylmalonyl-CoA epimerase  48.09 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65243  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4113  methylmalonyl-CoA epimerase  41.73 
 
 
162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0776501  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  47.76 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2814  methylmalonyl-CoA epimerase  47.14 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744827  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1623  methylmalonyl-CoA epimerase  44.09 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  41.18 
 
 
147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  47.76 
 
 
134 aa  111  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  39.1 
 
 
134 aa  111  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  43.94 
 
 
140 aa  111  3e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3851  methylmalonyl-CoA epimerase  42.65 
 
 
156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00602371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  40.46 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3865  methylmalonyl-CoA epimerase  42.65 
 
 
156 aa  110  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3939  methylmalonyl-CoA epimerase  42.65 
 
 
156 aa  110  5e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.368557  normal  0.0232297 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  45.52 
 
 
134 aa  110  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  42.42 
 
 
136 aa  110  9e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1733  lactoylglutathione lyase  44.7 
 
 
134 aa  110  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0637  methylmalonyl-CoA epimerase  44.78 
 
 
134 aa  110  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6105  methylmalonyl-CoA epimerase  39.29 
 
 
146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1277  methylmalonyl-CoA epimerase  44.27 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.149828  normal  0.902197 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  44.62 
 
 
133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4406  methylmalonyl-CoA epimerase  46.56 
 
 
134 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.865386  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2892  methylmalonyl-CoA epimerase  44.7 
 
 
141 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.20735 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1790  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  46.21 
 
 
158 aa  108  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1369  methylmalonyl-CoA epimerase  44.27 
 
 
134 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2339  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.91 
 
 
168 aa  107  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.630848  normal  0.527959 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  40.44 
 
 
161 aa  107  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1282  methylmalonyl-CoA epimerase  49.62 
 
 
142 aa  106  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.922944  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0953  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  40.16 
 
 
131 aa  105  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0254493 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  44.03 
 
 
134 aa  105  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28560  methylmalonyl-CoA epimerase  41.3 
 
 
153 aa  105  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.215327 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1264  methylmalonyl-CoA epimerase  42.03 
 
 
167 aa  105  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0685112  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1572  methylmalonyl-CoA epimerase  44.27 
 
 
134 aa  105  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11354  hypothetical protein  39.85 
 
 
151 aa  104  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498935  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0368  methylmalonyl-CoA epimerase  42.54 
 
 
134 aa  103  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.528801  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2043  methylmalonyl-CoA epimerase  43.28 
 
 
134 aa  103  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370344  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  41.41 
 
 
137 aa  103  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2198  methylmalonyl-CoA epimerase  42.75 
 
 
136 aa  103  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0810  methylmalonyl-CoA epimerase  44.44 
 
 
146 aa  102  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3164  methylmalonyl-CoA epimerase  41.79 
 
 
134 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4617  methylmalonyl-CoA epimerase  41.98 
 
 
134 aa  102  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0621953 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1126  hypothetical protein  42.11 
 
 
135 aa  102  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1175  methylmalonyl-CoA epimerase  42.11 
 
 
134 aa  101  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  41.79 
 
 
134 aa  100  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.79 
 
 
134 aa  100  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1989  methylmalonyl-CoA epimerase  40.16 
 
 
127 aa  100  7e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>