125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2220 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  99.58 
 
 
476 aa  961    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  99.58 
 
 
476 aa  961    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  99.58 
 
 
476 aa  961    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  99.37 
 
 
476 aa  958    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  99.58 
 
 
540 aa  960    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  99.58 
 
 
540 aa  960    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  99.58 
 
 
476 aa  961    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  100 
 
 
476 aa  964    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  93.39 
 
 
473 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  93.39 
 
 
473 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  93.39 
 
 
473 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  93.39 
 
 
473 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  93.18 
 
 
473 aa  899    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  60.46 
 
 
496 aa  601  1.0000000000000001e-171  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  60.67 
 
 
496 aa  600  1e-170  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  44.42 
 
 
516 aa  395  1e-109  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  37.71 
 
 
480 aa  343  4e-93  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  37.63 
 
 
492 aa  336  5e-91  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  26.17 
 
 
489 aa  190  5e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  26.11 
 
 
489 aa  185  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  26 
 
 
495 aa  182  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  27 
 
 
495 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  27.17 
 
 
507 aa  127  4.0000000000000003e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  25.12 
 
 
498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  23.06 
 
 
477 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  23.06 
 
 
477 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  23.06 
 
 
477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 
501 aa  114  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  23.06 
 
 
477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  23.06 
 
 
477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  23.06 
 
 
477 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  24.88 
 
 
498 aa  114  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  23.06 
 
 
477 aa  113  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  24.14 
 
 
496 aa  113  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  22.89 
 
 
500 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  22.68 
 
 
514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  22.68 
 
 
500 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  22.68 
 
 
489 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  23.39 
 
 
477 aa  110  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  22.46 
 
 
514 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  22.46 
 
 
500 aa  110  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  22.15 
 
 
500 aa  108  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  22.46 
 
 
514 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  22.89 
 
 
502 aa  107  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  22.86 
 
 
540 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  22.1 
 
 
540 aa  104  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  22.33 
 
 
500 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  22.33 
 
 
500 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  22.33 
 
 
500 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  22.33 
 
 
500 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  22.57 
 
 
493 aa  101  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  22.35 
 
 
497 aa  99.4  1e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  25.57 
 
 
473 aa  92.8  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  25.53 
 
 
473 aa  93.2  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  23.23 
 
 
497 aa  85.9  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  24.76 
 
 
464 aa  81.3  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  24.76 
 
 
464 aa  80.9  0.00000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  23.94 
 
 
467 aa  80.1  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  23.11 
 
 
467 aa  77.4  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  22.25 
 
 
476 aa  75.5  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  22.25 
 
 
470 aa  75.1  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  23.19 
 
 
480 aa  74.7  0.000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  25.06 
 
 
485 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  25.18 
 
 
485 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  21.39 
 
 
476 aa  72  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  22.46 
 
 
472 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  22.46 
 
 
472 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  21.85 
 
 
481 aa  70.5  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  23.68 
 
 
475 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  22.35 
 
 
495 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  23.21 
 
 
499 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0677  amino acid permease-associated region  22.05 
 
 
500 aa  68.6  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.148387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  22.55 
 
 
500 aa  69.3  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  24.6 
 
 
511 aa  68.9  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3446  amino acid permease-associated region  23.26 
 
 
455 aa  69.3  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  21.6 
 
 
494 aa  68.2  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  24.28 
 
 
474 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  20 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  21.4 
 
 
494 aa  64.7  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  23.46 
 
 
475 aa  64.7  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  23.66 
 
 
474 aa  64.3  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  23.66 
 
 
474 aa  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6600  amino acid permease-associated region  23.23 
 
 
490 aa  63.2  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0488  amino acid antiporter  23.56 
 
 
466 aa  63.2  0.00000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.557891  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  20.22 
 
 
511 aa  61.6  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  24.05 
 
 
473 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  24.05 
 
 
473 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  24.05 
 
 
473 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  24.05 
 
 
473 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2318  amino acid permease-associated region  22.97 
 
 
469 aa  59.3  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  23.66 
 
 
473 aa  58.2  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  21.08 
 
 
473 aa  57.4  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>