272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3104 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3104  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
163 aa  323  6e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000698993  hitchhiker  0.0000492352 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1796  methylmalonyl-CoA epimerase  64.66 
 
 
170 aa  179  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  64.39 
 
 
145 aa  174  6e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6000  methylmalonyl-CoA epimerase  64.23 
 
 
143 aa  171  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0251153 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  62.41 
 
 
159 aa  169  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6105  methylmalonyl-CoA epimerase  63.97 
 
 
146 aa  169  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28560  methylmalonyl-CoA epimerase  63.43 
 
 
153 aa  167  5e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.215327 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  63.16 
 
 
157 aa  167  6e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2339  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  60.29 
 
 
168 aa  162  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.630848  normal  0.527959 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  59.56 
 
 
161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4113  methylmalonyl-CoA epimerase  58.39 
 
 
162 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0776501  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3865  methylmalonyl-CoA epimerase  57.35 
 
 
156 aa  158  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3939  methylmalonyl-CoA epimerase  57.35 
 
 
156 aa  158  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.368557  normal  0.0232297 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11354  hypothetical protein  56.72 
 
 
151 aa  157  6e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498935  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3851  methylmalonyl-CoA epimerase  55.88 
 
 
156 aa  156  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00602371 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1949  methylmalonyl-CoA epimerase  61.15 
 
 
157 aa  155  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.331779  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1264  methylmalonyl-CoA epimerase  58.57 
 
 
167 aa  145  2.0000000000000003e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0685112  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  50.37 
 
 
147 aa  135  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  51.8 
 
 
145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  46.92 
 
 
136 aa  127  8.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  46.38 
 
 
147 aa  126  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  49.24 
 
 
140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  49.62 
 
 
137 aa  122  1e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  50.35 
 
 
192 aa  121  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  45.45 
 
 
140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  41.98 
 
 
135 aa  112  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  45.31 
 
 
134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  42.31 
 
 
137 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  46.56 
 
 
134 aa  108  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  43.17 
 
 
134 aa  107  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  41.61 
 
 
134 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  39.1 
 
 
141 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  42.31 
 
 
137 aa  106  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  45.59 
 
 
141 aa  105  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.54 
 
 
134 aa  106  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2507  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  47.06 
 
 
141 aa  105  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106102  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  38.03 
 
 
142 aa  104  6e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  40.62 
 
 
133 aa  103  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  35.88 
 
 
133 aa  103  8e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  38.17 
 
 
140 aa  102  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1069  methylmalonyl-CoA epimerase  44.62 
 
 
134 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.17549  normal  0.247158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1198  methylmalonyl-CoA epimerase  44.62 
 
 
134 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.84 
 
 
135 aa  102  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1003  methylmalonyl-CoA epimerase  43.85 
 
 
134 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  0.205859 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  44.96 
 
 
133 aa  101  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3164  methylmalonyl-CoA epimerase  44.62 
 
 
134 aa  100  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  42.19 
 
 
134 aa  100  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.34 
 
 
135 aa  100  8e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  37.31 
 
 
140 aa  99.8  1e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4406  methylmalonyl-CoA epimerase  45.38 
 
 
134 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.865386  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0200  methylmalonyl-CoA epimerase  40.62 
 
 
140 aa  99.4  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000715247  normal  0.843381 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2892  methylmalonyl-CoA epimerase  39.23 
 
 
141 aa  98.6  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.20735 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4142  methylmalonyl-CoA epimerase  44.62 
 
 
134 aa  99  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.65243  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  37.4 
 
 
134 aa  98.2  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2630  putative glyoxalase  43.85 
 
 
134 aa  98.2  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0581567 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  38.28 
 
 
134 aa  97.8  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  40 
 
 
134 aa  97.4  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2043  methylmalonyl-CoA epimerase  43.85 
 
 
134 aa  97.4  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370344  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.06 
 
 
135 aa  97.4  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1369  methylmalonyl-CoA epimerase  43.08 
 
 
134 aa  97.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  42.75 
 
 
133 aa  97.4  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  40.62 
 
 
134 aa  97.4  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.84 
 
 
134 aa  97.1  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1277  methylmalonyl-CoA epimerase  43.08 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.149828  normal  0.902197 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  33.33 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.84 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1733  lactoylglutathione lyase  41.22 
 
 
134 aa  96.3  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.881956  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0555  methylmalonyl-CoA epimerase  41.41 
 
 
127 aa  96.3  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  41.98 
 
 
134 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  41.98 
 
 
135 aa  95.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0637  methylmalonyl-CoA epimerase  42.97 
 
 
134 aa  95.5  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.355591 
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  42.19 
 
 
134 aa  95.1  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2178  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  40.77 
 
 
134 aa  95.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.794327  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  43.85 
 
 
137 aa  94.7  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1572  methylmalonyl-CoA epimerase  43.08 
 
 
134 aa  94.7  5e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  42.19 
 
 
134 aa  94.4  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1989  methylmalonyl-CoA epimerase  39.84 
 
 
127 aa  94.4  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  42.19 
 
 
134 aa  94  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  42.31 
 
 
134 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  41.98 
 
 
133 aa  93.6  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  42.31 
 
 
134 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1995  glyoxalase family protein  37.69 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00316995  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2198  methylmalonyl-CoA epimerase  41.67 
 
 
136 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  38.46 
 
 
129 aa  92.8  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1916  glyoxalase family protein  36.92 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0368  methylmalonyl-CoA epimerase  41.54 
 
 
134 aa  92.8  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.528801  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1774  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.69 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000533955  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4617  methylmalonyl-CoA epimerase  40.77 
 
 
134 aa  92.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0621953 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1038  methylmalonyl-CoA epimerase  42.97 
 
 
134 aa  92.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00716429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3428  glyoxalase family protein  37.69 
 
 
139 aa  91.7  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0993579  hitchhiker  0.000000357721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  35.16 
 
 
132 aa  91.3  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  42.97 
 
 
131 aa  90.9  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1752  glyoxalase family protein  37.69 
 
 
139 aa  90.9  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000441097  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1946  glyoxalase family protein  37.69 
 
 
139 aa  90.9  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5587800000000002e-23 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1730  glyoxalase family protein  37.69 
 
 
139 aa  90.9  7e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00522629  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1220  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.24 
 
 
146 aa  90.9  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.019887  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0810  methylmalonyl-CoA epimerase  41.3 
 
 
146 aa  89.4  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  35.38 
 
 
135 aa  89.7  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1773  glyoxalase family protein  36.92 
 
 
139 aa  89  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00831345  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2017  glyoxalase family protein  36.92 
 
 
139 aa  89  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000114361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>