180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1949 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1949  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
157 aa  313  4e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.331779  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  66.23 
 
 
161 aa  200  7e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2339  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  62.5 
 
 
168 aa  191  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.630848  normal  0.527959 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6105  methylmalonyl-CoA epimerase  64.34 
 
 
146 aa  186  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4113  methylmalonyl-CoA epimerase  62.58 
 
 
162 aa  185  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0776501  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3851  methylmalonyl-CoA epimerase  59.21 
 
 
156 aa  184  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00602371 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3865  methylmalonyl-CoA epimerase  59.21 
 
 
156 aa  183  8e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3939  methylmalonyl-CoA epimerase  59.21 
 
 
156 aa  183  8e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.368557  normal  0.0232297 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1796  methylmalonyl-CoA epimerase  62.41 
 
 
170 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11354  hypothetical protein  60.74 
 
 
151 aa  180  6e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498935  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  62.5 
 
 
159 aa  180  8.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  62.96 
 
 
157 aa  177  4e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28560  methylmalonyl-CoA epimerase  64.71 
 
 
153 aa  176  8e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.215327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6000  methylmalonyl-CoA epimerase  64.18 
 
 
143 aa  173  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0251153 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1264  methylmalonyl-CoA epimerase  57.58 
 
 
167 aa  171  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0685112  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  60.71 
 
 
145 aa  162  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3104  methylmalonyl-CoA epimerase  61.15 
 
 
163 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000698993  hitchhiker  0.0000492352 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  46.9 
 
 
145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  43.26 
 
 
147 aa  121  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  45 
 
 
147 aa  121  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  50.71 
 
 
192 aa  117  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  45.65 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  44.12 
 
 
136 aa  105  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  38.97 
 
 
140 aa  97.8  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2507  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  44.6 
 
 
141 aa  97.8  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106102  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  40.71 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.35 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  36.84 
 
 
142 aa  95.1  3e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  35.77 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.88 
 
 
133 aa  93.6  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  42.65 
 
 
137 aa  93.6  1e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  34.09 
 
 
140 aa  90.9  6e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  37.59 
 
 
137 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.21 
 
 
135 aa  89.4  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  36.84 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1790  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  41.89 
 
 
158 aa  88.6  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  37.14 
 
 
134 aa  89  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  37.88 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  38.64 
 
 
140 aa  87.8  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.46 
 
 
134 aa  87.4  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  39.1 
 
 
136 aa  87.4  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  37.59 
 
 
134 aa  87  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  41.09 
 
 
135 aa  87  8e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  36.84 
 
 
137 aa  87  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1126  hypothetical protein  40.15 
 
 
135 aa  87  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.84 
 
 
134 aa  86.3  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.84 
 
 
134 aa  85.5  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  34.59 
 
 
135 aa  85.1  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  33.83 
 
 
135 aa  84  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  34.31 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.09 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  37.21 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  39.69 
 
 
131 aa  83.2  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  35.66 
 
 
133 aa  83.2  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.11 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0981  methylmalonyl-CoA epimerase  36.3 
 
 
139 aa  81.3  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0245792  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  32.33 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.78 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  38.17 
 
 
131 aa  80.9  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  31.78 
 
 
134 aa  80.1  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  34.88 
 
 
132 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0200  methylmalonyl-CoA epimerase  35.34 
 
 
140 aa  79.3  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000715247  normal  0.843381 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  36.09 
 
 
134 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0953  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  30.77 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0254493 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.29 
 
 
140 aa  77.8  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  36.57 
 
 
129 aa  77  0.00000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  34.11 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  36.09 
 
 
137 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  38.93 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1773  glyoxalase family protein  33.08 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00831345  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1910  glyoxalase family protein  33.08 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000915588  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  34.56 
 
 
135 aa  75.9  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  38.64 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1916  glyoxalase family protein  33.08 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  38.17 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0877  methylmalonyl-CoA epimerase  34.07 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.157449  normal  0.0450617 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  38.93 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1774  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.08 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000533955  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1175  methylmalonyl-CoA epimerase  34.81 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1167  methylmalonyl-CoA epimerase  34.07 
 
 
135 aa  73.9  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217696  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2198  methylmalonyl-CoA epimerase  39.55 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0871  methylmalonyl-CoA epimerase  34.56 
 
 
135 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.22 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  30.83 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1995  glyoxalase family protein  32.31 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00316995  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  37.21 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0812  methylmalonyl-CoA epimerase  36.84 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2469  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.84 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0555  methylmalonyl-CoA epimerase  29.77 
 
 
127 aa  71.6  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  35.61 
 
 
133 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1220  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.56 
 
 
146 aa  71.2  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.019887  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3428  glyoxalase family protein  32.31 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0993579  hitchhiker  0.000000357721 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  37.59 
 
 
133 aa  70.9  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1752  glyoxalase family protein  32.31 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000441097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1730  glyoxalase family protein  32.31 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00522629  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1623  methylmalonyl-CoA epimerase  30 
 
 
136 aa  70.9  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1946  glyoxalase family protein  32.31 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5587800000000002e-23 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  34.85 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2017  glyoxalase family protein  31.54 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000114361  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2630  putative glyoxalase  36.09 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0581567 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>