131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3854 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  98.2 
 
 
500 aa  986    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  99.4 
 
 
514 aa  998    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  99.59 
 
 
489 aa  976    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  87.22 
 
 
493 aa  830    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  97.8 
 
 
500 aa  971    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  97.6 
 
 
500 aa  969    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  98.2 
 
 
514 aa  987    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  100 
 
 
500 aa  1003    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  97.8 
 
 
514 aa  969    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  87.4 
 
 
500 aa  846    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  87 
 
 
500 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  87.2 
 
 
500 aa  845    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  87.2 
 
 
500 aa  845    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  51.53 
 
 
498 aa  529  1e-149  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  51.73 
 
 
498 aa  527  1e-148  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  53.86 
 
 
540 aa  502  1e-141  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  53.86 
 
 
540 aa  498  1e-140  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  46.09 
 
 
507 aa  434  1e-120  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  44.38 
 
 
501 aa  430  1e-119  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  42.92 
 
 
502 aa  409  1e-113  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  40.82 
 
 
497 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4690  amino acid permease family protein  90.91 
 
 
104 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.674881  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  26.95 
 
 
489 aa  159  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  27.1 
 
 
489 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  24.13 
 
 
495 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  24.13 
 
 
495 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  22.84 
 
 
473 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  22.84 
 
 
473 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  22.84 
 
 
473 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  22.84 
 
 
473 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  22.84 
 
 
473 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  23.01 
 
 
496 aa  117  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  22.8 
 
 
496 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  22.89 
 
 
476 aa  114  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.52526 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  22.68 
 
 
476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  22.68 
 
 
476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  22.68 
 
 
476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  22.67 
 
 
540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  22.67 
 
 
540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  22.68 
 
 
476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  22.68 
 
 
476 aa  111  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  26.56 
 
 
477 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  23.85 
 
 
496 aa  103  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0141312 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  23.43 
 
 
516 aa  103  1e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  25.16 
 
 
477 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  24.84 
 
 
477 aa  100  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  24.46 
 
 
477 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  24.84 
 
 
477 aa  100  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  25.16 
 
 
477 aa  100  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  24.84 
 
 
477 aa  100  7e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  24.84 
 
 
477 aa  100  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  24.89 
 
 
476 aa  96.7  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  89  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  23.99 
 
 
511 aa  88.6  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  24.04 
 
 
472 aa  86.7  9e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  24.41 
 
 
472 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4375  amino acid permease-associated region  27.45 
 
 
495 aa  80.1  0.00000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  21.3 
 
 
472 aa  77  0.0000000000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  20.59 
 
 
480 aa  74.3  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  21.83 
 
 
480 aa  73.9  0.000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1412  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  22.48 
 
 
503 aa  68.9  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0796975  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  22.49 
 
 
492 aa  68.6  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  24.54 
 
 
473 aa  67.8  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0217  amino acid antiporter  23.62 
 
 
782 aa  67.8  0.0000000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  24.54 
 
 
473 aa  67.4  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2342  amino acid permease-associated region  22.63 
 
 
508 aa  67  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0123104  normal  0.200985 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  28.02 
 
 
464 aa  65.1  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  28.02 
 
 
464 aa  64.7  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.39 
 
 
511 aa  64.3  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1143  amino acid permease-associated region  26.96 
 
 
464 aa  62.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  21.64 
 
 
485 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  21.82 
 
 
473 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  21.82 
 
 
473 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  21.82 
 
 
473 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  21.82 
 
 
473 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  22.15 
 
 
473 aa  62  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003630  amino acid/polyamine  35.87 
 
 
475 aa  61.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2961  amino acid permease-associated region  25.38 
 
 
481 aa  60.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.408205 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  34.78 
 
 
475 aa  59.7  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  20.55 
 
 
467 aa  58.9  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  27.07 
 
 
499 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  20.55 
 
 
467 aa  57.4  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  22.36 
 
 
485 aa  57.4  0.0000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  21.85 
 
 
495 aa  57.4  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.09 
 
 
494 aa  56.6  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2719  amino acid permease-associated region  23.42 
 
 
427 aa  55.5  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0307129  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  20.66 
 
 
476 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  20.66 
 
 
470 aa  55.8  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  22.57 
 
 
474 aa  54.7  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0148  amino acid permease-associated region  28.38 
 
 
720 aa  54.3  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  20.47 
 
 
473 aa  53.9  0.000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3036  amino acid transporter  23.7 
 
 
464 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0805799  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  23.17 
 
 
506 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>