215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1264 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1264  methylmalonyl-CoA epimerase  100 
 
 
167 aa  338  2.9999999999999998e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0685112  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2339  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  60 
 
 
168 aa  194  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.630848  normal  0.527959 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3865  methylmalonyl-CoA epimerase  60.93 
 
 
156 aa  193  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.241683  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3939  methylmalonyl-CoA epimerase  60.93 
 
 
156 aa  193  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.368557  normal  0.0232297 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3851  methylmalonyl-CoA epimerase  59.6 
 
 
156 aa  191  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00602371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  59.15 
 
 
161 aa  189  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.725625 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4113  methylmalonyl-CoA epimerase  61.33 
 
 
162 aa  187  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0776501  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11354  hypothetical protein  57.32 
 
 
151 aa  184  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498935  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3611  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  63.83 
 
 
157 aa  184  5e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09410  methylmalonyl-CoA epimerase  58.44 
 
 
145 aa  181  4.0000000000000006e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.990135  normal  0.273906 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1949  methylmalonyl-CoA epimerase  57.58 
 
 
157 aa  180  8.000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.331779  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1796  methylmalonyl-CoA epimerase  57.52 
 
 
170 aa  179  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3993  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  60.99 
 
 
159 aa  179  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00061687 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6105  methylmalonyl-CoA epimerase  56.67 
 
 
146 aa  177  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6000  methylmalonyl-CoA epimerase  60.14 
 
 
143 aa  176  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0251153 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28560  methylmalonyl-CoA epimerase  57.43 
 
 
153 aa  169  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.215327 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3104  methylmalonyl-CoA epimerase  59.29 
 
 
163 aa  150  8.999999999999999e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000698993  hitchhiker  0.0000492352 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2395  methylmalonyl-CoA epimerase  48.55 
 
 
147 aa  147  9e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.754558  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3891  methylmalonyl-CoA epimerase  46.81 
 
 
145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.394666  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1258  methylmalonyl-CoA epimerase  45.71 
 
 
147 aa  130  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2781  methylmalonyl-CoA epimerase  48.25 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0356  methylmalonyl-CoA epimerase  46.62 
 
 
192 aa  120  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0916  methylmalonyl-CoA epimerase  43.26 
 
 
140 aa  120  8e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.311023 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5865  methylmalonyl-CoA epimerase  42.66 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2507  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  46.85 
 
 
141 aa  117  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106102  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1696  methylmalonyl-CoA epimerase  42.03 
 
 
140 aa  115  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.019096  normal  0.134039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0558  methylmalonyl-CoA epimerase  42.03 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1852  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  36.88 
 
 
133 aa  108  5e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0571  methylmalonyl-CoA epimerase  39.86 
 
 
137 aa  104  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.82853e-18 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0306  methylmalonyl-CoA epimerase  36.88 
 
 
141 aa  103  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0080  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.46 
 
 
135 aa  103  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3303  methylmalonyl-CoA epimerase  39.13 
 
 
134 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.000981467  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0655  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.85 
 
 
134 aa  102  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195436  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3306  methylmalonyl-CoA epimerase  35.21 
 
 
135 aa  101  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.369567  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  37.68 
 
 
134 aa  101  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1488  methylmalonyl-CoA epimerase  37.68 
 
 
134 aa  100  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.383789  normal  0.131397 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0455  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.81 
 
 
134 aa  97.8  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3258  methylmalonyl-CoA epimerase  34.78 
 
 
134 aa  97.8  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000316472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0522  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.57 
 
 
134 aa  96.7  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014865  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2285  methylmalonyl-CoA epimerase  33.1 
 
 
140 aa  95.9  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000102737  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0680  methylmalonyl-CoA epimerase  38.57 
 
 
131 aa  94.4  7e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.227621  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0290  methylmalonyl-CoA epimerase  32.61 
 
 
133 aa  94  8e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0104  methylmalonyl-CoA epimerase  38.13 
 
 
137 aa  94  9e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0152  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.06 
 
 
134 aa  92.8  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0230  methylmalonyl-CoA epimerase  31.69 
 
 
142 aa  91.3  5e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1790  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.31 
 
 
158 aa  91.3  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0480  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.78 
 
 
134 aa  91.7  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0639  methylmalonyl-CoA epimerase  37.06 
 
 
140 aa  90.5  9e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.237468  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1341  methylmalonyl-CoA epimerase  36.23 
 
