181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1217 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  100 
 
 		 540 aa  1085    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  66.53 
 
 		 498 aa  701    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  98.15 
 
 		 540 aa  1069    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  66.73 
 
 		 498 aa  701    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  53.66 
 
 		 514 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  53.86 
 
 		 500 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  53.01 
 
 		 500 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  53.01 
 
 		 500 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  53.01 
 
 		 500 aa  514  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  53.01 
 
 		 514 aa  514  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  54.02 
 
 		 489 aa  512  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  53.01 
 
 		 514 aa  514  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  53.37 
 
 		 500 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  53.37 
 
 		 500 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  53.37 
 
 		 500 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  53.37 
 
 		 500 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  53.28 
 
 		 493 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  46.6 
 
 		 507 aa  439  9.999999999999999e-123  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  40.6 
 
 		 497 aa  392  1e-108  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  38.07 
 
 		 502 aa  385  1e-105  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  41.06 
 
 		 501 aa  385  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  27.52 
 
 		 489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  28.01 
 
 		 489 aa  163  9e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  26.29 
 
 		 495 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  25.57 
 
 		 496 aa  140  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  26.1 
 
 		 495 aa  140  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  25.68 
 
 		 496 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  25.28 
 
 		 496 aa  134  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  25.05 
 
 		 477 aa  123  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  22.46 
 
 		 473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  22.46 
 
 		 473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  22.46 
 
 		 473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  22.46 
 
 		 473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  22.46 
 
 		 473 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.843228 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  24.24 
 
 		 477 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  24.24 
 
 		 477 aa  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  24.24 
 
 		 477 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  24.24 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  24.24 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  24.24 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  24.24 
 
 		 477 aa  120  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  22.86 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  22.86 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  22.86 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  22.86 
 
 		 476 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  22.86 
 
 		 476 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  25 
 
 		 476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  22.86 
 
 		 540 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  22.86 
 
 		 540 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  22.65 
 
 		 476 aa  114  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  22.48 
 
 		 516 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  22.71 
 
 		 480 aa  94.4  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  24.64 
 
 		 492 aa  87.8  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  22.58 
 
 		 472 aa  80.5  0.00000000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  26.89 
 
 		 474 aa  79.3  0.0000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  20.95 
 
 		 464 aa  78.6  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4690  amino acid permease family protein  40 
 
 		 104 aa  75.1  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.674881  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  20.1 
 
 		 495 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  25 
 
 		 475 aa  71.6  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  24.36 
 
 		 476 aa  70.5  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  24.36 
 
 		 470 aa  70.1  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  20.75 
 
 		 473 aa  69.7  0.0000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  24.71 
 
 		 475 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  21.15 
 
 		 480 aa  67.8  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  20.24 
 
 		 464 aa  67.4  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  20.44 
 
 		 464 aa  67  0.0000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  23.86 
 
 		 485 aa  66.2  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  26.33 
 
 		 499 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  22.71 
 
 		 473 aa  65.5  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  23.56 
 
 		 485 aa  65.1  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2342  amino acid permease-associated region  21.54 
 
 		 508 aa  65.1  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0123104  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  21.65 
 
 		 506 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  20.79 
 
 		 467 aa  64.3  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  22.37 
 
 		 472 aa  64.3  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  20.79 
 
 		 467 aa  64.3  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  22.37 
 
 		 472 aa  63.9  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  23.21 
 
 		 473 aa  63.5  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  21.61 
 
 		 506 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1121  amino acid permease-associated region  22.57 
 
 		 490 aa  63.2  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0304101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  24.01 
 
 		 494 aa  63.2  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.81 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.5  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  19.52 
 
 		 511 aa  60.1  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4375  amino acid permease-associated region  23.66 
 
 		 495 aa  57.8  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0388  putative amino acid permease  22.11 
 
 		 467 aa  57.4  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  21.5 
 
 		 473 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  21.5 
 
 		 473 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  21.5 
 
 		 473 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  21.5 
 
 		 473 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  21.73 
 
 		 473 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  26.03 
 
 		 481 aa  54.7  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  23.03 
 
 		 500 aa  55.1  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0148  amino acid permease-associated region  26.18 
 
 		 720 aa  54.7  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>