More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0047 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  100 
 
 
499 aa  996    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2342  amino acid permease-associated region  55.08 
 
 
508 aa  536  1e-151  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0123104  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  52.35 
 
 
494 aa  510  1e-143  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4375  amino acid permease-associated region  53.73 
 
 
495 aa  473  1e-132  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  37.37 
 
 
506 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  36.78 
 
 
506 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  35.08 
 
 
495 aa  300  4e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  35.97 
 
 
464 aa  297  2e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  34.75 
 
 
467 aa  297  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  35.76 
 
 
464 aa  296  4e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  35.27 
 
 
473 aa  296  5e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6600  amino acid permease-associated region  37.1 
 
 
490 aa  296  5e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  34.75 
 
 
467 aa  296  8e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0488  amino acid antiporter  35.53 
 
 
466 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.557891  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  35.45 
 
 
480 aa  274  3e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2318  amino acid permease-associated region  36.42 
 
 
469 aa  272  9e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  33.84 
 
 
474 aa  270  7e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  33.26 
 
 
474 aa  266  5e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  33.26 
 
 
474 aa  266  7e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  33.83 
 
 
470 aa  260  3e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  33.83 
 
 
476 aa  260  4e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  33.12 
 
 
473 aa  244  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  33.33 
 
 
473 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  30.24 
 
 
473 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  30.24 
 
 
473 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  30.24 
 
 
473 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  32.43 
 
 
472 aa  218  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  30.24 
 
 
473 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  30.24 
 
 
473 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  32.43 
 
 
472 aa  218  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1412  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  31.4 
 
 
503 aa  214  2.9999999999999995e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0796975  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  29.06 
 
 
511 aa  206  8e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  30.02 
 
 
511 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  30.02 
 
 
511 aa  206  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  31.01 
 
 
485 aa  205  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  30.8 
 
 
485 aa  204  4e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  28.7 
 
 
475 aa  189  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  28.74 
 
 
475 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  28.06 
 
 
511 aa  179  1e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  26.82 
 
 
494 aa  172  2e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0148  amino acid permease-associated region  31.14 
 
 
720 aa  167  4e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1629  hypothetical protein  26.01 
 
 
445 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1623  hypothetical protein  25.59 
 
 
445 aa  160  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  26.75 
 
 
464 aa  147  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  29.48 
 
 
481 aa  127  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3446  amino acid permease-associated region  26.16 
 
 
455 aa  124  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  23.69 
 
 
472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  26.1 
 
 
497 aa  114  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1536  amino acid transporter  26.73 
 
 
476 aa  111  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0652543  normal  0.377188 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0677  amino acid permease-associated region  25.94 
 
 
500 aa  111  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.148387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  26.61 
 
 
500 aa  107  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  24.78 
 
 
495 aa  107  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  24.78 
 
 
495 aa  107  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63480  putative amino acid permease  26.88 
 
 
465 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.059439  normal  0.982931 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  22.31 
 
 
489 aa  84  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  22.34 
 
 
489 aa  80.5  0.00000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0388  putative amino acid permease  24.29 
 
 
467 aa  75.1  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3114  amino acid transporter  26.81 
 
 
446 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.988661  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  20.83 
 
 
492 aa  73.2  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  22.8 
 
 
473 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  22.8 
 
 
473 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  22.8 
 
 
473 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  22.8 
 
 
473 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  22.8 
 
 
473 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3036  amino acid transporter  24.66 
 
 
464 aa  70.1  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0805799  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  23.21 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.52526 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  23.21 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  23.21 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  23.21 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  23.21 
 
 
476 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  23.1 
 
 
540 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  23.1 
 
 
540 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0808  putrescine transporter  25.49 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210181  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0747  putrescine transporter  25.49 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110662  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0821  putrescine transporter  25.49 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.438039  normal  0.147845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0857  putrescine transporter  25.49 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0760  putrescine transporter  25.49 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.428261  normal  0.419082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2927  ethanolamine permease  28.07 
 
 
470 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0020  ethanolamine transproter  27.15 
 
 
467 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0128  ethanolamine transproter  28.07 
 
 
470 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0142  ethanolamine transproter  28.07 
 
 
470 aa  67  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  23.21 
 
 
476 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3308  putative amino acid transporter  28.07 
 
 
470 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  21.55 
 
 
480 aa  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4445  ethanolamine transporter, EAT family, APC superfamily  27.15 
 
 
467 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.697181  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2416  ethanolamine permease, putative  28.09 
 
 
455 aa  65.5  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.452743  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1294  ethanolamine transproter  27.47 
 
 
467 aa  65.1  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3770  amino acid permease-associated region  25.62 
 
 
444 aa  65.1  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1204  putrescine transporter  24.26 
 
 
437 aa  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.658764  decreased coverage  0.0000377329 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1930  amino acid permease-associated region  25.44 
 
 
489 aa  63.5  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0006  ethanolamine transproter  25.07 
 
 
467 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56424  hitchhiker  0.00761028 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  24.44 
 
 
474 aa  63.2  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0118  ethanolamine transproter  27.52 
 
 
470 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  20.92 
 
 
516 aa  63.2  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>