223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1170 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
135 aa  273  7e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0871  methylmalonyl-CoA epimerase  76.12 
 
 
135 aa  213  9e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1167  methylmalonyl-CoA epimerase  71.11 
 
 
135 aa  200  6e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217696  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  66.42 
 
 
137 aa  188  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1126  hypothetical protein  63.16 
 
 
135 aa  170  5e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1175  methylmalonyl-CoA epimerase  61.65 
 
 
134 aa  166  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0877  methylmalonyl-CoA epimerase  55.64 
 
 
134 aa  156  1e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.157449  normal  0.0450617 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  49.26 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  48.53 
 
 
134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  49.62 
 
 
135 aa  123  7e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  47.37 
 
 
137 aa  123  9e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  47.06 
 
 
141 aa  122  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  48.12 
 
 
137 aa  122  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  48.53 
 
 
134 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  47.06 
 
 
134 aa  122  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  46.62 
 
 
135 aa  120  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  47.37 
 
 
140 aa  120  5e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  48.89 
 
 
135 aa  120  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  44.36 
 
 
135 aa  119  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  45.59 
 
 
134 aa  118  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  45.19 
 
 
134 aa  116  9e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  45.59 
 
 
134 aa  115  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  46.62 
 
 
135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0200  methylmalonyl-CoA epimerase  45.86 
 
 
140 aa  114  3.9999999999999997e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000715247  normal  0.843381 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  45.86 
 
 
133 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0953  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  42.19 
 
 
131 aa  110  5e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0254493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  47.41 
 
 
134 aa  110  8.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  44.78 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  47.01 
 
 
132 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  44.78 
 
 
134 aa  107  6e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1038  methylmalonyl-CoA epimerase  43.61 
 
 
134 aa  107  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00716429  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  42.86 
 
 
129 aa  106  9.000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  45.19 
 
 
134 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  40.74 
 
 
134 aa  106  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  43.94 
 
 
134 aa  106  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  45.19 
 
 
134 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  42.14 
 
 
145 aa  105  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1277  methylmalonyl-CoA epimerase  42.22 
 
 
134 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.149828  normal  0.902197 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1733  lactoylglutathione lyase  42.96 
 
 
134 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1369  methylmalonyl-CoA epimerase  42.22 
 
 
134 aa  104  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.86 
 
 
134 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  44.36 
 
 
134 aa  105  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0637  methylmalonyl-CoA epimerase  44.36 
 
 
134 aa  104  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  40.91 
 
 
134 aa  104  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0368  methylmalonyl-CoA epimerase  44.44 
 
 
134 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.528801  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4617  methylmalonyl-CoA epimerase  41.48 
 
 
134 aa  104  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0621953 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
133 aa  103  7e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  44.36 
 
 
134 aa  103  8e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3164  methylmalonyl-CoA epimerase  42.96 
 
 
134 aa  102  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  42.11 
 
 
134 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4406  methylmalonyl-CoA epimerase  40.74 
 
 
134 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.865386  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.22 
 
 
134 aa  102  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2934  methylmalonyl-CoA epimerase  42.22 
 
 
134 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  40.3 
 
 
135 aa  102  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4142  methylmalonyl-CoA epimerase  40.74 
 
 
134 aa  101  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65243  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2630  putative glyoxalase  43.7 
 
 
134 aa  102  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0581567 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  39.37 
 
 
133 aa  100  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  38.58 
 
 
134 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1572  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
134 aa  99  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1623  methylmalonyl-CoA epimerase  36.3 
 
 
136 aa  98.2  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2043  methylmalonyl-CoA epimerase  38.52 
 
 
134 aa  98.6  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370344  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  35.34 
 
 
136 aa  97.8  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2178  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  42.22 
 
 
134 aa  97.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.794327  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3210  methylmalonyl-CoA epimerase  39.13 
 
 
134 aa  97.4  6e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0791094  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  38.58 
 
 
133 aa  97.1  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  40.3 
 
 
133 aa  97.1  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  35.34 
 
 
136 aa  96.3  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2198  methylmalonyl-CoA epimerase  39.26 
 
 
136 aa  96.7  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.09 
 
 
140 aa  96.7  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  38.41 
 
 
147 aa  95.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  36.09 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  38.03 
 
 
147 aa  92  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
135 aa  92.8  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2814  methylmalonyl-CoA epimerase  34.59 
 
 
138 aa  90.9  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744827  normal  0.836687 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  36.43 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6000  methylmalonyl-CoA epimerase  35.88 
 
 
143 aa  89.4  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0251153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1003  methylmalonyl-CoA epimerase  34.81 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.56 
 
 
134 aa  89  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1198  methylmalonyl-CoA epimerase  34.07 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1069  methylmalonyl-CoA epimerase  34.07 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.17549  normal  0.247158 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.56 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2420  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.04 
 
 
134 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.132451  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1790  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.59 
 
 
158 aa  87.8  4e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6135  methylmalonyl-CoA epimerase  37.59 
 
 
132 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00511607  normal  0.152762 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2892  methylmalonyl-CoA epimerase  34.62 
 
 
141 aa  87.8  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.20735 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  39.85 
 
 
131 aa  87  7e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2339  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.97 
 
 
168 aa  87  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.630848  normal  0.527959 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1869  methylmalonyl-CoA epimerase  34.59 
 
 
134 aa  87  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.441583  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1372  methylmalonyl-CoA epimerase  35.56 
 
 
139 aa  86.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0208267 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.53 
 
 
161 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  33.09 
 
 
192 aa  86.7  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  36.43 
 
 
140 aa  86.7  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4545  methylmalonyl-CoA epimerase  36.3 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0847692  normal  0.36006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6105  methylmalonyl-CoA epimerase  35.25 
 
 
146 aa  85.1  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  34.35 
 
 
137 aa  85.1  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2590  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.23 
 
 
134 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.223231  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.62 
 
 
159 aa  85.1  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  38.35 
 
 
131 aa  85.1  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.62 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2869  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.29 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15489  normal  0.392807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>