More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2155 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  100 
 
 
511 aa  1021    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  100 
 
 
511 aa  1021    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  100 
 
 
511 aa  1021    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  100 
 
 
511 aa  1021    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  99.61 
 
 
511 aa  1019    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  100 
 
 
511 aa  1021    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  99.8 
 
 
511 aa  1019    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  99.8 
 
 
511 aa  1019    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  100 
 
 
511 aa  1021    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  57.02 
 
 
472 aa  566  1e-160  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  57.05 
 
 
472 aa  568  1e-160  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  56.96 
 
 
485 aa  535  1e-151  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  56.03 
 
 
485 aa  534  1e-150  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1412  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  52.59 
 
 
503 aa  506  9.999999999999999e-143  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0796975  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0148  amino acid permease-associated region  50.96 
 
 
720 aa  447  1.0000000000000001e-124  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  40.86 
 
 
511 aa  371  1e-101  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  33.33 
 
 
494 aa  297  3e-79  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  34.32 
 
 
473 aa  286  4e-76  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  31.85 
 
 
494 aa  246  9e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  30.54 
 
 
480 aa  236  6e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  30.67 
 
 
467 aa  236  6e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  30.67 
 
 
467 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  29.79 
 
 
495 aa  224  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  33.91 
 
 
474 aa  221  3e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  33.91 
 
 
474 aa  221  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  30.67 
 
 
464 aa  220  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  30.24 
 
 
464 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0488  amino acid antiporter  30.26 
 
 
466 aa  218  2e-55  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.557891  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  30.02 
 
 
499 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2342  amino acid permease-associated region  32.49 
 
 
508 aa  209  1e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0123104  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  31.55 
 
 
474 aa  205  2e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  28.09 
 
 
506 aa  204  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  27.97 
 
 
506 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  28.9 
 
 
470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  28.9 
 
 
476 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2318  amino acid permease-associated region  29.54 
 
 
469 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6600  amino acid permease-associated region  28.93 
 
 
490 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  28.69 
 
 
473 aa  186  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  28.24 
 
 
475 aa  179  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  28.9 
 
 
473 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4375  amino acid permease-associated region  29.71 
 
 
495 aa  177  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  28.24 
 
 
475 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0217  amino acid antiporter  31.13 
 
 
782 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  24.62 
 
 
473 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  24.62 
 
 
473 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  24.62 
 
 
473 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  24.62 
 
 
473 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  24.4 
 
 
473 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  26.29 
 
 
472 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1629  hypothetical protein  25.62 
 
 
445 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1623  hypothetical protein  25.37 
 
 
445 aa  103  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  25.06 
 
 
497 aa  102  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  24.55 
 
 
489 aa  100  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  21.73 
 
 
495 aa  100  8e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  25.29 
 
 
464 aa  100  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  21.8 
 
 
495 aa  97.1  7e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  23.97 
 
 
489 aa  95.9  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  23.04 
 
 
500 aa  92  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 
481 aa  90.1  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3446  amino acid permease-associated region  24.74 
 
 
455 aa  89.7  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  24.31 
 
 
500 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  24.31 
 
 
514 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  24.54 
 
 
500 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0677  amino acid permease-associated region  22.91 
 
 
500 aa  85.1  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.148387 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  24.54 
 
 
514 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  24.31 
 
 
514 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  24.31 
 
 
500 aa  84.7  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  24.31 
 
 
489 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  24.43 
 
 
500 aa  84.3  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  25.8 
 
 
500 aa  82.8  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  25.57 
 
 
500 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  25.57 
 
 
500 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  25.57 
 
 
500 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  25.46 
 
 
493 aa  78.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  23.41 
 
 
477 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1980  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 
504 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5194  putrescine transporter  23.97 
 
 
452 aa  76.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.330864 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1999  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 
504 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0525134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2045  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 
504 aa  76.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.708803  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2217  amino acid permease-associated region  25.51 
 
 
503 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.291041 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  22.98 
 
 
496 aa  72.8  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.07 
 
 
486 aa  71.2  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1536  amino acid transporter  23.25 
 
 
476 aa  70.5  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0652543  normal  0.377188 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  24.13 
 
 
476 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  24.13 
 
 
476 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  21.72 
 
 
501 aa  69.3  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  24.13 
 
 
476 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  24.13 
 
 
540 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  24.13 
 
 
540 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  24.13 
 
 
476 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  22.2 
 
 
473 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  24.6 
 
 
476 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  22.2 
 
 
473 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  22.2 
 
 
473 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  22.2 
 
 
473 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  24.6 
 
 
476 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  22.2 
 
 
473 aa  68.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  25.2 
 
 
496 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0345  amino acid permease-associated region  26.53 
 
 
468 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  25.2 
 
 
496 aa  67.4  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>