 
136 aa  90.1  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.886384  normal  0.16528 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3253  methylmalonyl-CoA epimerase  36.43 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000018375  hitchhiker  3.27573e-17 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03285  Lactoylglutathione lyase and related lyase  31.88 
 
 
135 aa  89.4  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.275732  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0349  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.77 
 
 
134 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0717499  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4223  methylmalonyl-CoA epimerase  35.97 
 
 
133 aa  88.6  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0552  methylmalonyl-CoA epimerase  31.88 
 
 
134 aa  88.6  4e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4074  methylmalonyl-CoA epimerase  35.97 
 
 
133 aa  87.8  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0584893  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4198  methylmalonyl-CoA epimerase  35.25 
 
 
134 aa  87  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.152541  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1613  glyoxalase family protein  32.61 
 
 
134 aa  87  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0659  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.71 
 
 
134 aa  87  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00502246  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2006  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.97 
 
 
140 aa  86.3  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1564  methylmalonyl-CoA epimerase  30.99 
 
 
134 aa  85.1  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.395959 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1170  methylmalonyl-CoA epimerase  33.57 
 
 
135 aa  84.7  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.107967  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1289  lactoylglutathione lyase  35.51 
 
 
137 aa  84.7  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1361  methylmalonyl-CoA epimerase  35.51 
 
 
129 aa  84.7  5e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  2.7651e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1316  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.71 
 
 
135 aa  84.3  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0200  methylmalonyl-CoA epimerase  31.88 
 
 
140 aa  84.3  7e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000715247  normal  0.843381 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1774  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.09 
 
 
139 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000533955  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0555  methylmalonyl-CoA epimerase  34.78 
 
 
127 aa  83.2  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1995  glyoxalase family protein  33.09 
 
 
139 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00316995  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2348  methylmalonyl-CoA epimerase  35.51 
 
 
131 aa  82.8  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0228  methylmalonyl-CoA epimerase  28.99 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0586  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  30.43 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0981  methylmalonyl-CoA epimerase  31.94 
 
 
139 aa  82  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0245792  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1989  methylmalonyl-CoA epimerase  34.06 
 
 
127 aa  80.5  0.000000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0810  methylmalonyl-CoA epimerase  35.62 
 
 
146 aa  80.5  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1752  glyoxalase family protein  32.37 
 
 
139 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000441097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1730  glyoxalase family protein  32.37 
 
 
139 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00522629  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1946  glyoxalase family protein  32.37 
 
 
139 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5587800000000002e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1773  glyoxalase family protein  31.65 
 
 
139 aa  79  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00831345  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2017  glyoxalase family protein  31.65 
 
 
139 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000114361  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1910  glyoxalase family protein  31.65 
 
 
139 aa  79  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000915588  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3428  glyoxalase family protein  32.37 
 
 
139 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0993579  hitchhiker  0.000000357721 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0871  methylmalonyl-CoA epimerase  31.91 
 
 
135 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1916  glyoxalase family protein  31.62 
 
 
139 aa  78.6  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2364  methylmalonyl-CoA epimerase  33.33 
 
 
135 aa  78.2  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1623  methylmalonyl-CoA epimerase  32.37 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5823  methylmalonyl-CoA epimerase  27.34 
 
 
135 aa  77  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.609352 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1220  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.33 
 
 
146 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.019887  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3197  methylmalonyl-CoA epimerase  30.22 
 
 
134 aa  75.5  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1167  methylmalonyl-CoA epimerase  30.28 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.217696  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2892  methylmalonyl-CoA epimerase  31.29 
 
 
141 aa  74.3  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.20735 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1126  hypothetical protein  31.88 
 
 
135 aa  74.3  0.0000000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0953  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  29.71 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0254493 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1869  methylmalonyl-CoA epimerase  35.51 
 
 
134 aa  73.6  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.441583  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6135  methylmalonyl-CoA epimerase  35.51 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00511607  normal  0.152762 
 
 
-
 
NC_004310  BR0818  glyoxalase family protein  32.86 
 
 
134 aa  70.5  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688033  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2407  methylmalonyl-CoA epimerase  32.86 
 
 
134 aa  70.5  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.914364  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0384  methylmalonyl-CoA epimerase  32.85 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0906  methylmalonyl-CoA epimerase  31.88 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.61726  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0813  methylmalonyl-CoA epimerase  32.86 
 
 
134 aa  69.3  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1013  methylmalonyl-CoA epimerase  31.88 
 
 
128 aa  68.6  0.00000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.752457  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>