More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0388 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0388  putative amino acid permease  100 
 
 
467 aa  931    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  44.49 
 
 
464 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  41.24 
 
 
481 aa  328  1.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63480  putative amino acid permease  36.67 
 
 
465 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.059439  normal  0.982931 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  33.89 
 
 
472 aa  263  4e-69  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3446  amino acid permease-associated region  32.77 
 
 
455 aa  240  5e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  31.97 
 
 
500 aa  223  4.9999999999999996e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0677  amino acid permease-associated region  29.74 
 
 
500 aa  199  6e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.148387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  29.36 
 
 
497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  26.79 
 
 
464 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  27.04 
 
 
464 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  27.62 
 
 
474 aa  144  4e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  24.38 
 
 
467 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  24.68 
 
 
467 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  25.32 
 
 
474 aa  126  7e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  25.32 
 
 
474 aa  126  8.000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  24.94 
 
 
473 aa  126  8.000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  27.79 
 
 
473 aa  126  9e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  28.44 
 
 
473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1536  amino acid transporter  28.26 
 
 
476 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0652543  normal  0.377188 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  23.27 
 
 
475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  23.59 
 
 
475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  24.33 
 
 
476 aa  111  3e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  24.33 
 
 
470 aa  111  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  21.99 
 
 
473 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  21.99 
 
 
473 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  21.99 
 
 
473 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  21.99 
 
 
473 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  21.78 
 
 
473 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  22.36 
 
 
494 aa  102  1e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4126  amino acid permease-associated region  25.51 
 
 
502 aa  101  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.635081  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2217  amino acid permease-associated region  25.18 
 
 
503 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.291041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2318  amino acid permease-associated region  22.43 
 
 
469 aa  97.1  6e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1980  amino acid permease-associated region  26.1 
 
 
504 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.9875 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1999  amino acid permease-associated region  26.1 
 
 
504 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0525134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2045  amino acid permease-associated region  26.1 
 
 
504 aa  96.7  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.708803  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  24.69 
 
 
495 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0488  amino acid antiporter  21.43 
 
 
466 aa  95.5  2e-18  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.557891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4640  arginine:agmatin antiporter  24.8 
 
 
445 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  24.42 
 
 
480 aa  91.7  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4556  arginine:agmatin antiporter  24.8 
 
 
445 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4689  arginine:agmatin antiporter  24.8 
 
 
445 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4640  arginine:agmatin antiporter  24.8 
 
 
445 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4549  arginine:agmatin antiporter  25.07 
 
 
445 aa  91.3  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226613  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  25.25 
 
 
489 aa  90.9  4e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  24.29 
 
 
499 aa  90.1  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3912  arginine:agmatin antiporter  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.27107  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03986  arginine:agmatin  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3877  amino acid permease-associated region  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4355  arginine:agmatin antiporter  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.705479  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4580  arginine:agmatin antiporter  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.721219  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5628  arginine:agmatin antiporter  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4669  arginine:agmatin antiporter  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03947  hypothetical protein  26.61 
 
 
445 aa  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4612  arginine:agmatin antiporter  26.61 
 
 
445 aa  89.7  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  25.42 
 
 
489 aa  89.7  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.02 
 
 
494 aa  87.4  4e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2861  arginine:agmatin antiporter  23.82 
 
 
444 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0608832  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1326  arginine:agmatin antiporter  23.82 
 
 
444 aa  85.5  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.501085  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2782  arginine:agmatin antiporter  23.82 
 
 
444 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0079  putative amino acid permease  23.32 
 
 
440 aa  80.1  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  22.09 
 
 
411 aa  80.1  0.00000000000009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0536  amino acid permease-associated region  25.33 
 
 
435 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.555012  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2342  amino acid permease-associated region  22.66 
 
 
508 aa  77  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0123104  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3314  amino acid permease-associated region  25.97 
 
 
442 aa  75.9  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00103412  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5198  amino acid permease-associated region  24.1 
 
 
441 aa  75.5  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.043341  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  23.2 
 
 
506 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  23.69 
 
 
506 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.9  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  25.34 
 
 
480 aa  73.9  0.000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  22.16 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3379  amino acid permease-associated region  27.63 
 
 
505 aa  72.4  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1307  amino acid permease-associated region  24.33 
 
 
445 aa  72  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.678061 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1640  amino acid permease-associated region  23.33 
 
 
503 aa  71.6  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.469925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  23.66 
 
 
460 aa  70.5  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3167  amino acid permease-associated region  25.4 
 
 
436 aa  70.1  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0660  amino acid transporter  25.26 
 
 
479 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0232507  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0694  amino acid permease-associated region  25.26 
 
 
479 aa  70.1  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0144358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2616  amino acid permease-associated region  23.84 
 
 
464 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923502  normal  0.46243 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  23.53 
 
 
498 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  23.49 
 
 
498 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  22.72 
 
 
496 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  24.84 
 
 
471 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3141  amino acid permease family protein  24.84 
 
 
471 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.681445  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2492  lysine/cadaverine antiporter  25.82 
 
 
444 aa  68.2  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3152  amino acid permease family protein  24.84 
 
 
471 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.496369 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002188  lysine/cadaverine antiporter membrane protein CadB  24.93 
 
 
447 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000189693  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3114  amino acid transporter  26.44 
 
 
446 aa  67.4  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.988661  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  23.21 
 
 
496 aa  67  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0487  amino acid transporter  25.69 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.219434  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00206  lysine/cadaverine antiporter  24.65 
 
 
448 aa  66.6  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4660  amino acid permease-associated region  30.3 
 
 
467 aa  66.6  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.87278  normal  0.151026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1325  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 
425 aa  66.6  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.55432 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>