22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4690 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4690  amino acid permease family protein  100 
 
 
104 aa  210  4.9999999999999996e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.674881  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  96.97 
 
 
500 aa  187  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  96.97 
 
 
514 aa  187  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  95.96 
 
 
514 aa  185  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  94.95 
 
 
500 aa  184  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  94.95 
 
 
500 aa  183  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  90.91 
 
 
500 aa  175  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  88.89 
 
 
514 aa  172  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  97.73 
 
 
489 aa  165  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  79.8 
 
 
500 aa  150  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  79.8 
 
 
500 aa  150  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  79.8 
 
 
500 aa  150  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  79.8 
 
 
493 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  78.79 
 
 
500 aa  148  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  41.94 
 
 
498 aa  94  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  39.78 
 
 
498 aa  92  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  41.38 
 
 
501 aa  77.8  0.00000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  39.36 
 
 
502 aa  69.3  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  40 
 
 
540 aa  67  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  40 
 
 
540 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  36.26 
 
 
497 aa  62  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  34.95 
 
 
507 aa  59.7  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>