144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2869 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2869  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  100 
 
 
134 aa  269  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15489  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2590  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  96.27 
 
 
134 aa  260  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.223231  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4545  methylmalonyl-CoA epimerase  94.03 
 
 
134 aa  256  9e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0847692  normal  0.36006 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2420  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  89.55 
 
 
134 aa  246  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.132451  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2204  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  88.06 
 
 
134 aa  244  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269576  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3282  methylmalonyl-CoA epimerase  89.55 
 
 
134 aa  244  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.587333  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1871  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  87.31 
 
 
134 aa  241  3e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.295419  normal  0.1439 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4617  methylmalonyl-CoA epimerase  72.39 
 
 
134 aa  205  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0621953 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1572  methylmalonyl-CoA epimerase  67.16 
 
 
134 aa  190  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4142  methylmalonyl-CoA epimerase  67.91 
 
 
134 aa  189  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65243  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2198  methylmalonyl-CoA epimerase  67.91 
 
 
136 aa  187  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  68.42 
 
 
134 aa  187  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  68.42 
 
 
134 aa  186  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0368  methylmalonyl-CoA epimerase  69.17 
 
 
134 aa  186  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.528801  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4406  methylmalonyl-CoA epimerase  66.42 
 
 
134 aa  186  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.865386  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3164  methylmalonyl-CoA epimerase  66.17 
 
 
134 aa  183  6e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1277  methylmalonyl-CoA epimerase  64.18 
 
 
134 aa  183  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.149828  normal  0.902197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2043  methylmalonyl-CoA epimerase  65.41 
 
 
134 aa  183  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370344  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2630  putative glyoxalase  66.92 
 
 
134 aa  183  9e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0581567 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1733  lactoylglutathione lyase  63.16 
 
 
134 aa  182  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2934  methylmalonyl-CoA epimerase  66.42 
 
 
134 aa  182  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1369  methylmalonyl-CoA epimerase  63.43 
 
 
134 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2178  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  65.41 
 
 
134 aa  181  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.794327  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  62.41 
 
 
134 aa  179  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  63.16 
 
 
134 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0637  methylmalonyl-CoA epimerase  65.41 
 
 
134 aa  178  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  63.16 
 
 
134 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1003  methylmalonyl-CoA epimerase  63.16 
 
 
134 aa  177  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1038  methylmalonyl-CoA epimerase  65.41 
 
 
134 aa  176  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00716429  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  62.41 
 
 
134 aa  176  9e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1069  methylmalonyl-CoA epimerase  61.65 
 
 
134 aa  176  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.17549  normal  0.247158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1198  methylmalonyl-CoA epimerase  61.65 
 
 
134 aa  176  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3210  methylmalonyl-CoA epimerase  61.19 
 
 
134 aa  169  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0791094  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  63.43 
 
 
133 aa  169  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1372  methylmalonyl-CoA epimerase  55.97 
 
 
139 aa  150  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0208267 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6135  methylmalonyl-CoA epimerase  49.24 
 
 
132 aa  134  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00511607  normal  0.152762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2814  methylmalonyl-CoA epimerase  47.1 
 
 
138 aa  133  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744827  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2892  methylmalonyl-CoA epimerase  49.25 
 
 
141 aa  130  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.20735 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1220  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  45.39 
 
 
146 aa  108  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.019887  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  41.04 
 
 
134 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0810  methylmalonyl-CoA epimerase  41.43 
 
 
146 aa  100  7e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  38.35 
 
 
134 aa  96.7  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.06 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  38.17 
 
 
137 aa  94  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  39.85 
 
 
135 aa  93.6  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  38.81 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.57 
 
 
134 aa  92.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.72 
 
 
135 aa  91.7  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.59 
 
 
134 aa  90.9  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  37.4 
 
 
137 aa  90.5  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.06 
 
 
135 aa  89.4  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.53 
 
 
134 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  38.64 
 
 
134 aa  87.4  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  37.59 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  37.88 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  38.35 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  34.38 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  35.29 
 
 
135 aa  84.3  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0871  methylmalonyl-CoA epimerase  36.03 
 
 
135 aa  84  6e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  37.88 
 
 
129 aa  83.6  9e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  33.83 
 
 
136 aa  82.8  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0953  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.16 
 
 
131 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0254493 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  33.08 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.59 
 
 
134 aa  82.4  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  32.06 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  30 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  33.81 
 
 
192 aa  81.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  38.76 
 
 
133 aa  81.3  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  37.98 
 
 
134 aa  80.5  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  32.56 
 
 
133 aa  79.7  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  30.47 
 
 
133 aa  80.1  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  34.62 
 
 
134 aa  78.6  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  31.65 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1167  methylmalonyl-CoA epimerase  34.07 
 
 
135 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217696  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  33.59 
 
 
135 aa  77.8  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  37.21 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  32.09 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1175  methylmalonyl-CoA epimerase  34.81 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.85 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1623  methylmalonyl-CoA epimerase  33.33 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  32.09 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1282  methylmalonyl-CoA epimerase  38.06 
 
 
142 aa  73.6  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.922944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  28.78 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  30.5 
 
 
145 aa  73.2  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0877  methylmalonyl-CoA epimerase  32.59 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.157449  normal  0.0450617 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1989  methylmalonyl-CoA epimerase  34.65 
 
 
127 aa  72  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  32.82 
 
 
140 aa  72.4  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  32.35 
 
 
142 aa  72  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  30.47 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  31.85 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  34.56 
 
 
141 aa  71.2  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  33.86 
 
 
145 aa  70.9  0.000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28560  methylmalonyl-CoA epimerase  35.34 
 
 
153 aa  70.9  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.215327 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.69 
 
 
135 aa  70.9  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  35.16 
 
 
140 aa  70.1  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  28.68 
 
 
140 aa  70.1  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3104  methylmalonyl-CoA epimerase  34.62 
 
 
163 aa  69.7  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000698993  hitchhiker  0.0000492352 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0981  methylmalonyl-CoA epimerase  33.58 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0245792  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.58 
 
 
159 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  33.59 
 
 
131 aa  68.2  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>